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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y0k | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa OpdO | ||||||
![]() | PYROGLUTATMATE PORIN OPDO | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / OUTER MEMBRANE / TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Touw, D.S. / Vijayaraghavan, J. / Vandenberg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa Opdo 著者: Touw, D.S. / Vijayaraghavan, J. / Vandenberg, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42683.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.5, 8.8% PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 26233 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Y0H 解像度: 2.295→19.747 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.096 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.295→19.747 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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