PDB-2y40: Structure of Isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y40

タイトル

Structure of Isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus - complex with Mn

要素

3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LEUB / LEUCINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Graczer, E. / merlin, A. / Singh, R.K. / Manikandan, K. / Zavodsky, P. / Weiss, M.S. / Vas, M.

引用

ジャーナル: Mol.Biosyst. / 年: 2011
タイトル: Atomic Level Description of the Domain Closure in a Dimeric Enzyme: Thermus Thermophilus 3-Isopropylmalate Dehydrogenase.
著者: Graczer, E. / Merli, A. / Singh, R.K. / Karuppasamy, M. / Zavodszky, P. / Weiss, M.S. / Vas, M.

履歴

登録	2011年1月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y40.cif.gz	272.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y40.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y40_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y40_full_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示
XML形式データ	2y40_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	2y40_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y3zSC 2y41C 2y42C 1dpz 1dr0 1dr8 1g2u 1gc8 1gc9 1hex 1ipd 1osi 1osj 1xaa 1xab 1xac 1xad C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1osi-2 1g2u-1 1xab-1 1dr0-d 1osi-1 1idm-1 1xaa-1 1xad-1 1ipd-1 2ztw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

B: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.490, 112.010, 82.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / 3-IPM-DH / BETA-IPM DEHYDROGENASE / IMDH / IPMDH 分子量: 38398.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: ADDITIONAL AMINO ACIDS- N-TERMINAL MAS. C- TERMINAL AAALEHHHHHH 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SIY4, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 5% PEG-10000, 0.1 M HEPES PH 7.5, MICROSEEDING

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→99 Å / Num. obs: 27686 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 61.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y3Z

2y3z

解像度: 2.5→28.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 29.426 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29764	982	3.6 %	RANDOM
R_work	0.22513	-	-	-
obs	0.22782	26513	98.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5199	0	3	71	5273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.06	1.992	7208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.617	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.952	23.019	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.511	15	862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.872	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.974	1.5	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.893	2.5	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.048	5	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.996	10	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	69	-
R_work	0.381	1949	-
obs	-	-	99.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9628	-0.3784	-0.2959	3.1686	0.649	6.3659	-0.2131	-0.1581	0.5533	-0.1485	0.1408	-0.3796	-0.6575	0.7435	0.0723	0.2538	-0.0851	-0.0387	0.1145	0.0561	0.3454	13.3958	-13.3287	-29.6498
2	10.5035	2.1544	-4.1506	0.6877	-2.5877	14.9401	0.1226	0.0876	-1.2356	0.0638	-0.0541	-0.0908	-0.361	0.1861	-0.0684	0.4328	-0.026	-0.0306	0.4434	-0.1496	0.6061	11.0835	-14.926	-8.3537
3	5.0464	2.3346	-1.7664	2.0883	-1.9661	1.9276	-0.1075	-0.5404	0.2553	0.0234	-0.1594	-0.1881	-0.0508	0.091	0.2669	0.1914	0.0809	-0.0209	0.087	-0.0463	0.1328	-3.5789	-25.8055	-25.9358
4	4.9734	1.8329	-0.8554	2.4569	-1.294	3.6562	-0.1334	-0.1479	0.8841	-0.013	0.038	0.4171	-0.2255	-0.3291	0.0954	0.1495	0.0862	-0.0459	0.0661	-0.0485	0.2347	-15.8859	-23.6373	-25.968
5	8.3335	-2.7311	-2.1381	5.9608	0.9035	2.6351	-0.4194	0.1789	-0.0431	-0.1638	-0.0451	-0.4711	0.1844	-0.019	0.4645	0.1636	-0.0131	0.053	0.0182	0.0133	0.1606	8.7965	-26.001	-36.4097
6	4.9879	-0.4921	0.085	5.8187	-0.6745	2.7759	0.0719	-0.7566	-0.2347	-0.222	-0.196	-0.0736	0.181	-0.2386	0.1241	0.1502	-0.0778	0.06	0.3912	0.0233	0.1545	-35.0947	-54.3805	-8.0195
7	19.4055	-1.7444	-10.5429	0.4607	-0.0729	9.574	0.0222	-0.0307	1.0829	0.2209	-0.0024	-0.2093	-1.0951	0.1418	-0.0198	0.6966	-0.0098	0.0277	0.4747	-0.0573	0.5281	-43.0353	-35.4931	-15.2194
8	3.9501	3.6322	-1.3095	3.9781	-2.3697	2.5855	0.175	-1.0467	-0.3523	0.0541	-0.6724	-0.4951	0.1067	-0.1783	0.4973	0.1488	-0.0108	-0.0147	0.4561	0.022	0.2552	-17.4227	-43.0227	-12.8604
9	3.9831	1.4742	-0.7236	4.0576	-0.5648	1.9505	0.3668	-1.5164	-0.2794	0.4938	-0.6134	-0.4167	-0.1288	0.2827	0.2466	0.1844	-0.0855	-0.0102	0.6261	0.1487	0.1405	-8.7294	-37.0536	-5.9859
10	4.9827	1.559	-0.621	4.2763	1.966	5.2694	-0.1201	-0.2638	-0.9991	-0.49	-0.2328	-0.5736	0.2825	-0.2239	0.3529	0.28	-0.0131	0.179	0.1855	0.1739	0.4377	-22.2525	-58.3732	-15.3302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	78 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	88 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	150 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	255 - 346
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	78 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	88 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	150 - 250
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	255 - 345

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)