PDB-2xtz: Crystal structure of the G alpha protein AtGPA1 from Arabidopsis ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xtz

タイトル

Crystal structure of the G alpha protein AtGPA1 from Arabidopsis thaliana

要素

GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

キーワード

HYDROLASE / G-PROTEIN SIGNALING / SELF-ACTIVATION / RAS-LIKE DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

thylakoid membrane organization / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / response to pheromone / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / gibberellic acid mediated signaling pathway / blue light signaling pathway / regulation of stomatal closure / tyrosine biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Jones, J.C. / Duffy, J.W. / Machius, M. / Temple, B.R.S. / Dohlman, H.G. / Jones, A.M.

引用

ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of a Self-Activating G Protein Alpha Subunit Reveals its Distinct Mechanism of Signal Initiation
著者: Jones, J.C. / Duffy, J.W. / Machius, M. / Temple, B.R.S. / Dohlman, H.G. / Jones, A.M.

履歴

登録	2010年10月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年4月3日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xtz.cif.gz	409.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xtz.ent.gz	336.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xtz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xtz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xtz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2xtz_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	2xtz_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1fqjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5eog-4 5eog-1 4uga-d 1u74-2 1m7z-d 1ztb-d 5g66-d 1bi5-d 1vgl-1 2o12-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (6) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

C: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

ヘテロ分子

126 kDa, 3 ポリマー
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1

A: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.130, 119.347, 161.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT 分子量: 41075.090 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 37-383 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) プラスミド: PPROEX-HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODON PLUS (RIPL) / 参照: UniProt: P18064, EC: 3.6.5.1

#1: タンパク質

GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ALPHA-1 SUBUNIT

分子量: 41075.090 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 37-383 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PPROEX-HTB / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODON PLUS (RIPL) / 参照: UniProt: P18064, EC: 3.6.5.1

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非ポリマー , 5種, 264分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S 分子量: 539.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THE 36 N-TERMINAL RESIDUES OF THE FULL-LENGTH PROTEIN WERE REMOVED FOR CRYSTALLIZATION PURPOSES. ...THE 36 N-TERMINAL RESIDUES OF THE FULL-LENGTH PROTEIN WERE REMOVED FOR CRYSTALLIZATION PURPOSES. THE N-TERMINAL SEQUENCE 'GAMGSGI' OF THE FINAL PROTEIN STEMS FROM THE EXPRESSION LINKER.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: CRYSTALS OF ATGPA1 WERE GROWN AT 4 DEGREES CELSIUS USING THE HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD. DROPS CONTAINED 1.5 UL OF PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML ATGPA1 IN 25 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5% ...詳細: CRYSTALS OF ATGPA1 WERE GROWN AT 4 DEGREES CELSIUS USING THE HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD. DROPS CONTAINED 1.5 UL OF PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML ATGPA1 IN 25 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5% (V/V) GLYCEROL, 150 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM DTT, 500 UL GTP-GAMMA-S) AND WERE EQUILIBRATED AGAINST 1.5 UL OF 0.3 M MAGNESIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.0, 21% (W/V) PEG 8000. INITIALLY OBTAINED CRYSTALS WERE USED FOR MACROSEEDING. CRYSTALS REACHED THEIR FINAL ROD-SHAPE FORM WITHIN 14 DAYS AFTER MACROSEEDING AND WERE CRYOPROTECTED IN THE MOTHER LIQUOR WITH 8% (V/V) GLYCEROL.

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: CRYSTALS OF ATGPA1 WERE GROWN AT 4 DEGREES CELSIUS USING THE HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD. DROPS CONTAINED 1.5 UL OF PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML ATGPA1 IN 25 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5% ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH MX300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月16日 / 詳細: CUSTOM
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→44.6 Å / Num. obs: 55808 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 52.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.34→2.36 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FQJ

