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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y1f | ||||||
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タイトル | X-ray structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, DXR, Rv2870c, from Mycobacterium tuberculosis, in complex with a 3,4- dichlorophenyl-substituted fosmidomycin analogue, manganese and NADPH. | ||||||
![]() | 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DOXP/MEP PATHWAY | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Henriksson, L.M. / Larsson, A.M.S. / Bergfors, T. / Bjorkelid, C. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design, Synthesis and X-Ray Crystallographic Studies of Alpha-Aryl Substituted Fosmidomycin Analogues as Inhibitors of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose-5-Phosphate Reductoisomerase 著者: Andaloussi, M. / Henriksson, L.M. / Wieckowska, A. / Lindh, M. / Bjorkelid, C. / Larsson, A.M.S. / Iyer, H. / Srinivasa, B.R. / Bergfors, T. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Larhed, M. / Jones, T.A. / Karlen, A. #1: ![]() タイトル: The 1.9 A Resolution Structure of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose 5-Phosphate Reductoisomerase, a Potential Drug Target. 著者: Henriksson, L.M. / Bjorkelid, C. / Mowbray, S.L. / Unge, T. #2: ![]() タイトル: Structures of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D-Xylulose-5-Phosphate Reductoisomerase Provide New Insights Into Catalysis. 著者: Henriksson, L.M. / Unge, T. / Carlsson, J. / Aqvist, J. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4918, 0.857, 0.1542), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41700.973 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 24-412 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / プラスミド: PET101D-TOPO / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2VLK3, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase |
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-非ポリマー , 5種, 502分子 ![](data/chem/img/34F.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-34F / ( | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→45 Å / Num. obs: 51333 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 88.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2JCZ ![]() 2jcz 解像度: 1.96→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.447 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A199-A204 WERE NOT OBSERVED. LIGAND 34F IS EQUIVALENT TO COMPOUND 9A IN THE PRIMARY REFERENCE.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.557 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→45 Å
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拘束条件 |
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