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- PDB-2y48: Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with a N-terminal SNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y48
タイトルCrystal structure of LSD1-CoREST in complex with a N-terminal SNAIL peptide
要素
  • LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 1A
  • REST COREPRESSOR 1
  • ZINC FINGER PROTEIN SNAI1
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN / HISTONE / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / CHROMATIN / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cartilage morphogenesis / left/right pattern formation / Regulation of CDH11 gene transcription / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / trophoblast giant cell differentiation / heterochromatin organization / positive regulation of megakaryocyte differentiation ...negative regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cartilage morphogenesis / left/right pattern formation / Regulation of CDH11 gene transcription / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / trophoblast giant cell differentiation / heterochromatin organization / positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / aortic valve morphogenesis / DNA repair complex / negative regulation of DNA binding / regulation of bicellular tight junction assembly / hair follicle morphogenesis / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / E-box binding / histone H3K9 demethylase activity / histone methyltransferase complex / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / roof of mouth development / mesoderm formation / histone deacetylase complex / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / epithelial to mesenchymal transition / canonical Wnt signaling pathway / pericentric heterochromatin / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of protein binding / Notch signaling pathway / cellular response to cAMP / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / erythrocyte differentiation / HDACs deacetylate histones / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / kinase binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / fibrillar center / osteoblast differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
: / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / C2H2-type zinc finger / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. ...: / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / C2H2-type zinc finger / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Zinc finger, C2H2 type / SANT/Myb domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Lysine-specific histone demethylase 1A / Zinc finger protein SNAI1 / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Baron, R. / Binda, C. / Tortorici, M. / McCammon, J.A. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Molecular Mimicry and Ligand Recognition in Binding and Catalysis by the Histone Demethylase Lsd1-Corest Complex.
著者: Baron, R. / Binda, C. / Tortorici, M. / Mccammon, J.A. / Mattevi, A.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 1A
B: REST COREPRESSOR 1
C: ZINC FINGER PROTEIN SNAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7034
ポリマ－103,9173
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-52.3 kcal/mol
Surface area38140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.170, 181.460, 234.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 1A / LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 1 / BRAF35-HDAC COMPLEX PROTEIN BHC110 / FLAVIN-CONTAINING AMINE ...LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 1 / BRAF35-HDAC COMPLEX PROTEIN BHC110 / FLAVIN-CONTAINING AMINE OXIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2


分子量: 81279.438 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 123-852 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST COREPRESSOR 1 / COREPRESSOR COREST / PROTEIN COREST


分子量: 20244.824 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 305-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: タンパク質・ペプチド ZINC FINGER PROTEIN SNAI1 / TRANSCRIPTION FACTOR SNAIL / PROTEIN SNAIL HOMOLOG 1 / PROTEIN SNA


分子量: 2392.692 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL 20 AMINO ACIDS TAIL, RESIUDES 2-21 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O95863
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 7 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.2 M SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 100 MM ADA BUFFER PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→70 Å / Num. obs: 50937 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V1D

2v1d


解像度: 3→71.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 12.084 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24559 992 1.9 %RANDOM
Rwork0.21227 ---
obs0.21296 49943 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.004 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.75 Å20 Å20 Å2
2---3.24 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→71.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6363 0 53 0 6416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9738885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03824.362298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.126151145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.581544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7851.54024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5226502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77532527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2134.52383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 74 -
Rwork0.338 3666 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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