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万見
- PDB-3fyq: Structure of Drosophila melanogaster talin IBS2 domain (residues ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyq
タイトルStructure of Drosophila melanogaster talin IBS2 domain (residues 1981-2168)
要素CG6831-PA (Talin)
キーワードCELL ADHESION / 5-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


Integrin signaling / Smooth Muscle Contraction / maintenance of epithelial integrity, open tracheal system / lumen formation, open tracheal system / cardiac muscle cell-cardiac muscle cell adhesion / apposition of dorsal and ventral imaginal disc-derived wing surfaces / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / terminal branching, open tracheal system / muscle attachment / germ-band shortening ...Integrin signaling / Smooth Muscle Contraction / maintenance of epithelial integrity, open tracheal system / lumen formation, open tracheal system / cardiac muscle cell-cardiac muscle cell adhesion / apposition of dorsal and ventral imaginal disc-derived wing surfaces / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / terminal branching, open tracheal system / muscle attachment / germ-band shortening / Platelet degranulation / MAP2K and MAPK activation / border follicle cell migration / larval somatic muscle development / imaginal disc-derived wing morphogenesis / sarcomere organization / cell adhesion mediated by integrin / ruffle / cell-cell adhesion / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / neuron differentiation / actin filament binding / integrin binding / cytoskeleton / cell adhesion / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Talin, central domain / A middle domain of Talin 1 / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain ...Talin, central domain / A middle domain of Talin 1 / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cheung, T.Y.S. / Fairchild, M.J. / Zarivach, R. / Tanentzapf, G. / Van Petegem, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the talin integrin binding domain 2.
著者: Cheung, T.Y. / Fairchild, M.J. / Zarivach, R. / Tanentzapf, G. / Van Petegem, F.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG6831-PA (Talin)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3261
ポリマ－21,3261
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.919, 40.079, 57.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-53-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CG6831-PA (Talin)


分子量: 21325.990 Da / 分子数: 1 / 断片: IBS2 domain, UNP residues 1981-2168 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: rhea, CG6831, Dmel_CG6831 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLacI / 参照: UniProt: Q9VSL8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.95
詳細: 0.1M Bicine pH 9.95, 1-2M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9808, 0.9811, 0.9694
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98081
20.98111
30.96941
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 13427 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXD位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→36.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 3.971 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25548 678 5 %RANDOM
Rwork0.20625 ---
obs0.20875 12749 94.82 %-
all-13505 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.455 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å2-0.46 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 0 76 1355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.741.9511753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.355182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.11225.95242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.09915213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.155155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1281.5898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07821432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1683389
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8774.5320
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 28 -
Rwork0.267 653 -
obs--63.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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