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- PDB-2xys: Crystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xys
タイトルCrystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with strychnine
要素SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / AMIDATION / CONFORMATIONAL FLEXIBILITY / CONOTOXIN / NEUROTOXIN / NICOTINIC / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN / RECEPTOR-TOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STRYCHNINE / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.909 Å
データ登録者Brams, M. / Pandya, A. / Kuzmin, D. / van Elk, R. / Krijnen, L. / Yakel, J.L. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Ulens, C.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: A Structural and Mutagenic Blueprint for Molecular Recognition of Strychnine and D-Tubocurarine by Different Cys-Loop Receptors.
著者: Brams, M. / Pandya, A. / Kuzmin, D. / Van Elk, R. / Krijnen, L. / Yakel, J.L. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Ulens, C.
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,44911
ポリマ－123,4435
非ポリマー2,0066
水19,9071105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13210 Å2
ΔGint-72.6 kcal/mol
Surface area41740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.593, 100.593, 289.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2018-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.029, -0.004), (-0.024, 0.725, 0.689), (-0.017, 0.689, -0.725)
ベクター: 52.963, 0.539, 0.403)

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要素

#1: タンパク質
SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ACHBP


分子量: 24688.578 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 20-236 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物
ChemComp-SY9 / STRYCHNINE / ストリキニン


分子量: 334.412 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N2O2 / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 200 MM SODIUM ACETATE, 100 MM BISTRISPROPANE AT PH 8.5, 15.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→49.56 Å / Num. obs: 113796 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 21.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UZ6

2uz6


解像度: 1.909→44.608 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 5414 5 %
Rwork0.1718 --
obs0.1738 107844 92.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.347 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6395 Å20 Å20 Å2
2---1.6395 Å20 Å2
3---3.2789 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.909→44.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8180 0 150 1105 9435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19412102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5583248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.909-1.97720.28984370.2498002X-RAY DIFFRACTION74
1.9772-2.05640.25645020.20049539X-RAY DIFFRACTION88
2.0564-2.150.24655200.17659989X-RAY DIFFRACTION92
2.15-2.26330.20865200.170710233X-RAY DIFFRACTION94
2.2633-2.40510.22585090.171110484X-RAY DIFFRACTION96
2.4051-2.59080.21545510.170510583X-RAY DIFFRACTION96
2.5908-2.85150.23385700.174110657X-RAY DIFFRACTION97
2.8515-3.2640.20185940.17210824X-RAY DIFFRACTION98
3.264-4.11190.1815870.149510926X-RAY DIFFRACTION98
4.1119-44.61980.17856240.158311193X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67930.20760.07710.74890.15050.75520.02960.07520.007-0.1633-0.0195-0.11850.0490.0662-0.00480.0970.00320.04720.1037-0.00890.0995-31.857619.8121-11.5998
20.51310.2608-0.20270.55790.0870.6606-0.01930.0164-0.1171-0.04050.02470.05910.0441-0.03060.01620.125-0.00390.0170.0546-0.01920.0989-51.33512.0946-6.9384
30.59870.3034-0.04730.6120.17870.7451-0.0023-0.1371-0.0390.0649-0.02260.06030.0906-0.0696-0.00610.1274-0.01080.02750.10390.02310.0777-58.92354.296818.8068
40.60530.2335-0.06860.91270.00820.62380.0193-0.1860.09620.1145-0.02-0.0398-0.01510.00090.00350.08950.0032-0.00150.1468-0.00740.0538-44.162523.651729.8927
50.66520.2446-0.15920.41810.07670.8950.0261-0.02570.04070.0167-0.0186-0.0946-0.05840.0567-0.00360.0168-0.0140.00260.0699-0.00530.075-27.277433.27711.1605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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