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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y6y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TtrD from Archaeoglobus fulgidus | ||||||
要素 | CHAPERONE PROTEIN TTRD | ||||||
キーワード | CHAPERONE / TAT SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | TorD-like / TorD-like / DMSO/Nitrate reductase chaperone / TorD-like superfamily / Nitrate reductase delta subunit / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / cytoplasm / Tat proofreading chaperone TtrD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Dawson, A. / Coulthurst, S.J. / Sargent, F. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Conserved Signal Peptide Recognition Systems Across the Prokaryotic Domains. 著者: Coulthurst, S.J. / Dawson, A. / Hunter, W.N. / Sargent, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y6y.cif.gz | 82.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y6y.ent.gz | 62.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y6y_validation.pdf.gz | 427.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2y6y_full_validation.pdf.gz | 428.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2y6y_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y6y_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20396.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / プラスミド: PET15BTEV_TTRD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O30077 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | ADDITIONAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: PROTEIN BUFFER 50 MM TRIS, 250 MM NACL, PH 7.5; RESERVOIR 4.3 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97698 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97698 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→55.9 Å / Num. obs: 18960 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XOL 解像度: 2.2→55.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.177 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.414 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→55.93 Å
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拘束条件 |
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