PDB-2ybv: STRUCTURE OF RUBISCO FROM THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ybv

タイトル

STRUCTURE OF RUBISCO FROM THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS

要素

RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

キーワード

LYASE / CO2/O2 SPECIFICITY / CARBON DIOXIDE FIXATION / PHOTOSYNTHESIS / THERMOSTABILITY / PHOTORESPIRATION / MONOOXYGENASE / HYDROXYLATION / OXIDOREDUCTASE / RUBISCO / CHLOROPLAST / CALVIN CYCLE / THERMOPHILIC CYANOBACTERIA

機能・相同性

機能・相同性情報

photorespiration / carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Terlecka, B. / Wilhelmi, V. / Bialek, W. / Gubernator, B. / Szczepaniak, A. / Hofmann, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase Oxygenase from Thermosynechococcus Elongatus
著者: Terlecka, B. / Wilhelmi, V. / Bialek, W. / Gubernator, B. / Szczepaniak, A. / Hofmann, E.

履歴

登録	2011年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ybv.cif.gz	819.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ybv.ent.gz	681 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ybv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ybv_validation.pdf.gz	562.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ybv_full_validation.pdf.gz	618.1 KB	表示
XML形式データ	2ybv_validation.xml.gz	149 KB	表示
CIF形式データ	2ybv_validation.cif.gz	207.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/2ybv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/2ybv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zxwC 3rubS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6uew-1 1aus-1 6kyi-1 3axk-1 5wsk-2 1aa1-1 3axm-d 5wsk-1 1rxo-1 1svd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (17)

登録構造単位

A: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

D: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

G: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

J: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

N: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

537 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.480, 163.470, 163.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	A	A	23 - 459	23 - 459
2	1	THR	THR	C	C	23 - 459	23 - 459
3	1	THR	THR	E	E	23 - 459	23 - 459
4	1	THR	THR	G	G	23 - 459	23 - 459
5	1	THR	THR	I	I	23 - 459	23 - 459
6	1	THR	THR	K	K	23 - 459	23 - 459
7	1	THR	THR	M	M	23 - 459	23 - 459
8	1	THR	THR	O	O	23 - 459	23 - 459
1	2	ALA	ALA	B	B	31 - 39	31 - 39
2	2	ALA	ALA	D	D	31 - 39	31 - 39
3	2	ALA	ALA	F	F	31 - 39	31 - 39
4	2	ALA	ALA	H	H	31 - 39	31 - 39
5	2	ALA	ALA	J	J	31 - 39	31 - 39
6	2	ALA	ALA	L	L	31 - 39	31 - 39
7	2	ALA	ALA	N	N	31 - 39	31 - 39
8	2	ALA	ALA	P	P	31 - 39	31 - 39

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN 分子量: 53091.324 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 株: BP-1 / プラスミド: PUC18RBCLXSTH.EL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: Q8DIS5, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL SUBUNIT 分子量: 13999.818 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 株: BP-1 / プラスミド: PUC18RBCLXSTH.EL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: Q8DIS7, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 5% PEG8000, 20% PEG200, 10% GLYCEROL, 100MM HEPES, PH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9919
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39 Å / Num. obs: 253864 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 11.11
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RUB

3rub

解像度: 2.3→39.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 5.896 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23167	12992	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19577	-	-	-
obs	0.19763	240880	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	0 Å²	0.69 Å²
2-	-	-0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33736	0	15	832	34583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	34572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	1.948	46880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.63	5	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.881	23.649	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.816	15	5664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.538	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	5024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	26744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.9	1.5	21160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.756	2	34008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.661	3	13412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.279	4.5	12872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1712	tight positional	0.06	0.05
1	2	C	1712	tight positional	0.06	0.05
1	3	E	1712	tight positional	0.05	0.05
1	4	G	1712	tight positional	0.05	0.05
1	5	I	1712	tight positional	0.06	0.05
1	6	K	1712	tight positional	0.06	0.05
1	7	M	1712	tight positional	0.06	0.05
1	8	O	1712	tight positional	0.06	0.05
2	1	B	36	tight positional	0.04	0.05
2	2	D	36	tight positional	0.04	0.05
2	3	F	36	tight positional	0.03	0.05
2	4	H	36	tight positional	0.04	0.05
2	5	J	36	tight positional	0.04	0.05
2	6	L	36	tight positional	0.04	0.05
2	7	N	36	tight positional	0.04	0.05
2	8	P	36	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	1636	medium positional	0.11	0.5
1	2	C	1636	medium positional	0.1	0.5
1	3	E	1636	medium positional	0.1	0.5
1	4	G	1636	medium positional	0.09	0.5
1	5	I	1636	medium positional	0.09	0.5
1	6	K	1636	medium positional	0.08	0.5
1	7	M	1636	medium positional	0.11	0.5
1	8	O	1636	medium positional	0.08	0.5
2	1	B	33	medium positional	0.05	0.5
2	2	D	33	medium positional	0.05	0.5
2	3	F	33	medium positional	0.05	0.5
2	4	H	33	medium positional	0.06	0.5
2	5	J	33	medium positional	0.06	0.5
2	6	L	33	medium positional	0.06	0.5
2	7	N	33	medium positional	0.06	0.5
2	8	P	33	medium positional	0.06	0.5
1	1	A	1712	tight thermal	0.21	0.5
1	2	C	1712	tight thermal	0.19	0.5
1	3	E	1712	tight thermal	0.21	0.5
1	4	G	1712	tight thermal	0.23	0.5
1	5	I	1712	tight thermal	0.22	0.5
1	6	K	1712	tight thermal	0.22	0.5
1	7	M	1712	tight thermal	0.21	0.5
1	8	O	1712	tight thermal	0.21	0.5
2	1	B	36	tight thermal	0.15	0.5
2	2	D	36	tight thermal	0.1	0.5
2	3	F	36	tight thermal	0.24	0.5
2	4	H	36	tight thermal	0.18	0.5
2	5	J	36	tight thermal	0.16	0.5
2	6	L	36	tight thermal	0.19	0.5
2	7	N	36	tight thermal	0.18	0.5
2	8	P	36	tight thermal	0.1	0.5
1	1	A	1636	medium thermal	0.22	2
1	2	C	1636	medium thermal	0.21	2
1	3	E	1636	medium thermal	0.23	2
1	4	G	1636	medium thermal	0.21	2
1	5	I	1636	medium thermal	0.23	2
1	6	K	1636	medium thermal	0.2	2
1	7	M	1636	medium thermal	0.21	2
1	8	O	1636	medium thermal	0.22	2
2	1	B	33	medium thermal	0.11	2
2	2	D	33	medium thermal	0.1	2
2	3	F	33	medium thermal	0.18	2
2	4	H	33	medium thermal	0.14	2
2	5	J	33	medium thermal	0.17	2
2	6	L	33	medium thermal	0.12	2
2	7	N	33	medium thermal	0.1	2
2	8	P	33	medium thermal	0.11	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.249	18689	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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