PDB-2y25: Crystal structure of the myomesin domains My11-My13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y25

タイトル

Crystal structure of the myomesin domains My11-My13

要素

MYOMESIN

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / SARCOMERE / M-BAND / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

extraocular skeletal muscle development / striated muscle myosin thick filament / protein kinase A signaling / M band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / positive regulation of protein secretion / kinase binding / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Pinotsis, N. / Chatziefthimiou, S.D. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Superhelical Architecture of the Myosin Filament-Linking Protein Myomesin with Unusual Elastic Properties.
著者: Pinotsis, N. / Chatziefthimiou, S.D. / Berkemeier, F. / Beuron, F. / Mavridis, I.M. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Morris, E. / Rief, M. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2010年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y25.cif.gz	497 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y25.ent.gz	415.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	2y25_full_validation.pdf.gz	523.8 KB	表示
XML形式データ	2y25_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	2y25_validation.cif.gz	68.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y23C 3rbsC 2r15S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lnh-d 6tfn-d 6t9h-d 2frv-d 3mc2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MYOMESIN

B: MYOMESIN

C: MYOMESIN

D: MYOMESIN

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MYOMESIN

B: MYOMESIN

A: MYOMESIN

B: MYOMESIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: MYOMESIN

D: MYOMESIN

C: MYOMESIN

D: MYOMESIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.201, 155.201, 106.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5
1	6
2	6

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1352:1403 OR RESSEQ 1409:1461)
2	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1352:1403 OR RESSEQ 1409:1461)
1	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 1353:1461)
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 1353:1461)
1	1	3	CHAIN A AND (RESSEQ 1462:1570)
2	1	3	CHAIN C AND (RESSEQ 1462:1570)
1	1	4	CHAIN B AND (RESSEQ 1462:1570)
2	1	4	CHAIN D AND (RESSEQ 1462:1570)
1	1	5	CHAIN A AND (RESSEQ 1571:1666)
2	1	5	CHAIN C AND (RESSEQ 1571:1666)
1	1	6	CHAIN B AND (RESSEQ 1571:1666)
2	1	6	CHAIN D AND (RESSEQ 1571:1666)

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	MYOMESIN / 190 KDA CONNECTIN-ASSOCIATED PROTEIN / 190 KDA TITIN-ASSOCIATED PROTEIN / MYOMESIN FAMILY MEMBER 1 分子量: 35693.348 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAINS MY11, MY12, MY13, RESIDUES 1357-1667 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52179
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

MYOMESIN / 190 KDA CONNECTIN-ASSOCIATED PROTEIN / 190 KDA TITIN-ASSOCIATED PROTEIN / MYOMESIN FAMILY MEMBER 1

分子量: 35693.348 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAINS MY11, MY12, MY13, RESIDUES 1357-1667 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52179

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.22 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: MES PH 6, 220 MM LI2SO4, 13% PEG 8K.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0044
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: SILICON TOROIDAL MIRROR COATED WITH RHODIUM
放射	モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL- CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0044 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 29917 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 88.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.83
反射シェル	解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R15

2r15

解像度: 3.5→19.95 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2658	1234	4.1 %
R_work	0.2166	-	-
obs	0.2186	29917	93.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.02 Å² / k_sol: 0.212 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 128.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5304 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.5304 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.0781 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9534	0	0	0	9534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	9732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.567	13226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.725	3394
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	1514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1700

