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- PDB-2xy3: Structure of the Bacillus subtilis prophage dUTPase with dUpNHpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xy3
タイトルStructure of the Bacillus subtilis prophage dUTPase with dUpNHpp
要素SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
キーワードHYDROLASE / PHE-LID
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / SPbeta prophage-derived deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase YosS
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Garcia-Nafria, J. / Harkiolaki, M. / Persson, R. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: The Structure of Bacillus Subtilis Sp Beta Prophage Dutpase and its Complexes with Two Nucleotides
著者: Garcia-Nafria, J. / Harkiolaki, M. / Persson, R. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2010年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
B: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
C: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
D: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
E: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
F: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,91115
ポリマ－97,0356
非ポリマー2,8769
水2,018112
1
A: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
B: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
C: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9437
ポリマ－48,5183
非ポリマー1,4264
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9480 Å2
ΔGint-79.4 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
2
D: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
E: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
F: SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9688
ポリマ－48,5183
非ポリマー1,4505
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint-92.3 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.474, 98.400, 97.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SPBC2 PROPHAGE-DERIVED DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YOSS / DUTPASE / DUTP PYROPHOSPHATASE


分子量: 16172.509 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O34919, dUTP diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 3.4 M 1,6-HEXANEDIOL, 0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2M MGCL2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→69.6 Å / Num. obs: 31651 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0086精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XX6 (CHAIN A)

2xx6


解像度: 2.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.763 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1581 5 %RANDOM
Rwork0.19409 ---
obs0.19705 29846 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6065 0 171 112 6348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.771.9958649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.914310491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2795771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27524.311283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.188151093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.51537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.552→2.618 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 109 -
Rwork0.319 2141 -
obs--98.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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