PDB-2y91: Crystal structure of class A beta-lactamase from Bacillus licheni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y91

タイトル

Crystal structure of class A beta-lactamase from Bacillus licheniformis BS3 with clavulanic acid

要素

BETA-LACTAMASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Power, P. / Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Charlier, P.

引用

ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2012
タイトル: Novel Fragments of Clavulanate Observed in the Structure of the Class a Beta-Lactamase from Bacillus Licheniformis Bs3.
著者: Power, P. / Mercuri, P. / Herman, R. / Kerff, F. / Gutkind, G. / Dive, G. / Galleni, M. / Charlier, P. / Sauvage, E.

履歴

登録	2011年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y91.cif.gz	222.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y91.ent.gz	178.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y91_validation.pdf.gz	479.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y91_full_validation.pdf.gz	484 KB	表示
XML形式データ	2y91_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	2y91_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x71S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a5r-1 4ebn-1 5kmt-2 4ebp-3 6w33-1 2uzj-2 3sh9-2 5a92-d 4pm5-d 5eph-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-LACTAMASE

B: BETA-LACTAMASE

ヘテロ分子

59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-LACTAMASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BETA-LACTAMASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.788, 103.790, 63.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BETA-LACTAMASE 分子量: 29582.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) / 株: BS3 参照: UniProt: P94458, UniProt: P00808*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-98J / 5-HYDROXY-3-OXOPENTANOIC ACID 分子量: 132.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₄
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3.5 / 詳細: pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→34.6 Å / Num. obs: 40601 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X71

2x71

解像度: 2→34.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 8.669 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21945	2037	5 %	RANDOM
R_work	0.17853	-	-	-
obs	0.18058	38511	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.902 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4032	0	50	254	4336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.206	1.989	5584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.838	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.764	25.213	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.057	15	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.614	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.581	1.5	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.082	2	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.81	3	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.003	4.5	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	141	-
R_work	0.256	2827	-
obs	-	-	98.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0416	-0.7745	-1.0113	1.2864	0.3112	1.7448	-0.0269	-0.0849	0.1342	0.2613	0.0091	-0.2116	-0.0752	0.2416	0.0178	0.2808	-0.0267	-0.0259	0.2367	-0.0159	0.2062	31.731	6.283	31.283
2	1.0146	0.1539	0.2529	1.6973	-0.0816	0.599	-0.0091	0.1237	-0.0335	-0.199	0.0072	0.1939	-0.007	-0.0523	0.0019	0.3107	-0.0011	-0.0043	0.2078	-0.0062	0.1858	10.764	-2.11	12.074
3	2.7497	-0.9571	-0.0308	3.5724	0.0224	1.0707	0.0347	0.082	-0.1502	-0.1564	0.01	0.0997	0.0953	-0.1496	-0.0447	0.3439	-0.017	0.0005	0.1817	-0.0139	0.1831	11.766	-8.941	10.412
4	1.3576	0.3867	0.2706	1.2267	-0.2843	1.873	-0.0583	0.0747	0.1675	0.0089	0.0342	0.0694	-0.163	-0.0426	0.0241	0.2922	0.0106	0.0129	0.1851	0.0061	0.1877	16.944	9.159	16.642
5	4.108	-0.3919	0.4506	1.0542	-0.0994	1.6392	0.0056	-0.181	-0.276	0.093	0.0236	-0.0009	0.0967	-0.0894	-0.0293	0.3138	-0.002	0.0156	0.1674	0.0099	0.1822	16.008	-6.396	27.909
6	1.6187	0.3884	-0.4448	1.2854	0.0412	1.872	0.0286	-0.0109	-0.1024	0.1059	-0.0661	-0.1673	0.047	0.1617	0.0375	0.2538	0.014	-0.0011	0.2215	0.0178	0.2055	29.346	-1.084	25.742
7	0.8103	-0.0748	0.6713	1.6119	-0.2627	1.7557	-0.0806	0.0918	0.0346	-0.0599	0.0002	-0.1843	-0.0219	0.0356	0.0804	0.2901	-0.0142	0.0208	0.1586	0.0054	0.1809	20.46	19.305	48.041
8	8.0655	-0.0458	2.5639	5.6915	2.9285	6.9296	-0.1393	-1.0245	-0.1006	0.4699	0.0178	0.6173	0.0982	-2.0191	0.1216	0.1804	0.0255	0.1062	0.8232	0.133	0.1722	-5.879	16.518	62.797
9	3.3929	-1.462	-0.2629	3.5615	-0.2453	4.6777	-0.0759	-0.349	-0.3308	0.082	0.3118	0.3377	0.2803	-0.8721	-0.2359	0.1654	-0.1002	0.0127	0.3047	0.0651	0.1622	3.021	11.73	58.055
10	1.5291	0.0994	0.6686	0.6183	-0.5849	4.1491	-0.0037	-0.0875	-0.1456	-0.0124	0.1056	-0.0428	0.0282	-0.0589	-0.1019	0.332	-0.0107	0.0313	0.1537	0.0109	0.1722	15.793	12.461	57.515
11	1.9709	0.5329	0.4232	2.143	-0.5638	3.2519	-0.1185	0.0765	0.0838	-0.02	0.1466	0.2337	-0.1667	-0.5424	-0.0282	0.2643	0.0168	0.0028	0.2139	0.0062	0.188	7.16	21.365	46.714
12	2.0391	0.5247	1.1865	2.6581	0.9816	3.907	-0.0981	0.0577	0.2477	-0.0067	-0.0549	-0.0447	-0.1827	-0.0653	0.1531	0.323	-0.0071	0.0021	0.1323	0.0235	0.1765	18.051	26.318	47.152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	107 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	140 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	196 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	236 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	31 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	82 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	118 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	157 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	195 - 250
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	251 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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