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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y0l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa OpdO | ||||||
![]() | CIS-ACONITATE PORIN OPDH | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / OUTER MEMBRANE / OPRD | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Touw, D.S. / Vijayaraghavan, J. / Vandenberg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa Opdo 著者: Touw, D.S. / Vijayaraghavan, J. / Vandenberg, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44433.492 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE PROTEIN, RESIDUES 26-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | AUTHORS INDICATE THAT THIS IS THE MATURE PROTEIN LACKING 25 RESIDUE SIGNAL PEPTIDE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.05 M DISODIUM PHOSPHATE PH 4, 33% PEG 400. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 18242 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2QTK 解像度: 2.59→40.29 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.54 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→40.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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