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万見
- PDB-2y1q: Crystal Structure of ClpC N-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1q
タイトルCrystal Structure of ClpC N-terminal Domain
要素NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain ...Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp repeat (R) N-terminal domain / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / AAA domain (Cdc48 subfamily) / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wang, F. / Mei, Z.Q. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Hexameric Meca-Clpc Molecular Machine.
著者: Wang, F. / Mei, Z. / Qi, Y. / Yan, C. / Hu, Q. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2010年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / software / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8386
ポリマ－16,3581
非ポリマー4805
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.916, 84.916, 31.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB / CLPC N-DOMAIN


分子量: 16357.794 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37571
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 100MM SODIUM ACETATE, PH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月24日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 19614 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.29 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.08
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 2.14 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
BRUKERPROTEUM2データ削減
BRUKERPROTEUM2データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→27.795 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 1014 5.2 %
Rwork0.1696 --
obs0.1711 19594 92.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.01 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1983 Å20 Å20 Å2
2---1.1983 Å2-0 Å2
3---2.3966 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1039 0 25 120 1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4181447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.826400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.57910.29241300.24162318X-RAY DIFFRACTION82
1.5791-1.6780.22611210.2042448X-RAY DIFFRACTION85
1.678-1.80760.17521280.17592509X-RAY DIFFRACTION89
1.8076-1.98940.18541680.15062619X-RAY DIFFRACTION92
1.9894-2.27720.20921480.14222854X-RAY DIFFRACTION100
2.2772-2.86860.17561670.14582876X-RAY DIFFRACTION100
2.8686-27.80.18351520.17052956X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.7182 Å / Origin y: 2.4947 Å / Origin z: 0.3551 Å
111213212223313233
T0.0568 Å20.0022 Å2-0.0056 Å2-0.0808 Å2-0.005 Å2--0.0661 Å2
L0.5611 °2-0.1778 °2-0.1555 °2-1.0004 °2-0.1263 °2--0.5195 °2
S0.0201 Å °-0.0096 Å °0.0782 Å °-0.0049 Å °-0.0265 Å °-0.0782 Å °0.0069 Å °0.052 Å °0.0076 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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