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- PDB-2xze: Structural basis for AMSH-ESCRT-III CHMP3 interaction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xze
タイトルStructural basis for AMSH-ESCRT-III CHMP3 interaction
要素
  • CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 3
  • STAM-BINDING PROTEIN
キーワードHYDROLASE/PROTEIN TRANSPORT / HYDROLASE-PROTEIN TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endosome size / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...regulation of endosome size / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / deubiquitinase activity / midbody abscission / suppression of viral release by host / regulation of centrosome duplication / membrane fission / late endosome to vacuole transport / multivesicular body assembly / phosphatidylcholine binding / multivesicular body membrane / negative regulation of Ras protein signal transduction / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / plasma membrane repair / regulation of mitotic spindle assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / hippocampal neuron apoptotic process / protein K63-linked deubiquitination / molecular function inhibitor activity / regulation of early endosome to late endosome transport / metal-dependent deubiquitinase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / K63-linked deubiquitinase activity / Macroautophagy / nucleus organization / positive regulation of cytokinesis / viral budding via host ESCRT complex / ubiquitin-specific protease binding / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / autophagosome membrane / viral release from host cell / protein polymerization / Pyroptosis / autophagosome maturation / protein deubiquitination / nuclear pore / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / multivesicular body / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / viral budding from plasma membrane / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / HCMV Late Events / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / kinetochore / autophagy / Metalloprotease DUBs / late endosome / protein transport / cytoplasmic vesicle / midbody / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / early endosome / endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
STAMBP/STALP-like, MPN domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Snf7 family / Snf7 / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain ...STAMBP/STALP-like, MPN domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Snf7 family / Snf7 / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
STAM-binding protein / Charged multivesicular body protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Solomons, J. / Sabin, C. / Weissenhorn, W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Escrt-III Chmp3 Recruitment of Amsh.
著者: Solomons, J. / Sabin, C. / Poudevigne, E. / Usami, Y. / Hulsik, D.L. / Macheboeuf, P. / Hartlieb, B. / Gottlinger, H. / Weissenhorn, W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for Autoinhibition of Escrt-III Chmp3.
著者: Lata, S. / Roessle, M. / Solomons, J. / Jamin, M. / Gottlinger, H.G. / Svergun, D.I. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2010年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STAM-BINDING PROTEIN
B: STAM-BINDING PROTEIN
Q: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 3
R: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9894
ポリマ－42,9894
非ポリマー00
水6,954386
1
B: STAM-BINDING PROTEIN
R: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4942
ポリマ－21,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
2
A: STAM-BINDING PROTEIN
Q: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4942
ポリマ－21,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-4.7 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.970, 45.970, 206.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 STAM-BINDING PROTEIN / ASSOCIATED MOLECULE WITH THE SH3 DOMAIN OF STAM / ENDOSOME-ASSOCIATED UBIQUITIN ISOPEPTIDASE


分子量: 17162.611 Da / 分子数: 2 / 断片: MIT DOMAIN, RESIDUES 1-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O95630, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 3 / CHROMATIN-MODIFYING PROTEIN 3 / NEUROENDOCRINE DIFFERENTIATION FACTOR / VACUOLAR PROTEIN SORTING- ...CHROMATIN-MODIFYING PROTEIN 3 / NEUROENDOCRINE DIFFERENTIATION FACTOR / VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 24 / HVPS24 / CHMP3


分子量: 4331.674 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERM FRAGMENT, RESIDUES 183-222 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3E7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 3.3 MG/ML OF AMSH PROTEIN IN 10 MM HEPES PH 8.0, 100 MM NACL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME WELL CONDITION: 2.2 M SODIUM MALONATE,WITH 30 % GLYCEROL AS CRYO-PROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9760, 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日 / 詳細: TORODIAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: U35 UNDULATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9761
20.97951
反射解像度: 1.75→44.85 Å / Num. obs: 141404 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→51.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.52 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22694 2164 5 %RANDOM
Rwork0.19163 ---
obs0.19333 40725 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 0 386 3029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9953686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6995329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.88424.366142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39415556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9981525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1361.51712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81722660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06431164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9614.51024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 171 -
Rwork0.305 3014 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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