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- PDB-2y32: Crystal structure of bradavidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y32
タイトルCrystal structure of bradavidin
要素BLR5658 PROTEIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Leppiniemi, J. / Gronroos, T. / Johnson, M.S. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P. / Airenne, T.T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure of Bradavidin - C-Terminal Residues Act as Intrinsic Ligands.
著者: Leppiniemi, J. / Gronroos, T. / Maatta, J.A.E. / Johnson, M.S. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P. / Airenne, T.T.
履歴
登録2010年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Other
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -4-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLR5658 PROTEIN
B: BLR5658 PROTEIN
C: BLR5658 PROTEIN
D: BLR5658 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5674
ポリマ－57,5674
非ポリマー00
水12,250680
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14040 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.712, 84.868, 120.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.96559, -0.2395, -0.1014), (-0.23829, 0.65851, 0.71385), (-0.10419, 0.71345, -0.69292)103.42558, -19.51832, 80.25967
2given(0.91894, 0.10573, 0.37995), (0.10232, -0.99432, 0.02922), (0.38088, 0.01202, -0.92454)-13.49884, -1.16503, 68.3793
3given(-0.94468, 0.12473, -0.30335), (0.14774, -0.66389, -0.73309), (-0.29283, -0.73736, 0.60873)110.60921, 30.35186, 34.37062
4given(-0.95147, 0.13351, -0.27726), (0.11901, -0.67122, -0.73164), (-0.28378, -0.72914, 0.62276)109.76263, 31.62576, 33.18629
5given(0.90724, 0.11422, 0.4048), (0.11455, -0.99314, 0.0235), (0.4047, 0.02504, -0.9141)-14.06161, -1.57557, 66.61932
6given(-0.96454, -0.23421, -0.12168), (-0.25014, 0.66408, 0.70458), (-0.08421, 0.71003, -0.69912)104.30981, -18.65276, 79.51627

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要素

#1: タンパク質
BLR5658 PROTEIN / BRADAVIDIN


分子量: 14391.656 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 26-163 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AUTHORS REPORT RESIDUES 1-25 ARE A SIGNAL PEPTIDE THAT IS ABSENT IN CRYSTALLIZED FORM
由来: (組換発現) BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89IH6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 1-25 CORRESPOND TO A SIGNAL PEPTIDE THAT IS ASSUMED TO BE ABSENT FROM THE CRYSTALLIZED PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: HOMOLOGY MODELS WERE CREATED USING MODELLER.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.7 MICROLITER OF WELL SOLUTION CONTAINING 25% PEG 4000, 0.17 M AMMONIUM ACETATE, AND 0.08 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 WERE MIXED WITH 0.8 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 0.4 MG PER ML ...詳細: 0.7 MICROLITER OF WELL SOLUTION CONTAINING 25% PEG 4000, 0.17 M AMMONIUM ACETATE, AND 0.08 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 WERE MIXED WITH 0.8 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 0.4 MG PER ML OF PROTEIN, 50 MM SODIUM ACETATE, PH 4. THE PROTEIN SOLUTION WAS DILUTED WITH SATURATED SOLUTION OF 4-HYDROXYAZOBENZENE-2-CARBOXYLIC ACID IN 1 TO 10 VOLUME RATIO BEFORE CRYSTALLIZATION, WHICH WAS AT RT USING THE VAPOUR DIFFUSION METHOD AND SITTING DROPS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04192
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04192 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→25 Å / Num. obs: 46670 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AN ENSEMBLE OF THREE HOMOLOGY MODELS OF BRADAVIDIN BASED ON PDB ENTRIES 1AVD, 1MK5, AND 2UYW.

1avd

1mk5

2uyw


解像度: 1.78→28.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.123 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18243 2365 5.1 %RANDOM
Rwork0.1444 ---
obs0.14639 44303 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.011 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→28.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 0 680 4714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.9015814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9045591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.52326.121165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.22115610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.761.52743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34624383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14231487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1594.51408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 167 -
Rwork0.182 3208 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12510.1887-0.19510.6579-0.35731.01660.01220.02350.07440.00850.02210.0701-0.0145-0.1151-0.03430.07150.0007-0.00450.05210.00940.077239.003-2.31354.971
20.87850.2107-0.11470.7988-0.34531.5088-0.01570.04820.0334-0.0831-0.0501-0.1481-0.10940.21990.06570.1049-0.0202-0.00440.09060.03450.105660.5888.99936.582
30.68460.08770.08320.8069-0.46521.2917-0.03470.08770.0446-0.12550.03490.07610.0244-0.1085-0.00010.1003-0.011-0.0170.07720.01770.086842.855.85232.114
40.8739-0.01380.05840.9148-0.35261.1962-0.0046-0.03050.01950.0651-0.0312-0.06160.00480.09370.03580.0588-0.0024-0.00110.04690.0120.072157.138-3.11758.404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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