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万見
- PDB-2y85: CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS PHOSPHORIBOSYL IS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y85
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE WITH BOUND RCDRP
要素PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
キーワードISOMERASE / BIFUNCTIONAL ENZYME / TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / TIM-BARREL / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HisA/PriA, Actinobacteria / Histidine biosynthesis, HisA-like / HisA/PriA, bacterial-type / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-137 / Phosphoribosyl isomerase A / Phosphoribosyl isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Bisubstrate Specificity in Histidine/Tryptophan Biosynthesis Isomerase from Mycobacterium Tuberculosis by Active Site Metamorphosis.
著者: Due, A.V. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Kries, J.P. / Wilmanns, M.
履歴
登録2011年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
B: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
C: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
D: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,43523
ポリマ－102,6354
非ポリマー1,80019
水3,387188
1
A: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1146
ポリマ－25,6591
非ポリマー4565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0915
ポリマ－25,6591
非ポリマー4334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1146
ポリマ－25,6591
非ポリマー4565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1146
ポリマ－25,6591
非ポリマー4565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.980, 121.070, 81.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.1031, -0.4962, 0.862), (0.4512, -0.7957, -0.4041), (0.8864, 0.3474, 0.3059)-21.65, -48.9, 65.21
2given(0.1057, -0.4733, -0.8745), (-0.4459, -0.8087, 0.3838), (-0.8888, 0.3493, -0.2965)33.51, -36.66, 60.98
3given(0.9979, -0.003574, -0.06512), (0.000718, 0.999, -0.04384), (0.06521, 0.0437, 0.9969)-3.963, -22.96, 39.98

-
要素

#1: タンパク質
PHOSPHORIBOSYL ISOMERASE A / 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE ...1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE / N-(5'-PHOSPHORIBOSYL)ANTHRANILATE ISOMERASE / PRAI / PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO- 5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDE RIBOTIDE ISOMERASE / PRIA


分子量: 25658.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P60578, UniProt: P9WMM5*PLUS, phosphoribosylanthranilate isomerase, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-137 / 1-(O-CARBOXY-PHENYLAMINO)-1-DEOXY-D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE


分子量: 351.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18NO9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.7
詳細: 32% PEG 6000, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.7, 5MM RCDRP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 34306 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VZW

1vzw


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 24.641 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.719 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28726 1731 5 %RANDOM
Rwork0.21281 ---
obs0.21663 32627 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å20.3 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6920 0 107 188 7215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0217105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.9719663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7733.00115251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5395929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74423.462312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.758151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3451572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.26683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.23366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.260.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5311.55912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.62327247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.00932824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5874.52416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.367 112
Rwork0.275 2369
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81741.2764-0.16435.9068-0.04851.62570.01990.03230.06560.1793-0.07780.26350.153-0.09490.0579-0.1101-0.03120.0473-0.1174-0.0513-0.1063-2.722-25.86238.487
22.058-0.2327-0.53722.7048-0.59742.34140.0006-0.03480.0180.2995-0.105-0.1354-0.24770.19320.1043-0.0806-0.0494-0.0141-0.1245-0.0042-0.140611.2980.56242.409
31.36630.0517-0.13933.4984-0.8211.65890.04220.13290.0051-0.125-0.02860.10970.0874-0.0361-0.0136-0.133-0.00780.0132-0.129-0.0286-0.13061.093-2.987-1.489
41.88870.3197-0.11043.19540.82580.9345-0.1118-0.05510.0937-0.1851-0.08410.4176-0.111-0.23290.196-0.10690.0322-0.0494-0.0737-0.0467-0.0506-15.239-36.949-1.195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 240
2X-RAY DIFFRACTION1A1247
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 240
4X-RAY DIFFRACTION2B1247
5X-RAY DIFFRACTION3C2 - 240
6X-RAY DIFFRACTION3C1247
7X-RAY DIFFRACTION4D2 - 240
8X-RAY DIFFRACTION4D1247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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