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- PDB-2y0t: The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y0t
タイトルThe mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane receptors - the A291F mutant
要素AF1503
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HAMP domain in histidine kinase / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Zeth, K. / Ferris, H.U. / Hulko, M. / Lupas, A.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The Mechanisms of Hamp-Mediated Signaling in Transmembrane Receptors.
著者: Ferris, H.U. / Dunin-Horkawicz, S. / Mondejar, L.G. / Hulko, M. / Hantke, K. / Martin, J. / Schultz, J.E. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22016年12月7日Group: Other / Structure summary
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AF1503
B: AF1503


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1682
ポリマ－12,1682
非ポリマー00
水2,144119
1
A: AF1503
B: AF1503

A: AF1503
B: AF1503


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3364
ポリマ－24,3364
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-41.2 kcal/mol
Surface area10340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.070, 34.320, 47.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A280 - 330
2115B280 - 330

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要素

#1: タンパク質 AF1503


分子量: 6083.946 Da / 分子数: 2 / 断片: HAMP DOMAIN, RESIDUES 278-331 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: GENOMIC DNA / プラスミド: GST-FUSION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO PHE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 20 MM MOPS, 100 MM NACL, 20% PEG 3350., pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.976
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 28953 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 3.6 / 冗長度: 3.05 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 3.08 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.3→19.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.621 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20855 1559 5.1 %RANDOM
Rwork0.17311 ---
obs0.17491 28953 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.026 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20.06 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数796 0 0 119 915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.022848
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7621.9831156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0165115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.5992440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.19815171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6051510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3491.5530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2982871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.973318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0164.5276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.1483848
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A189medium positional0.470.5
2B189medium positional0.470.5
1A177loose positional1.045
2B177loose positional1.045
1A189medium thermal2.62
2B189medium thermal2.62
1A177loose thermal3.1110
2B177loose thermal3.1110
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 109 -
Rwork0.264 2093 -
obs--96.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1797-0.17240.06374.2281-1.7092.0444-0.0780.04520.045-0.01490.0188-0.1703-0.02690.04330.05920.0784-0.01610.00260.05310.00480.04939.921417.271
21.3964-1.09871.41062.2197-0.67282.23430.11920.1526-0.1156-0.1919-0.03740.03930.10310.1645-0.08190.07340.00780.0040.0677-0.00720.03947.453-4.10910.682
33.284-1.28221.028211.01610.77115.5547-0.31250.25650.1569-0.42560.2381-0.2372-0.60790.58890.07440.1643-0.0507-0.01950.10360.01490.01325.0625.611-0.401
41.68330.6281.00541.08380.51042.883-0.0607-0.02130.1995-0.0613-0.06040.1422-0.2329-0.20180.12110.0784-0.0022-0.00290.09160.00450.0717-0.1138.31718.023
53.931-0.11610.37621.90380.34420.72550.0991-0.21210.0459-0.1179-0.23420.2528-0.1841-0.45120.13510.08560.1122-0.00480.2838-0.08260.0827-6.2242.23318.123
62.620.58711.88932.8991.40896.34930.2616-0.2146-0.30680.1534-0.07930.13230.4166-0.2731-0.18230.0628-0.03720.00940.10290.02270.0999-2.602-4.7421.29
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A279 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2A299 - 323
3X-RAY DIFFRACTION3A324 - 330
4X-RAY DIFFRACTION4B280 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5B297 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6B314 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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