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	784	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	784	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
2	1	D	839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
3	1	A	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	C	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
4	1	B	846	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	D	846	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
5	1	A	733	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	C	733	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
6	1	B	733	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	D	733	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.6394	0.3597	121	0.3135	2852	X-RAY DIFFRACTION	84
3.6394-3.8039	0.33	113	0.2868	3038	X-RAY DIFFRACTION	89
3.8039-4.003	0.2848	143	0.2401	3100	X-RAY DIFFRACTION	92
4.003-4.2515	0.2506	139	0.2008	3180	X-RAY DIFFRACTION	94
4.2515-4.5761	0.2265	147	0.1621	3285	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5761-5.0299	0.187	157	0.1512	3292	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0299-5.7425	0.2356	157	0.1758	3299	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7425-7.1785	0.3048	133	0.2176	3334	X-RAY DIFFRACTION	97
7.1785-19.9505	0.2777	124	0.2196	3303	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-1.187	1.5452	-0.696	-0.4928	1.7021	-1.7176	0.5778	-0.2501	0.3844	0.1986	-0.6026	-0.2539	-0.6229	-0.1898	-0.0002	1.952	0.5218	0.2737	1.7313	-0.1937	1.8241	12.4498	106.5427	-20.2255
2	3.5598	-3.2825	-1.4558	6.623	-0.8814	2.5449	0.3765	1.6333	0.2661	-2.0227	-0.7418	1.5036	-1.2096	-1.7752	0.177	1.1533	0.6223	-0.4144	1.6465	-0.2916	0.9055	35.5906	77.9265	-37.0053
3	2.8098	-1.6801	2.0088	2.621	0.6311	5.823	0.3587	0.1605	-0.6898	-0.6734	0.0209	-0.0637	0.7635	-0.5416	0.2502	0.4919	-0.0125	0.1305	0.3267	0.0703	0.4175	72.5781	63.4225	-9.2926
4	1.7058	-1.0009	-0.1057	1.0101	-1.7262	1.317	0.0867	0.2448	-0.461	-0.1366	-0.043	0.7452	-0.0294	0.1395	0.0125	0.5213	0.1284	0.0147	0.9132	0.2205	1.0623	124.5547	28.8944	15.1685
5	5.6493	-2.1127	-0.0371	1.9564	1.0154	1.3651	-0.3777	-1.4984	-0.7284	0.8197	-0.0037	-0.2274	0.7251	-0.1275	-0.8132	0.4429	-0.0263	0.1269	1.031	0.4827	0.6547	90.8544	38.4332	35.9924
6	3.7743	-0.8442	-0.886	2.8608	-1.7115	4.0733	0.0424	-0.3991	-0.1223	-0.3382	-0.031	0.4867	0.434	-0.2832	0.0988	0.2602	-0.0701	-0.0486	0.4817	-0.1736	0.3898	65.5559	68.5219	8.4677
7	-0.5354	1.0819	1.8118	-0.8575	-0.9997	-1.6085	-0.5159	0.2685	-0.4702	-0.8099	0.4923	0.1484	0.021	-0.1334	0.0006	1.8261	0.4436	-0.168	1.8476	0.2114	1.8321	-28.9085	65.1335	113.7984
8	6.924	-3.639	-0.1763	3.5633	-2.6161	2.8406	-0.8323	-2.265	1.7195	1.4296	0.2588	0.2832	-2.1704	-1.3526	-0.1194	1.5926	0.551	-0.2893	1.0954	-0.4125	0.8992	-0.2851	42.0542	130.5529
9	1.4377	-1.1798	0.2584	2.7214	0.6414	5.044	-0.0458	-0.622	-0.033	0.0908	0.3711	-0.5373	-0.447	0.8669	0.3555	0.3757	0.0189	0.1043	0.5187	0.1143	0.4954	14.1901	5.0157	102.8641
10	1.3381	-1.3804	-2.1824	1.3007	-0.9521	0.6155	0.0156	-0.2712	0.8044	0.2881	0.1715	-0.1559	0.2267	-0.0692	0.0122	1.0127	0.1043	0.1962	0.4927	0.0199	0.9973	48.7116	-46.9792	78.3749
11	2.0078	-2.1294	0.4483	6.4414	-0.7408	1.2051	-0.0314	0.7204	0.0937	-1.4184	-0.3172	-1.2173	0.1167	0.8245	-0.9906	0.9898	-0.0251	0.4506	0.3551	0.1308	0.627	39.1535	-13.2444	57.5625
12	2.5167	-0.5775	-2.2069	3.81	-1.5565	2.9524	0.0846	-0.2467	0.3801	-0.1971	0.0543	-0.1472	-0.3016	0.2328	0.0615	0.4721	-0.062	-0.1462	0.348	-0.04	0.3919	9.0806	12.0509	85.0854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1352:1461)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 1462:1570)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 1571:1666)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 1353:1461)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 1462:1570)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 1571:1666)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN C AND RESID 1352:1461)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN C AND RESID 1462:1570)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 1571:1666)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN D AND RESID 1353:1461)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN D AND RESID 1462:1570)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESID 1571:1666)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)