PDB-2xua: Crystal structure of the enol-lactonase from Burkholderia xenovor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xua

タイトル

Crystal structure of the enol-lactonase from Burkholderia xenovorans LB400

要素

3-OXOADIPATE ENOL-LACTONASE

キーワード

HYDROLASE / CATECHOL METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoadipate enol-lactonase / 3-oxoadipate enol-lactonase activity / beta-ketoadipate pathway
類似検索 - 分子機能

生物種

BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bains, J. / Kaufman, L. / Farnell, B. / Boulanger, M.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: A Product Analog Bound Form of 3-Oxoadipate-Enol- Lactonase (Pcad) Reveals a Multifunctional Role for the Divergent CAP Domain.
著者: Bains, J. / Kaufman, L. / Farnell, B. / Boulanger, M.J.

履歴

登録	2010年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xua.cif.gz	115.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xua.ent.gz	95.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xua_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xua_full_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示
XML形式データ	2xua_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	2xua_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6yqb-2 6r3r-d 1jzt-d 4mm1-3 1okx-d 3mi2-d 4npr-3 3vx1-d 2vli-1 3qh8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-OXOADIPATE ENOL-LACTONASE

H: 3-OXOADIPATE ENOL-LACTONASE

ヘテロ分子

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.720, 101.160, 72.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2218- HOH

#1: タンパク質	3-OXOADIPATE ENOL-LACTONASE / PCAD 分子量: 29182.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア) 株: LB400 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q13KT2, 3-oxoadipate enol-lactonase
#2: 化合物	ChemComp-SHF / LAEVULINIC ACID / LEVULINIC ACID / レブリン酸分子量: 116.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.33 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→36 Å / Num. obs: 36592 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→36.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2406	1837	5 %	RANDOM
R_work	0.18253	-	-	-
obs	0.18542	34754	92.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3968	0	8	445	4421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.984	1.949	5525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.781	5	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.743	22.697	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.082	15	633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.199	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.162	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.113	1.5	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.871	2	4139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.309	3	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.004	4.5	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	121	-
R_work	0.226	2350	-
obs	-	-	86.16 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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