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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y1v | ||||||
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タイトル | Full length structure of RrgB Pilus protein from Streptococcus pneumoniae | ||||||
要素 | CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / MAJOR PILIN / PILUS ASSEMBLY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å | ||||||
データ登録者 | El-Mortaji, L. / Contreras-Martel, C. / Manzano, C. / Vernet, T. / Dessen, A. / DiGuilmi, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012 タイトル: The Full-Length Streptococcus Pneumoniae Major Pilin Rrgb Crystallizes in a Fibre-Like Structure, which Presents the D1 Isopeptide Bond and Provides Details on the Mechanism of Pilus Polymerization. 著者: El Mortaji, L. / Contreras-Martel, C. / Moschioni, M. / Ferlenghi, I. / Manzano, C. / Vernet, T. / Dessen, A. / Di Guilmi, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y1v.cif.gz | 690.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y1v.ent.gz | 574 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y1v_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2y1v_full_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2y1v_validation.xml.gz | 39 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y1v_validation.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2x9wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65358.672 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 30-633 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ISOPEPTIDE BONDS K41 AND N184, K193 AND N318, K349 AND N428, K453 AND N623 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: PLIM (PROTEIN EXPERT, GRENOBLE) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL (INVITROGEN) / 参照: UniProt: Q97SC2, UniProt: A0A0H2UNM7*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 23% PEG 8000, 0.1M TRIS PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97485 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97485 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.39→20 Å / Num. obs: 164140 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 47.736 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 25.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.54 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2X9W 解像度: 2.39→113.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 18.266 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.737 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→113.53 Å
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拘束条件 |
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