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万見
- PDB-2y22: Human AlphaB-crystallin Domain (residues 67-157) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y22
タイトルHuman AlphaB-crystallin Domain (residues 67-157)
要素ALPHA-CRYSTALLIN B
キーワードCHAPERONE / SMALL HEAT SHOCK PROTEIN / STRESS PROTEIN / EYE LENS PROTEIN / CATARACT
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / negative regulation of cell growth / cellular response to gamma radiation / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / microtubule binding / perikaryon / dendritic spine / lysosome / response to hypoxia / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like ...Alpha-crystallin B chain, ACD domain / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Clark, A.R. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of R120G Disease Mutant of Human Alphab-Crystallin Domain Dimer Shows Closure of a Groove
著者: Clark, A.R. / Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Alpha-Crystallin Domain Dimers of Alphab-Crystallin and Hsp20.
著者: Bagneris, C. / Bateman, O.A. / Naylor, C.E. / Cronin, N. / Boelens, W.C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
履歴
登録2010年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CRYSTALLIN B
B: ALPHA-CRYSTALLIN B
C: ALPHA-CRYSTALLIN B
D: ALPHA-CRYSTALLIN B
E: ALPHA-CRYSTALLIN B
F: ALPHA-CRYSTALLIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3276
ポリマ－65,3276
非ポリマー00
水00
1
A: ALPHA-CRYSTALLIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8881
ポリマ－10,8881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALPHA-CRYSTALLIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8881
ポリマ－10,8881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ALPHA-CRYSTALLIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8881
ポリマ－10,8881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ALPHA-CRYSTALLIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8881
ポリマ－10,8881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ALPHA-CRYSTALLIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8881
ポリマ－10,8881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: ALPHA-CRYSTALLIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8881
ポリマ－10,8881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.280, 78.340, 131.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.44014, -0.52059, 0.73161), (-0.4797, -0.55243, -0.68169), (0.75905, -0.651, -0.00658)-40.65305, -13.10399, 21.90426
2given(-0.64705, -0.69662, -0.30991), (-0.16675, -0.26733, 0.94907), (-0.74399, 0.66577, 0.05681)-30.51887, -68.17198, 21.05918
3given(0.48923, 0.87213, -0.0061), (0.87196, -0.48896, 0.02469), (0.01855, -0.0174, -0.99968)0.09719, -39.3685, 43.45347
4given(-0.56098, 0.82569, -0.05953), (-0.82762, -0.56101, 0.01782), (-0.01868, 0.05927, 0.99807)-18.37072, -28.72197, 44.49226
5given(-0.06013, 0.01077, -0.99813), (0.6723, 0.73957, -0.03252), (0.73784, -0.673, -0.05171)-5.8462, 10.07737, 66.42694

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要素

#1: タンパク質
ALPHA-CRYSTALLIN B / ALPHAB-CRYSTALLIN / ALPHA(B)-CRYSTALLIN / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL CARCINOMA ...ALPHAB-CRYSTALLIN / ALPHA(B)-CRYSTALLIN / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-27 / ROSENTHAL FIBER COMPONENT


分子量: 10887.827 Da / 分子数: 6 / 断片: ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN (ACD), RESIDUES 67-157 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONE CONTAINING PROTEIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02511
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 137 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 137 TO MET ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 137 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 137 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 137 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 137 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 137 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 137 TO MET
Has protein modificationY
配列の詳細L 137 MUTATED TO METHIONINE TO AID IN PHASING ALPHAB CRYSTALLIN DOMAIN RESIDUES 67-157

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: SITTING DROPS WITH 20 MG/ML PROTEIN IN 25 MM TRIS, PH 8.5, 200 MM NACL EQUILIBRATED AGAINST 110 MM BICINE, PH 9.0, 55% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→67.4 Å / Num. obs: 7861 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 56.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y1Y

2y1y


解像度: 3.7→59.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8542 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 361 4.6 %RANDOM
Rwork0.2132 ---
obs0.2162 7846 --
原子変位パラメータBiso mean: 88.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.5234 Å20 Å20 Å2
2---23.0258 Å20 Å2
3---7.5023 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.739 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→59.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 0 0 0 3342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083413HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.074658HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1067SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes533HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3413HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion477SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3437SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.7→4.14 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 95 4.37 %
Rwork0.2138 2079 -
all0.2167 2174 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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