PDB-2xus: Crystal Structure of the BRMS1 N-terminal region

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xus

タイトル

Crystal Structure of the BRMS1 N-terminal region

要素

BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

キーワード

PROTEIN BINDING / BREAST CANCER METASTASIS

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein deacetylation / positive regulation of anoikis / negative regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / NF-kappaB binding / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.912 Å

データ登録者

Spinola-Amilibia, M. / Rivera, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Romero, A. / Neira, J.L. / Bravo, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Structure of Brms1 Nuclear Export Signal and Snx6 Interacting Region Reveals a Hexamer Formed by Antiparallel Coiled Coils.
著者: Spinola-Amilibia, M. / Rivera, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Romero, A. / Neira, J.L. / Bravo, J.

履歴

登録	2010年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xus.cif.gz	51.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xus.ent.gz	38.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xus_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xus_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	2xus_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	2xus_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ccfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m3o-1 5bon-4 1quk-d 2zgk-1 3m3e-1 5bon-2 1cbj-d 2zow-d 3f7k-1 4y4s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

B: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

ヘテロ分子

12.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

B: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

ヘテロ分子

A: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

B: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

ヘテロ分子

A: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

B: BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.399, 60.399, 133.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2014- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9533, 0.3021, -0.0059), (0.302, -0.9533, -0.0066), (-0.0077, 0.0045, -1)
ベクター: -6.4176, 43.2105, 25.6454)

#1: タンパク質・ペプチド	BREAST CANCER METASTASIS-SUPPRESSOR 1 分子量: 5999.769 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 51-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28-6XHIS-SMT3/BRMS151-98 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q9HCU9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	1 RESIDUE (SER) INSERTED AT THE N-TERMINUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.25 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.25, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.2785
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: ESRF MONOCHROMATOR AND TORODIAL FOCUSING MIRROR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→48.7 Å / Num. obs: 7517 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 40.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 79.3
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 30.9 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 14.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CCF

2ccf

解像度: 1.912→48.701 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 7.288 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 51-53 AND 95-98 IN CHAIN A AND 91-98 IN CHAIN B ARE DISORDERED, SER INSERTED AT THE N-TERMINUS IS DISORDERED IN BOTH CHAINS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2754	346	4.63 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.204	7517	99.602 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.555 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.128 Å²	0.064 Å²	0 Å²
2-	-	0.128 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.191 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.912→48.701 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	706	0	7	68	781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	2.026	990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.29	5	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.573	22.667	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.82	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.749	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.072	1.5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.56	2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.452	3	333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.574	4.5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.912→1.961 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	22	-
R_work	0.199	529	-
obs	-	-	99.819 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.3721	-7.4831	11.2099	28.2813	-18.0949	30.3224	-0.625	-1.6681	-0.0358	2.0298	0.3135	-0.875	-1.0084	-0.819	0.3115	-0.0151	0.0244	0.0077	0.0528	0.0034	-0.1772	-35.2379	14.769	30.465
2	3.0163	-2.0749	6.6769	6.0937	-8.9891	35.3309	-0.0729	0.1959	0.1938	0.1787	-0.008	-0.1406	0.1532	-0.0567	0.0809	-0.2634	0.0019	-0.022	-0.2794	-0.0131	-0.1902	-40.5236	24.4412	1.9229
3	9.4249	-0.648	-5.1774	20.7275	-18.5487	33.5506	0.2564	1.2074	0.4192	-1.7959	-0.5578	-0.8646	0.7354	0.3262	0.3014	-0.0383	0.0509	0.0642	-0.0948	0.0094	-0.174	-35.2055	20.5622	-7.7894
4	1.1889	0.788	-1.3441	3.7912	-9.3722	43.3012	0.1039	-0.3707	-0.277	0.1987	-0.1535	0.062	0.203	-0.2214	0.0497	-0.1514	-0.0345	0.0697	-0.1388	0.0137	-0.1223	-38.1058	8.382	20.2134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	54 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	51 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	66 - 90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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