PDB-2y9x: Crystal structure of PPO3, a tyrosinase from Agaricus bisporus, i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y9x

タイトル

Crystal structure of PPO3, a tyrosinase from Agaricus bisporus, in deoxy-form that contains additional unknown lectin-like subunit, with inhibitor tropolone

要素

LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN
POLYPHENOL OXIDASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER-CONTAINING / PIGMENTATION / TYPE-3 COPPER PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosinase / tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Ismaya, W.T. / Rozeboom, H.J. / Weijn, A. / Mes, J.J. / Fusetti, F. / Wichers, H.J. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Agaricus Bisporus Mushroom Tyrosinase: Identity of the Tetramer Subunits and Interaction with Tropolone.
著者: Ismaya, W.T. / Rozeboom, H.J. / Weijn, A. / Mes, J.J. / Fusetti, F. / Wichers, H.J. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2011年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年10月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y9x.cif.gz	832.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y9x.ent.gz	693.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y9x_validation.pdf.gz	517.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y9x_full_validation.pdf.gz	538.9 KB	表示
XML形式データ	2y9x_validation.xml.gz	68.7 KB	表示
CIF形式データ	2y9x_validation.cif.gz	92.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y9wSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y9w-2 2y9w-1 5aja-d 4hr0-1 3uek-d 4xze-4 1brl-2 2j5u-d 1xpr-1 6tbj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: POLYPHENOL OXIDASE

B: POLYPHENOL OXIDASE

C: POLYPHENOL OXIDASE

D: POLYPHENOL OXIDASE

E: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

F: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

G: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

H: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

249 kDa, 8 ポリマー
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1

A: POLYPHENOL OXIDASE

E: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: POLYPHENOL OXIDASE

F: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: POLYPHENOL OXIDASE

G: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: POLYPHENOL OXIDASE

H: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.840, 104.820, 119.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	5 - 390
2	1	1	4	B	5 - 390
3	1	1	4	C	5 - 390
4	1	1	4	D	5 - 390
1	1	2	4	E	5 - 150
2	1	2	4	F	5 - 150
3	1	2	4	G	5 - 150
4	1	2	4	H	5 - 150

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9999, 0.000622, -0.01034), (-0.000625, -1, 0.000312), (-0.01034, 0.000318, 0.9999)	-10.67, -1.515, -0.0612
2	given	(0.07056, 0.9975, -0.006027), (0.9972, -0.07068, -0.0231), (-0.02347, -0.004381, -0.9997)	-4.485, 2.047, -136.2
3	given	(-0.07034, -0.9975, -0.008863), (-0.9972, 0.07055, -0.02639), (0.02695, 0.006982, -0.9996)	-6.965, -8.218, -135.9
4	given	(-1, -0.000673, -0.001914), (0.00067, -1, 0.001431), (-0.001915, 0.00143, 1)	-10.27, -1.47, -0.1585
5	given	(0.0596, 0.9982, -0.003095), (0.9982, -0.05968, -0.002964), (-0.003143, -0.002913, -1)	-4.252, 4.09, -136
6	given	(-0.06252, -0.998, -0.007508), (-0.998, 0.06258, -0.007527), (0.007982, 0.007022, -0.9999)	-6.768, -6.315, -135.9

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	POLYPHENOL OXIDASE / TYROSINASE 分子量: 45318.617 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-392 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMMERCIAL 由来: (天然) AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ) 参照: UniProt: C7FF04, tyrosinase
#2: タンパク質	LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN 分子量: 16478.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMMERCIAL 由来: (天然) AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ) 参照: UniProt: G1K3P4*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 41分子

#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-HO / HOLMIUM ATOM / ホルミウムヒドリド分子量: 164.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ho
#5: 化合物	ChemComp-0TR / 2-HYDROXYCYCLOHEPTA-2,4,6-TRIEN-1-ONE / TROPOLONE / トロポロン分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	NO DATABASE REFERENCE ORF 239342 OF A. BISPORUS GENOME CONSORTIUM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 10% PEG 4000, 100 MM NA ACETATE PH 4.6, 5 MM HOLMIUM CHLORIDE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→58 Å / Num. obs: 54004 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 2.78→2.93 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y9W

2y9w

解像度: 2.78→58.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.87 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.802 / SU B: 42.963 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	2715	5 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.238	51269	89.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→58.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17052	0	48	25	17125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	17662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.95	1.922	24036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.979	5	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.557	24.578	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.646	15	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.274	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	13912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.143	1.5	10492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.266	2	16956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.491	3	7170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.533	4.5	7080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3168	medium positional	0.22	0.5
1	2	B	3168	medium positional	0.23	0.5
1	3	C	3168	medium positional	0.23	0.5
1	4	D	3168	medium positional	0.23	0.5
2	1	E	1056	medium positional	0.28	0.5
2	2	F	1056	medium positional	0.29	0.5
2	3	G	1056	medium positional	0.34	0.5
2	4	H	1056	medium positional	0.28	0.5
1	1	A	3168	medium thermal	0.14	2
1	2	B	3168	medium thermal	0.14	2
1	3	C	3168	medium thermal	0.13	2
1	4	D	3168	medium thermal	0.15	2
2	1	E	1056	medium thermal	0.11	2
2	2	F	1056	medium thermal	0.11	2
2	3	G	1056	medium thermal	0.11	2
2	4	H	1056	medium thermal	0.11	2

