PDB-2yb0: The Crystal Structure of Leishmania major dUTPase in complex deox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yb0

タイトル

The Crystal Structure of Leishmania major dUTPase in complex deoxyuridine

要素

DUTPASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Hemsworth, G.R. / Moroz, O.V. / Fogg, M.J. / Scott, B. / Bosch-Navarrete, C. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of the Leishmania Major Deoxyuridine Triphosphate Nucleotidohydrolase in Complex with Nucleotide Analogues, Dump, and Deoxyuridine.
著者: Hemsworth, G.R. / Moroz, O.V. / Fogg, M.J. / Scott, B. / Bosch-Navarrete, C. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2011年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yb0.cif.gz	417.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yb0.ent.gz	347.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/2yb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/2yb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cicC 2cjeSC 2yayC 2yazC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yaz-2 2cje-1 2yaz-1 3l43-1 3zs7-1 3l43-2 6cjl-d 1ogk-2 5gnh-3 1yrz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DUTPASE

B: DUTPASE

D: DUTPASE

E: DUTPASE

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DUTPASE

B: DUTPASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DUTPASE

E: DUTPASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.186, 109.186, 308.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	DUTPASE / DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE / DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE / DUTP DIPHOSPHATASE 分子量: 30609.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) 株: 252 / プラスミド: PET-YSBLLIC3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15826, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-DUR / 2'-DEOXYURIDINE / デオキシウリジン分子量: 228.202 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.32 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 1.5 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→60.8 Å / Num. obs: 98557 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CJE

2cje

解像度: 2.28→54.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 9.849 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	4921	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.211	93350	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	0.18 Å²	0 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→54.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8004	0	109	97	8210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8300
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.952	11349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	12799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.317	5	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.975	24.667	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.449	15	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.041	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.075	1.5	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.189	1.5	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.382	2	8297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.755	3	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.159	4.5	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.34 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	358	-
R_work	0.364	6774	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7876	0.1659	0.1028	2.3816	0.1657	2.9637	0.1116	-0.219	-0.2332	0.448	-0.1076	0.0221	0.1274	-0.0621	-0.0039	0.2385	-0.1477	-0.0536	0.1288	0.0356	0.1764	-25.609	42.408	-6.53
2	6.152	0.2546	-2.2874	2.3406	-2.0717	4.9845	0.0163	-0.1831	-0.8078	0.1174	-0.0255	0.2758	0.6312	-0.0368	0.0092	0.3628	-0.0771	-0.0523	0.1334	0.0109	0.3952	-23.941	25.492	-15.757
3	1.905	0.0408	0.347	3.7729	-0.496	2.2805	0.0317	-0.0065	0.082	0.3032	-0.0275	-0.1899	-0.2891	0.1667	-0.0042	0.2684	-0.1755	-0.0596	0.1575	0.0062	0.1773	-12.767	63.028	-6.541
4	3.9754	-2.115	1.9258	7.6143	1.2922	5.8907	-0.0881	0.7604	-0.0419	-0.3148	0.0206	-0.7046	-0.0396	0.6437	0.0676	0.4483	-0.3226	0.0209	0.4435	0.0807	0.3424	-3.62	73.383	-20.319
5	2.634	-0.3969	-0.6381	1.1867	0.4096	4.2274	0.0002	0.6065	-0.2892	-0.0923	-0.021	-0.1848	0.3609	0.2768	0.0208	0.0697	-0.0016	-0.0324	0.393	-0.0979	0.2453	-24.54	37.787	-47.151
6	3.6395	-1.3249	0.1801	2.2638	-0.2445	3.3127	0.0352	0.506	-0.3186	-0.0968	-0.0757	-0.1534	0.4386	0.294	0.0405	0.0721	-0.0213	0.0097	0.3865	-0.0776	0.2363	-18.836	38.548	-43.663
7	4.046	-0.2858	-0.2107	1.9887	0.1277	3.6	0.0458	0.3703	-0.2318	-0.0762	0.0063	0.0933	0.1142	-0.2729	-0.0521	0.0222	-0.0478	-0.0474	0.4176	-0.0667	0.2321	-48.281	40.749	-46.612
8	5.3391	-2.8874	1.1432	6.39	1.2966	6.7049	0.2221	-0.36	-0.9239	0.461	-0.1341	0.1711	0.7544	-0.6092	-0.0881	0.1666	-0.1978	-0.0309	0.6982	0.0797	0.515	-62.584	33.363	-35.096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	197 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	196 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	8 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	97 - 262
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	8 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	196 - 264

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