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- PDB-2y3a: Crystal structure of p110beta in complex with icSH2 of p85beta an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y3a
タイトルCrystal structure of p110beta in complex with icSH2 of p85beta and the drug GDC-0941
要素
  • PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE REGULATORY SUBUNIT BETA
  • PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT BETA ISOFORM
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE / RTK
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOJ GTPase cycle / IRS-mediated signalling / Signaling by ALK / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Signaling by LTK / Costimulation by the CD28 family / Tie2 Signaling / RND3 GTPase cycle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / PI3K/AKT activation ...RHOJ GTPase cycle / IRS-mediated signalling / Signaling by ALK / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Signaling by LTK / Costimulation by the CD28 family / Tie2 Signaling / RND3 GTPase cycle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / PI3K/AKT activation / PI3K Cascade / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RHOF GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / Downstream signal transduction / CDC42 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / Interleukin-7 signaling / RHOD GTPase cycle / negative regulation of sprouting angiogenesis / Signaling by SCF-KIT / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / RHOA GTPase cycle / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Downstream TCR signaling / Regulation of signaling by CBL / positive regulation of neutrophil apoptotic process / regulation of cell-matrix adhesion / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / regulation of actin filament polymerization / embryonic cleavage / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / angiogenesis involved in wound healing / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of stress fiber assembly / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / endothelial cell proliferation / DAP12 signaling / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of Rac protein signal transduction / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / insulin receptor substrate binding / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of MAPK cascade / phosphorylation / phosphotyrosine residue binding / response to endoplasmic reticulum stress / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of cell adhesion / regulation of autophagy / response to ischemia / brush border membrane / platelet activation / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to insulin stimulus / autophagy / positive regulation of protein import into nucleus / intracellular calcium ion homeostasis / endocytosis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / protein transport / insulin receptor signaling pathway / kinase activity / midbody / protein phosphatase binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein heterodimerization activity / protein serine kinase activity / focal adhesion / positive regulation of gene expression / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
PI3Kbeta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) ...PI3Kbeta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Rho GTPase activation protein / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / SH2 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Alpha Horseshoe / Helix Hairpins / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GD9 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit beta isoform
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, X. / Vadas, O. / Perisic, O. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Structure of Lipid Kinase P110Beta-P85Beta Elucidates an Unusual Sh2-Domain-Mediated Inhibitory Mechanism.
著者: Zhang, X. / Vadas, O. / Perisic, O. / Anderson, K.E. / Clark, J. / Hawkins, P.T. / Stephens, L.R. / Williams, R.L.
履歴
登録2010年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT BETA ISOFORM
B: PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE REGULATORY SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,1023
ポリマ－160,5892
非ポリマー5141
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-25.6 kcal/mol
Surface area58210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.314, 134.314, 428.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT BETA ISOFORM / PI3-KINASE SUBUNIT BETA / PI3K-BETA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT BETA / PHOSPHATIDYLINOSITOL-4 / 5- ...PI3-KINASE SUBUNIT BETA / PI3K-BETA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT BETA / PHOSPHATIDYLINOSITOL-4 / 5-BISPHOSPHATE 3-KINASE 110 KDA CATALYTIC SUBUNIT BETA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT P110-BETA / PIK3CA


分子量: 125242.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFASTBAC-HTB / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8BTI9, nicotinate riboside kinase
#2: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE REGULATORY SUBUNIT BETA / PI3-KINASE REGULATORY SUBUNIT BETA / PI3K REGULATORY SUBUNIT BETA / PTDINS-3-KINASE REGULATORY ...PI3-KINASE REGULATORY SUBUNIT BETA / PI3K REGULATORY SUBUNIT BETA / PTDINS-3-KINASE REGULATORY SUBUNIT BETA / PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE 85 KDA REGULATORY SUBUNIT BETA / PI3-KINASE SUBUNIT P85-BETA / PTDINS-3-KINASE REGULATORY SUBUNIT P85-BETA / PIK3R2


分子量: 35346.574 Da / 分子数: 1 / Fragment: ICSH2 DOMAIN, RESIDUES 423-722 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFASTBAC-1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O08908
#3: 化合物 ChemComp-GD9 / 2-(1H-indazol-4-yl)-6-{[4-(methylsulfonyl)piperazin-1-yl]methyl}-4-morpholin-4-yl-thieno[3,2-d]pyrimidine / GDC-0941


分子量: 513.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N7O3S2
配列の詳細N-TERMINAL 6XHIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG 3350, 0.1 M POTASSIUM CITRATE PH 6, 0.4 M LITHIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→44 Å / Num. obs: 34250 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 90.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WHG

2whg


解像度: 3.3→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8743 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8398 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: RESIDUES 1-12, 228-234, 299-3 -1064 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1764 5.15 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.2372 34250 --
原子変位パラメータBiso mean: 127.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.9399 Å20 Å20 Å2
2---27.9399 Å20 Å2
3---55.8799 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.906 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9813 0 35 0 9848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110052HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3513582HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3595SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes284HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1428HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10052HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1276SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12152SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3027 137 5.17 %
Rwork0.263 2514 -
all0.265 2651 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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