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- PDB-2y8p: Crystal Structure of an Outer Membrane-Anchored Endolytic Peptido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y8p
タイトルCrystal Structure of an Outer Membrane-Anchored Endolytic Peptidoglycan Lytic Transglycosylase (MltE) from Escherichia coli
要素ENDO-TYPE MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE A
キーワードLYASE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / lytic endotransglycosylase activity / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / cell division
類似検索 - 分子機能
Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.995 Å
データ登録者Artola-Recolons, C. / Carrasco-Lopez, C. / Llarrull, L.I. / Kumarasiri, M. / Lastochkin, E. / Martinez-Ilarduya, I. / Meindl, K. / Uson, I. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Mlte, an Outer Membrane-Anchored Endolytic Peptidoglycan Lytic Transglycosylase from Escherichia Coli.
著者: Artola-Recolons, C. / Carrasco-Lopez, C. / Llarrull, L.I. / Kumarasiri, M. / Lastochkin, E. / Martinez De Ilarduya, I. / Meindl, K. / Uson, I. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-TYPE MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE A
B: ENDO-TYPE MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8292
ポリマ－42,8292
非ポリマー00
水4,504250
1
A: ENDO-TYPE MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4141
ポリマ－21,4141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDO-TYPE MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4141
ポリマ－21,4141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.324, 183.932, 35.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2006-

HOH

21A-2022-

HOH

31B-2013-

HOH

41B-2095-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ENDO-TYPE MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE A / PEPTIDOGLYCAN LYTIC ENDOTRANSGLYCOSYLASE


分子量: 21414.311 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 19-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: P0C960, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 28% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1 M TRIS PH 8.4, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.12 Å / Num. obs: 27762 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.995→40.118 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1371 5.1 %
Rwork0.203 --
obs0.2055 27119 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.89 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1279 Å20 Å20 Å2
2--3.7799 Å20 Å2
3----4.9078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.995→40.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2915 0 0 250 3165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0484056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7521096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9945-2.06580.29561240.2352116X-RAY DIFFRACTION81
2.0658-2.14850.281530.21622442X-RAY DIFFRACTION95
2.1485-2.24630.26731300.20172539X-RAY DIFFRACTION97
2.2463-2.36470.28831430.20872583X-RAY DIFFRACTION98
2.3647-2.51290.30111240.20912600X-RAY DIFFRACTION98
2.5129-2.70680.25951250.21412616X-RAY DIFFRACTION98
2.7068-2.97920.27991340.20912649X-RAY DIFFRACTION99
2.9792-3.41010.25551520.21182640X-RAY DIFFRACTION100
3.4101-4.29550.19471390.17462720X-RAY DIFFRACTION100
4.2955-40.12630.22231470.19382843X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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