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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xu9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Laccase from Thermus thermophilus HB27 | ||||||
![]() | LACCASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MULTICOPPER OXIDASES | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Serrano-Posada, H. / Valderrama, B. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-Ray-Induced Catalytic Active-Site Reduction of a Multicopper Oxidase: Structural Insights Into the Proton-Relay Mechanism and O2-Reduction States. 著者: Serrano-Posada, H. / Centeno-Leija, S. / Rojas-Trejo, S.P. / Rodriguez-Almazan, C. / Stojanoff, V. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 500.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xuwC ![]() 2xvbC ![]() 2yaeC ![]() 2yafC ![]() 2yahC ![]() 2yamC ![]() 2yaoC ![]() 2yapC ![]() 2yaqC ![]() 2yarC ![]() 4ai7C ![]() 1kv7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48791.457 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE FORM, RESIDUES 24-462 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE PRESENCE OF AN ISOLEUCINE AT THE POSITION 53 IS STRONGLY SUPPORTED BY THE ELECTRON DENSITY. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB27 / プラスミド: PET32A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 570分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #5: 化合物 | ChemComp-OH / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE SEQUENCE AT THE UNIPROT DEPOSIT Q4H436 POSITION 53 IS OCCUPIED BY A LEUCINE BUT THE ELECTRON ...THE SEQUENCE AT THE UNIPROT DEPOSIT Q4H436 POSITION 53 IS OCCUPIED BY A LEUCINE BUT THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS THE PRESENCE OF AN ISOLEUCINE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % 解説: PHASES WERE OBTAINED BY THE COMBINATION OF SIGNALS GENERATED BY MR AND SAD AT THE COOPER EDGE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 70% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日 詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING. |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→23 Å / Num. obs: 78986 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 12.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.12 / % possible all: 83.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KV7 解像度: 1.501→22.816 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.16 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.501→22.816 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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