PDB-2y6f: Isopenicillin N synthase with AC-D-S-methyl-3R-methylcysteine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y6f

タイトル

Isopenicillin N synthase with AC-D-S-methyl-3R-methylcysteine

要素

ISOPENICILLIN N SYNTHASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OXYGENASE / PENICILLIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Rutledge, P.J. / Clifton, I.J. / Ge, W.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: Isopenicillin N Synthase Binds Delta-(L-Alpha-Aminoadipoyl)-L-Cysteinyl-D-Thia-Allo-Isoleucine Through Both Sulfur Atoms.
著者: Clifton, I.J. / Ge, W. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.

履歴

登録	2011年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y6f.cif.gz	151.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y6f.ent.gz	120.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1bk0S 1blz 1hb1 1hb2 1hb3 1hb4 1ips 1obn 1oc1 1odm 1odn 1qiq 1qje 1qjf 1uzw 1w03 1w04 1w05 1w06 1w3v 1w3x 2bjs 2bu9 2ivi 2ivj 2jb4 2vau 2vbb 2vbd 2vbp 2vcm 2ve1 2wo7 2y60 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1w3x-d 2ivj-d 6h4r-2 2vcm-d 2ivi-d 1obn-d 1hb2-d 1w04-d 3rvh-1 1oc1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ISOPENICILLIN N SYNTHASE

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.396, 73.349, 102.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ISOPENICILLIN N SYNTHASE / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) プラスミド: PJB703 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-M9F / (2S)-2-AMINO-6-[[(2R)-1-[[(2S)-1-HYDROXY-3-METHYLSULFANYL-1-OXO-BUTAN-2-YL]AMINO]-1-OXO-3-SULFANYL-PROPAN-2-YL]AMINO]-6-OXO-HEXANOIC ACID 分子量: 395.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₆S₂
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 1.0M LITHIUM SULPHATE, 76MM TRIS/HCL, PH 8.5, 2.0 MM FERROUS SULPHATE, 2.6MG/ML TRIPEPTIDE, 25MG/ML PROTEIN.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→20 Å / Num. obs: 22362 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BK0

