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万見
- PDB-2xv7: Crystal structure of vascular endothelial growth factor D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xv7
タイトルCrystal structure of vascular endothelial growth factor D
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR D
キーワードHORMONE (ホルモン) / ANGIOGENESIS (血管新生) / LYMPHANGIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor 3 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / platelet degranulation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / induction of positive chemotaxis / dopaminergic neuron differentiation / platelet-derived growth factor receptor binding / 血管新生 ...vascular endothelial growth factor receptor 3 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / platelet degranulation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / induction of positive chemotaxis / dopaminergic neuron differentiation / platelet-derived growth factor receptor binding / 血管新生 / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / positive regulation of cell division / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / growth factor activity / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / 血管新生 / cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CXCXC repeat / CXCXC repeat / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines ...CXCXC repeat / CXCXC repeat / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Vascular endothelial growth factor D
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Leppanen, V.-M. / Jeltsch, M. / Anisimov, A. / Tvorogov, D. / Aho, K. / Kalkkinen, N. / Toivanen, P. / Yla-Herttuala, S. / Ballmer-Hofer, K. / Alitalo, K.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2011
タイトル: Structural Determinants of Vascular Endothelial Growth Factor-D - Receptor Binding and Specificity.
著者: Leppanen, V.M. / Jeltsch, M. / Anisimov, A. / Tvorogov, D. / Aho, K. / Kalkkinen, N. / Toivanen, P. / Yla-Herttuala, S. / Ballmer-Hofer, K. / Alitalo, K.
履歴
登録2010年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0965
ポリマ－12,5621
非ポリマー1,5334
水23413
1
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR D
ヘテロ分子

A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,19110
ポリマ－25,1252
非ポリマー3,0678
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area4960 Å2
ΔGint21.6 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.720, 95.720, 70.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR D / C-FOS-INDUCED GROWTH FACTOR / VEGF-D / FIGF


分子量: 12562.252 Da / 分子数: 1 / 断片: VEGF HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 92-195 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-GLYCOSYLATION AT ASN155 AND ASN185. / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: O43915
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 117 TO ALA
配列の詳細FIRST TWO RESIDUES (ASP, PRO) ARE CLONING ARTEFACTS AND THERE IS A C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.2
詳細: A SINGLE VEGF-D CRYSTAL GREW IN 6 WEEKS AT ROOM TEMPERATURE OVER A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M PHOSPHATE/CITRATE BUFFER AT PH 4.2, 40 % ETHANOL (V/V), 5 % PEG 1000 (W/V).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月24日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→80 Å / Num. obs: 36742 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 67.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.9→3.05 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: VEGF-C FROM PDB ENTRY 2X1W

2x1w


解像度: 2.9→19.893 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE SIDECHAINS OF THE RESIDUES TYR94, GLU97, LYS126, SER127, ASN129, SER169, VAL70, THR173, AND LYS190 ARE DISORDERED AND THE SIDECHAIN ATOMS WERE OMITTED FROM THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3325 454 10 %
Rwork0.2548 --
obs0.2626 4543 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.073 Å2 / ksol: 0.259 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8326 Å20 Å20 Å2
2--2.8326 Å20 Å2
3----5.6651 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数774 0 100 13 887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5431230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.883356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-3.31810.36451450.33921309X-RAY DIFFRACTION99
3.3181-4.17420.34761490.2411348X-RAY DIFFRACTION100
4.1742-19.8930.31221600.23621432X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7173-0.0933-0.71781.8608-2.51541.1530.412-0.04940.35170.27790.19990.0282-0.01930.267-0.37880.4331-0.02040.1903-0.00980.04950.1665-30.5644-30.3984-3.3104
20.92810.1498-0.25185.0111-1.18440.3538-0.3513-0.08851.08550.2769-0.2072-1.0457-1.7349-0.4917-0.33241.61030.43960.20780.57420.00760.8548-31.6475-14.39730.0723
32.0163-7.35513.51743.8979-4.41299.18420.05810.1385-3.31270.0746-0.2298-0.5304-0.7081.91720.16280.1854-0.1873-0.05620.8643-0.06841.0574-19.1024-32.8563.5458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 91:194)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 400:404)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 500:502)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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