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万見
- PDB-2xub: Human RPC62 subunit structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xub
タイトルHuman RPC62 subunit structure
要素DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3
キーワードTRANSCRIPTION / WINGED HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of innate immune response / RNA polymerase III complex ...RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of innate immune response / RNA polymerase III complex / positive regulation of interferon-beta production / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / defense response to virus / innate immune response / DNA-templated transcription / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1450 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / : / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / POLR3C, C-terminal winged-helix domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1450 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / : / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / POLR3C, C-terminal winged-helix domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lefevre, S. / Legrand, P. / Fribourg, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure-Function Analysis of Hrpc62 Provides Insights Into RNA Polymerase III Transcription
著者: Lefevre, S. / Dumay-Odelot, H. / El Ayoubi, L. / Budd, A. / Legrand, P. / Pinaud, N. / Teichmann, M. / Fribourg, S.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6931
ポリマ－60,6931
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.790, 69.380, 75.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC3 / RNA POLYMERASE III SUBUNIT C3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT C / RNA POLYMERASE III 62 ...RNA POLYMERASE III SUBUNIT C3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT C / RNA POLYMERASE III 62 KDA SUBUNIT / RPC62 / HRPC62


分子量: 60692.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BUI4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45 Å / Num. obs: 19023 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.26 % / Biso Wilson estimate: 74.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.19 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.1精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→43.13 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.398 / SU Rfree Blow DPI: 0.265 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.274
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 943 4.96 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1905 18071 99.52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.2132 Å20 Å2-6.6746 Å2
2--2.4813 Å20 Å2
3----17.6945 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.553 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3436 0 0 13 3449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013480HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.114690HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1277SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes494HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3480HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion470SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4036SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 132 4.86 %
Rwork0.2154 2586 -
all0.2177 2718 -
obs--99.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.0892 Å / Origin y: -1.4398 Å / Origin z: 30.3491 Å
111213212223313233
T-0.2954 Å20.0916 Å20.1513 Å2--0.3579 Å2-0.0637 Å2--0.0648 Å2
L3.4282 °20.1952 °2-0.5106 °2-1.7799 °2-0.5853 °2--1.3194 °2
S0.142 Å °0.1542 Å °-0.1981 Å °-0.1182 Å °-0.1945 Å °0.2478 Å °0.1897 Å °0.3874 Å °0.0525 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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