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- PDB-2xx3: HUMAN THYMIDYLATE KINASE COMPLEXED WITH thymidine butenyl phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xx3
タイトルHUMAN THYMIDYLATE KINASE COMPLEXED WITH thymidine butenyl phosphonate monophosphate and ADP
要素THYMIDYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / ACYCLIC NUCLEOSIDE PHOSPHONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion ...thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion / cellular response to growth factor stimulus / response to estrogen / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NITRATE ION / N1-[(E)-4-DIHYDROXYPHOSPHONYL-BUT-2-ENYL]-THYMINE / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Caillat, C. / Meyer, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Novel Antiviral C5-Substituted Pyrimidine Acyclic Nucleoside Phosphonates Selected as Human Thymidylate Kinase Substrates.
著者: Topalis, D. / Pradere, U. / Roy, V. / Caillat, C. / Azzouzi, A. / Broggi, J. / Snoeck, R. / Andrei, G. / Lin, J. / Eriksson, S. / Alexandre, J.A.C. / El-Amri, C. / Deville-Bonne, D. / Meyer, ...著者: Topalis, D. / Pradere, U. / Roy, V. / Caillat, C. / Azzouzi, A. / Broggi, J. / Snoeck, R. / Andrei, G. / Lin, J. / Eriksson, S. / Alexandre, J.A.C. / El-Amri, C. / Deville-Bonne, D. / Meyer, P. / Balzarini, J. / Agrofoglio, L.A.
履歴
登録2010年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8815
ポリマ－26,0281
非ポリマー8544
水3,657203
1
A: THYMIDYLATE KINASE
ヘテロ分子

A: THYMIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,76310
ポリマ－52,0552
非ポリマー1,7078
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3370 Å2
ΔGint-48.6 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.440, 38.320, 73.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2049-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 THYMIDYLATE KINASE / DTMP KINASE


分子量: 26027.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6 HISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P23919, dTMP kinase

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非ポリマー , 5種, 207分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TAE / N1-[(E)-4-DIHYDROXYPHOSPHONYL-BUT-2-ENYL]-THYMINE


分子量: 340.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O8P2
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 16363 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→18.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9307 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8841 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.163
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ADP MG TAE NO3. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1790. NUMBER WITH APPR DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ADP MG TAE NO3. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1790. NUMBER WITH APPR DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=52. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 1001 6.33 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1911 15820 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4355 Å20 Å21.9004 Å2
2---0.4645 Å20 Å2
3---0.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.245 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→18.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1585 0 53 203 1841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0071667HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12254HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d592SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes45HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes238HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1646HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.76
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion4HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion202SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2094SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 163 5.8 %
Rwork0.2166 2646 -
all0.2174 2809 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6548-0.92990.41680.76160.79452.99620.04740.0297-0.06950.0051-0.0140.06910.09590.2003-0.0334-0.108-0.0075-0.00170.14290-0.1231-13.557610.2555.7779
20.84230.13810.15471.0966-0.3547-0.1557-0.01950.0035-0.0190.05550.01710.04970.05340.0230.0025-0.050.0376-0.03230.13470.0251-0.0607-18.82532.101721.2244
30.77210.06810.474400.17160.9607-0.0229-0.0118-0.01530.011-0.01690.05280.020.01680.0398-0.10630.005-0.0570.2271-0.0292-0.1405-26.62819.596328.1026
41.752-0.3683-0.51361.04240.40133.00030.0753-0.0873-0.15960.0667-0.0751-0.0320.00540.0804-0.0002-0.1025-0.016-0.00970.1839-0.0047-0.1627-16.572714.867519.1833
51.9423-0.7444-0.09750.0099-1.18410.99030.01860.0111-0.01940.04820.0380.10220.039-0.055-0.0566-0.11470.0065-0.01020.2443-0.0467-0.1284-33.955511.82597.663
60.65670.0263-0.22110.74220.15853.29650.05830.11820.22520.0443-0.0432-0.0748-0.29650.172-0.0151-0.1135-0.00230.01180.1575-0.0048-0.1402-17.339220.73587.1922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 3-40)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 41-53)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 54-72)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 73-131)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 132-157)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 158-212)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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