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万見
- PDB-2xyw: Novel Sulfonylthiadiazoles with an Unusual Binding Mode as Partia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xyw
タイトルNovel Sulfonylthiadiazoles with an Unusual Binding Mode as Partial Dual Peroxisome Proliferator-Activated Receptor (PPAR) gamma-delta Agonists with High Potency and In-vivo Efficacy
要素PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / RECEPTOR / ACTIVATOR / ZINC-FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process / negative regulation of myoblast differentiation / Carnitine shuttle / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / decidualization / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / adipose tissue development / cellular response to nutrient levels / fatty acid transport / energy homeostasis / embryo implantation / cholesterol metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of miRNA transcription / apoptotic signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / fatty acid metabolic process / wound healing / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / glucose metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08S / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Marquette, J.-P. / Mathieu, M.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2011
タイトル: Sulfonylthiadiazoles with an Unusual Binding Mode as Partial Dual Peroxisome Proliferator-Activated Receptor (Ppar) Gamma / Delta Agonists with High Potency and in-Vivo Efficacy
著者: Keil, S. / Matter, H. / Schonafinger, K. / Glien, M. / Mathieu, M. / Marquette, J.-P. / Michot, N. / Haag-Diergarten, S. / Urmann, M. / Wendler, W.
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6556
ポリマ－65,9922
非ポリマー1,6634
水00
1
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8283
ポリマ－32,9961
非ポリマー8312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8283
ポリマ－32,9961
非ポリマー8312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.368, 93.218, 97.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR DELTA / NUCI / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR 1 / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 2 / PEROXISOME ...NUCI / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR 1 / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 2 / PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR BETA / PPAR-DELTA / NUC1 / PPAR-BETA


分子量: 32996.246 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 165-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-08S / 3-CHLORO-6-FLUORO-N-[2-[4-[(5-PROPAN-2-YL-1,3,4-THIADIAZOL-2-YL)SULFAMOYL]PHENYL]ETHYL]-1-BENZOTHIOPHENE-2-CARBOXAMIDE


分子量: 539.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20ClFN4O3S3
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
配列の詳細NTERMINAL HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PEG8000 8%,BISTRISPROPANE 40MM, PH7, PROPANEDIOL 5%, KCL 300MM, DTT 5MM, EDTA 1MM, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→96.67 Å / Num. obs: 12270 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 80.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3.14→3.31 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE STRUCTURE

解像度: 3.14→14.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9233 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8476 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.442
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 581 4.79 %RANDOM
Rwork0.1878 ---
obs0.1906 12134 99.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3712 Å20 Å20.9325 Å2
2---0.6907 Å20 Å2
3----0.6805 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4244 0 108 0 4352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014448HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.166012HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1540SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes628HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4448HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion582SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5227SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.14→3.44 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 143 4.97 %
Rwork0.2035 2733 -
all0.2066 2876 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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