PDB-2y5l: orally active aminopyridines as inhibitors of tetrameric fructose...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y5l

タイトル

orally active aminopyridines as inhibitors of tetrameric fructose 1,6- bisphosphatase

要素

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

ruf, a. / hebeisen, p. / haap, w. / kuhn, b. / mohr, p. / wessel, h.p. / zutter, u. / kirchner, s. / benz, j. / joseph, c. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Orally Active Aminopyridines as Inhibitors of Tetrameric Fructose-1,6-Bisphosphatase.
著者: Hebeisen, P. / Haap, W. / Kuhn, B. / Mohr, P. / Wessel, H.P. / Zutter, U. / Kirchner, S. / Ruf, A. / Benz, J. / Joseph, C. / Alvarez-Sanchez, R. / Gubler, M. / Schott, B. / Benardeau, A. / Tozzo, E. / Kitas, E.

履歴

登録	2011年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y5l.cif.gz	491.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y5l.ent.gz	405.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y5l_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y5l_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	2y5l_validation.xml.gz	93.9 KB	表示
CIF形式データ	2y5l_validation.cif.gz	126.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y5kC 2vt5S 1fta 2fhy 2fie 2fix 2jjk 2wbb 2wbd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5q0b-d 5pzr-d 3kc0-d 4mjo-1 5pzs-d 5q02-d 5pzy-2 5q04-1 5pzx-2 5pzv-d 5pzu-d 2wbd-2 5q04-2 4fbp-d 5pzw-d 5pzt-1 2fix-d 5q08-1 5pzz-1 5q07-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

C: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

D: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

E: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

F: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

G: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

H: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

298 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

C: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

D: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

F: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

G: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

H: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.791, 285.084, 83.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 1000
2	1	1	5	B	1 - 1000
3	1	1	5	C	1 - 1000
4	1	1	5	D	1 - 1000
5	1	1	5	E	1 - 1000
6	1	1	5	F	1 - 1000
7	1	1	5	G	1 - 1000
8	1	1	5	H	1 - 1000

#1: タンパク質	FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1 / FBPASE 1 / D-FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE 1-PHOSPHOHYDROLASE 1 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-RO8 / N-{[(2Z)-5-bromo-1,3-thiazol-2(3H)-ylidene]carbamoyl}-3-chlorobenzenesulfonamide / RO5062408 分子量: 396.668 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇BrClN₃O₃S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.11 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→99 Å / Num. obs: 155315 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 3.86 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 3.49 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 7.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0093	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VT5

2vt5

解像度: 2.2→142.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 7.197 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25375	7800	5 %	RANDOM
R_work	0.20497	-	-	-
obs	0.20745	147515	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.454 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.86 Å²	0 Å²	0.22 Å²
2-	-	-1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→142.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19440	0	160	534	20134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	19985
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.999	27001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.872	5	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.077	24.264	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.681	15	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.312	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	14774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1268	medium positional	0.27	0.5
2	B	1268	medium positional	0.26	0.5
3	C	1268	medium positional	0.43	0.5
4	D	1268	medium positional	0.26	0.5
5	E	1268	medium positional	0.23	0.5
6	F	1268	medium positional	0.25	0.5
7	G	1268	medium positional	0.41	0.5
8	H	1268	medium positional	0.26	0.5
1	A	1172	loose positional	0.6	5
2	B	1172	loose positional	0.7	5
3	C	1172	loose positional	0.77	5
4	D	1172	loose positional	0.67	5
5	E	1172	loose positional	0.57	5
6	F	1172	loose positional	0.65	5
7	G	1172	loose positional	0.74	5
8	H	1172	loose positional	0.68	5
1	A	1268	medium thermal	5.04	2
2	B	1268	medium thermal	6.4	2
3	C	1268	medium thermal	6.73	2
4	D	1268	medium thermal	9.59	2
5	E	1268	medium thermal	10.56	2
6	F	1268	medium thermal	10.93	2
7	G	1268	medium thermal	6.12	2
8	H	1268	medium thermal	6.31	2
1	A	1172	loose thermal	6.44	10
2	B	1172	loose thermal	7.27	10
3	C	1172	loose thermal	8	10
4	D	1172	loose thermal	9.8	10
5	E	1172	loose thermal	10.5	10
6	F	1172	loose thermal	11.55	10
7	G	1172	loose thermal	7.4	10
8	H	1172	loose thermal	7.06	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	554	-
R_work	0.319	10745	-
obs	-	-	98.87 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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