LS精密化シェル

解像度: 2.78→2.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	211	-
R_work	0.308	3679	-
obs	-	-	87.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4605	-0.0727	-0.4112	1.452	-0.4404	0.7377	-0.0897	-0.0982	0.0306	0.1818	0.0502	0.0439	-0.0362	-0.1105	0.0395	0.1145	-0.014	0.0366	0.0615	-0.0276	0.0231	-13.1883	-20.7885	-25.5832
2	0.6829	0.374	0.1693	1.0853	-0.1139	0.9411	-0.1055	0.0418	-0.1258	-0.1311	0.0292	-0.221	0.277	0.0209	0.0763	0.1408	0.0384	0.0488	0.0857	0.0005	0.1262	-4.8428	-34.8812	-32.4316
3	1.4808	1.7717	-0.1246	4.9989	-0.7986	0.1746	0.0091	0.1629	0.0197	-0.4348	0.0163	0.0864	0.1234	0.0027	-0.0255	0.1115	0.0094	0.0058	0.139	-0.0016	0.0447	-6.0719	-28.6294	-41.6669
4	1.1054	0.2438	-0.049	1.3214	-0.3128	1.0576	0.0131	0.1319	0.0512	0.1577	-0.0946	-0.0787	-0.079	0.1366	0.0815	0.0676	-0.0202	0.0326	0.0408	0.0202	0.0572	-2.4811	-10.8709	-37.3733
5	0.7781	-0.0055	0.6989	1.1518	0.668	1.0249	-0.074	-0.0081	0.0529	0.2709	0.0868	-0.1035	0.0994	0.0646	-0.0128	0.1527	-0.0077	-0.0281	0.0964	0.0212	0.0691	2.8046	19.2561	-25.4999
6	0.8181	0.2128	-0.2167	1.5201	0.7803	0.864	-0.0828	0.0879	0.3276	-0.1186	0.0662	0.2066	-0.1756	0.0347	0.0165	0.1761	0.0303	-0.0459	0.046	0.0479	0.1457	-5.4884	33.2968	-32.455
7	1.0355	1.147	0.2361	2.1969	-0.2684	1.6891	-0.0598	0.3082	0.0985	-0.1407	0.0781	0.1533	-0.1695	0.0127	-0.0183	0.087	0.0275	0.0103	0.2143	0.053	0.1089	-4.9964	25.868	-41.5108
8	2.0876	0.2701	-0.0192	0.5314	0.2559	1.5536	0.022	0.0358	0.1613	0.1343	0.0305	0.0604	0.0736	-0.0949	-0.0525	0.1381	-0.013	-0.0212	0.0145	0.0222	0.0731	-7.3646	9.332	-37.2935
9	0.6523	-0.3745	0.0263	1.9737	0.2057	0.811	0.049	0.4173	-0.1194	-0.3119	-0.0436	0.1519	0.2046	0.0163	-0.0054	0.1463	0.0132	-0.0661	0.3077	-0.1029	0.1145	-25.9694	-7.5665	-110.0517
10	0.622	0.3485	-0.0041	0.7429	0.4618	0.4101	0.0818	0.2704	-0.1283	-0.126	-0.1113	0.0314	-0.1246	-0.2397	0.0294	0.1604	0.0204	-0.1096	0.3507	-0.0634	0.2181	-39.3026	1.7847	-102.8697
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25	3.2254	-0.3099	1.7794	1.1657	1.2138	3.1562	0.0289	-0.0737	-0.6021	0.1219	0.0158	0.1381	0.4678	-0.0888	-0.0447	0.2411	-0.0638	0.0877	0.0307	0.0178	0.2153	-12.8042	-29.8338	-78.5012
26	2.2237	-3.141	1.1967	4.7165	-0.4541	7.0594	-0.2115	-0.3335	-0.2113	0.1567	0.2866	0.3069	-0.1409	-0.4054	-0.0751	0.0589	0.0712	0.0731	0.2101	-0.0027	0.1709	0.4123	16.0774	-70.6465
27	1.815	0.24	-0.0884	1.9118	-1.4491	1.4586	-0.1121	-0.1109	0.2777	-0.0589	0.0751	0.0848	0.1093	-0.3277	0.037	0.1371	-0.0268	-0.057	0.2046	-0.093	0.0976	-4.4831	17.1124	-78.2198
28	6.1983	-0.4985	0.2558	4.0052	1.0238	0.45	-0.2016	0.0292	0.5135	0.1213	0.2252	-0.0122	-0.2002	0.122	-0.0236	0.3133	-0.0619	0.0212	0.0544	-0.0255	0.1309	2.6728	28.2891	-78.4112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	137 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	241 - 305
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	306 - 393
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	137 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	241 - 309
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	310 - 393
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 136
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	137 - 240
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	241 - 309
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	310 - 393
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	137 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	241 - 310
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	311 - 393
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	9 - 41
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	42 - 100
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	101 - 150
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	9 - 41
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	42 - 100
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	101 - 150
23	X-RAY DIFFRACTION	23	G	9 - 41
24	X-RAY DIFFRACTION	24	G	42 - 100
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	101 - 150
26	X-RAY DIFFRACTION	26	H	9 - 41
27	X-RAY DIFFRACTION	27	H	42 - 100
28	X-RAY DIFFRACTION	28	H	101 - 150

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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