1bk0

解像度: 1.79→11.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.329 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DATA COLLECTION STATISTICS REPORT FEWER UNIQUE REFLECTIONS BUT DATASET HAS 30904 IN TOTAL.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22008	1258	4.1 %	RANDOM
R_work	0.17581	-	-	-
obs	0.17763	29614	90.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→11.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2632	0	31	296	2959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.033	0.022	2736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.883	1.948	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.501	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.622	24.681	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.907	15	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.082	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.301	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.24	1.5	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.951	2	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.179	3	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.81	4.5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.791→1.836 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	84	-
R_work	0.305	2182	-
obs	-	-	93.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.5711	-12.1379	-12.7352	12.0213	13.68	15.6659	-0.0464	0.864	0.2474	-0.0369	-0.5662	0.338	-0.1079	-1.0665	0.6126	0.039	0.1244	-0.0389	0.5469	0.0161	0.122	-6.669	42.633	-8.54
2	0.9509	0.0578	-0.3646	1.9801	-0.5603	2.2773	-0.0824	0.1455	-0.0722	-0.0966	0.007	-0.0399	0.207	0.0039	0.0754	0.0627	-0.0056	-0.0008	0.058	-0.0065	0.0465	8.227	31.013	-20.628
3	0.3692	-0.115	0.0202	2.0037	-0.9207	1.0872	-0.0017	0.0431	0.05	-0.1274	0.0197	0.0313	-0.0021	-0.0887	-0.018	0.0593	0.0022	-0.0005	0.0671	0.0027	0.0675	3.984	29.77	-7.42
4	0.6683	0.301	2.229	3.1146	2.7364	8.6527	0.0323	-0.1348	-0.0934	0.0369	0.0183	0.1673	0.1535	-0.3013	-0.0506	0.051	-0.0107	0.0261	0.0743	0.0408	0.1053	5.112	22.005	11.116
5	2.8251	1.5463	0.3586	2.293	0.0964	0.1948	-0.0077	-0.0654	-0.2074	0.1625	0.0572	-0.0411	0.0193	-0.0118	-0.0495	0.1102	0.0109	-0.0214	0.065	-0.0057	0.0408	13.542	28.162	21.603
6	5.0518	-1.7524	0.1459	3.0971	0.3531	4.4823	0	-0.0223	0.2453	0.0233	0.1385	-0.2546	-0.2512	0.4401	-0.1386	0.0357	-0.0232	-0.0003	0.0801	-0.0135	0.0571	22.235	37.075	19.992
7	1.3864	-0.4369	-0.5587	0.5951	0.2292	0.8688	0.0042	-0.0879	0.0402	0.0187	0.01	-0.0219	-0.0243	0.0484	-0.0141	0.0639	-0.0019	-0.0121	0.0512	-0.0031	0.0651	18.421	32.55	10.816
8	1.7451	0.8443	-0.1422	1.8487	0.1893	0.591	0.0822	-0.1889	-0.0062	0.1629	-0.0897	-0.0376	0.0067	0.0662	0.0075	0.0499	0.0155	-0.01	0.072	-0.0061	0.0572	23.519	27.108	11.634
9	0.1957	-0.1779	0.2088	1.3364	-1.1867	2.5218	0.0042	0.0089	-0.0299	-0.0284	-0.0037	0.0168	0.0689	0.0439	-0.0005	0.0383	-0.0027	0.0018	0.0566	-0.0041	0.0656	15.422	26.618	-5.226
10	0.5979	-0.0263	0.8799	0.6305	-0.9721	3.4189	-0.0023	0.1425	-0.0661	0.0088	-0.0322	-0.0576	-0.0802	0.3405	0.0345	0.0703	0.0085	0.0236	0.0895	0.0229	0.0678	22.826	34.617	-15.42
11	0.8613	0.0196	-0.4091	0.6413	0.0929	0.9401	0.0158	-0.036	0.0661	0.0292	0.01	-0.0255	0.0112	-0.0221	-0.0258	0.0491	-0.0051	-0.0138	0.0511	0.0042	0.0576	11.214	32.06	6.342
12	11.2361	21.1068	-6.6944	55.0236	-20.858	8.9794	0.5183	0.1137	0.3851	3.0821	-0.568	1.6247	-1.0987	-0.0785	0.0497	0.6176	0.063	-0.0323	0.259	-0.3922	0.4372	-5.688	40.339	19.782
13	0.1836	0.779	0.7936	7.238	-0.3791	6.2049	0.074	0.0234	0.0019	0.2779	0.0582	0.0311	-0.0138	-0.0082	-0.1322	0.0676	0.0156	0.0216	0.0505	-0.0248	0.1037	-3.484	49.719	10.5
14	0.819	-0.0157	-0.1173	0.5725	0.0974	0.6688	0.0231	0.0343	0.0461	-0.0327	-0.0355	0.0956	-0.0658	-0.0882	0.0124	0.0515	0.0095	-0.0044	0.045	0.001	0.0614	3.343	40.415	-2.206
15	4.0537	1.4127	0.8508	1.7175	0.876	5.3761	0.0435	0.1623	0.3208	-0.1842	0.0014	0.0373	-0.251	-0.1477	-0.0449	0.084	0.01	0.0112	0.0163	0.0283	0.0691	14.693	48.022	-13.516
16	0.6855	-0.1423	-0.1938	0.4719	-0.0502	0.5375	-0.0031	0.0012	0.0472	-0.006	-0.017	0.01	-0.0392	0.0012	0.0201	0.0532	-0.0056	-0.01	0.0542	-0.0144	0.059	8.696	38.412	1.781
17	2.4163	-0.1563	4.7569	0.3025	-1.3023	12.2418	-0.071	0.1639	-0.0857	0.1351	0.0522	-0.0038	-0.5974	0.1978	0.0188	0.1655	0.0057	0.0155	0.0333	0.0279	0.0896	20.015	49.849	-20.2
18	1.0838	1.5918	1.1495	4.4815	4.2722	4.1973	-0.1702	0.0356	-0.0461	-0.4623	0.275	-0.1511	-0.4905	0.3127	-0.1047	0.1742	-0.0808	0.0315	0.1093	0.0642	0.1039	23.305	54.267	-15.388
19	3.7816	0.7152	-2.8355	1.8168	-1.1962	4.1614	0.1375	-0.1563	0.2631	0.115	-0.0961	-0.1795	-0.2129	0.3032	-0.0414	0.0476	-0.0224	0.0003	0.0348	0.011	0.095	23.86	45.31	-1.022
20	2.4978	-1.0278	-2.0366	0.75	0.9279	2.6937	0.0481	-0.0212	0.0988	-0.0274	0.0409	-0.0666	-0.0988	0.1023	-0.089	0.0585	-0.0214	-0.0317	0.032	0.0001	0.0889	13.478	47.383	9.63

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	56 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	76 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	86 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	118 - 135
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	136 - 165
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	166 - 176
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	177 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	193 - 197
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	198 - 208
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	209 - 256
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	257 - 266
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	267 - 293
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	294 - 303
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	304 - 309
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	310 - 321
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	322 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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