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万見
- PDB-2xyx: Novel Sulfonylthiadiazoles with an Unusual Binding Mode as Partia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xyx
タイトルNovel Sulfonylthiadiazoles with an Unusual Binding Mode as Partial Dual Peroxisome Proliferator-Activated Receptor (PPAR) gamma-delta Agonists with High Potency and In-vivo Efficacy
要素PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / RECEPTOR (受容体) / ACTIVATOR / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process / Carnitine metabolism / negative regulation of myoblast differentiation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / cellular response to nutrient levels / decidualization / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / fatty acid transport / adipose tissue development / energy homeostasis / 着床 / cholesterol metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of miRNA transcription / fatty acid metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / apoptotic signaling pathway / wound healing / lipid metabolic process / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / glucose metabolic process / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / apoptotic process / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / PPAR / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / PPAR / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z00 / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Marquette, J.-P. / Mathieu, M.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2011
タイトル: Sulfonylthiadiazoles with an Unusual Binding Mode as Partial Dual Peroxisome Proliferator-Activated Receptor (Ppar) Gamma / Delta Agonists with High Potency and in-Vivo Efficacy
著者: Keil, S. / Matter, H. / Schonafinger, K. / Glien, M. / Mathieu, M. / Marquette, J.-P. / Michot, N. / Haag-Diergarten, S. / Urmann, M. / Wendler, W.
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5896
ポリマ－65,9922
非ポリマー1,5974
水55831
1
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7953
ポリマ－32,9961
非ポリマー7982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7953
ポリマ－32,9961
非ポリマー7982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.471, 93.213, 97.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA / / NUCI / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR 1 / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 2 / PEROXISOME ...NUCI / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR 1 / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 2 / PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR BETA / PPAR-DELTA / NUC1 / PPAR-BETA


分子量: 32996.246 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 165-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-Z00 / 4-[2-[[3-CHLORO-5-(TRIFLUOROMETHYL)PYRIDIN-2-YL]AMINO]ETHYL]-N-(5-PROPAN-2-YL-1,3,4-THIADIAZOL-2-YL)BENZENESULFONAMIDE


分子量: 505.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19ClF3N5O2S2
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NTERMINAL HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PEG8000 10% - BISTRISPROPANE 40MM PH 7 - DTT 5MM - KCL 300MM - PROPANEDIOL 5% - EDTA 1MM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→96.67 Å / Num. obs: 17896 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 62.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE STRUCTURE

解像度: 2.7→26.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8597 / SU R Cruickshank DPI: 1.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.09 / SU Rfree Blow DPI: 0.346 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2637 1392 7.79 %RANDOM
Rwork0.2119 ---
obs0.2159 17858 92.54 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.6499 Å20 Å2-5.5551 Å2
2---1.746 Å20 Å2
3---11.3959 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.372 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4228 0 104 31 4363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014428HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.215986HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1534SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes692HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4428HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion574SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4962SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 240 8.15 %
Rwork0.2322 2703 -
all0.2359 2943 -
obs--92.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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