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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xu9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Laccase from Thermus thermophilus HB27 | ||||||
要素 | LACCASEラッカーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / MULTICOPPER OXIDASES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å | ||||||
データ登録者 | Serrano-Posada, H. / Valderrama, B. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: X-Ray-Induced Catalytic Active-Site Reduction of a Multicopper Oxidase: Structural Insights Into the Proton-Relay Mechanism and O2-Reduction States. 著者: Serrano-Posada, H. / Centeno-Leija, S. / Rojas-Trejo, S.P. / Rodriguez-Almazan, C. / Stojanoff, V. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xu9.cif.gz | 137.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xu9.ent.gz | 107.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xu9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xu9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2xuwC 2xvbC 2yaeC 2yafC 2yahC 2yamC 2yaoC 2yapC 2yaqC 2yarC 4ai7C 1kv7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48791.457 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE FORM, RESIDUES 24-462 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE PRESENCE OF AN ISOLEUCINE AT THE POSITION 53 IS STRONGLY SUPPORTED BY THE ELECTRON DENSITY. 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB27 / プラスミド: PET32A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q72HW2, ラッカーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 570分子
#2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #5: 化合物 | ChemComp-OH / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE SEQUENCE AT THE UNIPROT DEPOSIT Q4H436 POSITION 53 IS OCCUPIED BY A LEUCINE BUT THE ELECTRON ...THE SEQUENCE AT THE UNIPROT DEPOSIT Q4H436 POSITION 53 IS OCCUPIED BY A LEUCINE BUT THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS THE PRESENCE OF AN ISOLEUCINE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % 解説: PHASES WERE OBTAINED BY THE COMBINATION OF SIGNALS GENERATED BY MR AND SAD AT THE COOPER EDGE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 70% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日 詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING. |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→23 Å / Num. obs: 78986 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 12.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.12 / % possible all: 83.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KV7 解像度: 1.501→22.816 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.16 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.501→22.816 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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