1fqj

解像度: 2.34→96.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 14.851 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25378	1520	2.7 %	RANDOM
R_work	0.2113	-	-	-
obs	0.21247	54216	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.512 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→96.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7505	0	128	249	7882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.249	1.984	10547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.256	5	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.609	24.016	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.294	15	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.857	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5743
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	5281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.043	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.407	1.5	4520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.802	2	7340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.473	3	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.368	4.5	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.338→2.399 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	129	-
R_work	0.261	3918	-
obs	-	-	98.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3786	-0.8616	2.8486	1.8837	-0.3232	4.293	0.0125	-0.0102	-0.2321	-0.0923	0.075	0.1072	0.1089	-0.2476	-0.0876	0.0377	-0.0683	0.0407	0.1298	-0.0827	0.0797	-25.1582	-28.325	10.5359
2	20.5899	7.2709	-6.358	2.7529	-2.3546	2.0328	-0.3222	0.7298	-0.5566	-0.3145	0.262	0.0577	0.2558	-0.2439	0.0602	0.4933	-0.112	-0.1109	0.4865	-0.1672	0.4514	-17.9729	-41.4934	2.7805
3	7.7395	1.1906	7.1457	1.4265	1.8178	10.8649	-0.3237	0.1623	0.5301	0.0884	-0.1585	-0.3789	-0.183	0.861	0.4822	0.0967	0.02	-0.0358	0.3225	0.1093	0.2637	4.8471	-31.4418	16.1836
4	0.145	0.6823	0.2087	4.4106	-0.0024	9.9746	-0.072	0.1379	0.0435	-0.1518	0.116	-0.3144	-0.1988	1.7469	-0.044	0.2336	0.0892	-0.074	0.7745	0.0571	0.4674	15.6693	-33.3437	19.4822
5	1.7391	0.7313	0.9939	2.0147	0.9153	3.5297	-0.0234	0.0764	-0.2648	0.1513	-0.0936	-0.1495	0.8316	0.5598	0.117	0.2605	0.1673	0.0623	0.2606	0.0326	0.228	2.3427	-39.4244	15.0722
6	5.7881	-2.1051	-0.0715	3.6772	-1.1305	2.9904	0.1615	0.5161	-0.2332	0.0967	-0.1917	0.2883	0.2059	-0.059	0.0301	0.0973	-0.0233	0.0478	0.0826	-0.0494	0.0501	-17.8151	-31.3221	8.5662
7	6.3085	3.3115	3.1052	4.459	1.7597	3.4343	-0.2762	0.3633	0.354	-0.5664	0.1223	0.1312	-0.287	-0.1625	0.1539	0.0875	0.016	-0.0044	0.0865	0.0223	0.023	-21.5513	-19.3472	10.3325
8	1.8403	0.3158	0.2137	1.9106	-0.8519	2.6531	0.0162	-0.1901	-0.0099	0.1868	-0.1053	-0.0614	-0.0026	0.002	0.0891	0.0244	-0.0178	0.002	0.0476	-0.0135	0.0147	-17.3075	-25.3439	29.4339
9	3.592	-1.0546	-0.7097	3.3396	0.8817	1.9279	-0.0497	-0.0108	-0.1666	0.0558	-0.0678	0.2996	0.3187	-0.2465	0.1175	0.0593	-0.0524	0.013	0.0598	-0.015	0.0302	-29.5288	-28.0063	23.7806
10	33.6417	-16.2782	0.5318	16.7025	4.537	12.1049	-0.2641	-0.2259	0.7825	-1.0874	0.3387	0.9717	-0.2194	-1.4948	-0.0746	0.2671	-0.1373	-0.1702	0.4053	0.0888	0.3706	-43.4818	-26.8586	17.6012
11	2.5078	2.4439	5.3743	2.3876	5.2417	11.5208	0.4578	0.3266	-0.2587	0.514	0.2098	-0.2647	1.1771	0.6967	-0.6675	0.2958	0.1045	0.013	0.0585	-0.0343	0.0745	-12.5299	-31.5012	16.8848
12	2.6484	-0.3055	-0.2626	3.9333	0.3433	5.0032	-0.0355	0.3361	-0.2814	-0.5938	-0.0456	-0.2114	0.2121	0.2677	0.0811	0.1088	-0.0054	0.0391	0.153	-0.0002	0.0564	-23.7615	-68.6283	32.1529
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32	14.8542	-4.1743	7.0354	5.3645	-1.8706	9.92	-0.0326	-0.9284	-0.6354	-0.4378	0.3641	0.8355	1.0335	-1.1416	-0.3314	0.4863	-0.1571	0.1014	0.2205	0.1391	0.5254	-48.3449	-70.4161	-11.045
33	25.3479	-1.0984	-20.905	0.0916	1.8332	36.8009	0.5808	-0.5566	-0.6493	-0.0143	0.0246	-0.0235	-0.3097	-0.0854	-0.6053	0.3737	0.1784	0.1023	0.133	0.1219	0.2726	-26.1138	-70.8601	-11.9296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	61 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	101 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	125 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	185 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	211 - 234
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	235 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	332 - 372
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	373 - 380
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	1382
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	38 - 61
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	62 - 77
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	78 - 92
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	93 - 152
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	161 - 182
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	183 - 198
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	199 - 234
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	235 - 331
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	332 - 370
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	371 - 377
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	1379
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	38 - 59
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	60 - 89
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	90 - 144
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	158 - 181
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	182 - 203
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	213 - 249
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	250 - 287
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	288 - 320
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	321 - 356
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	357 - 380
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	1382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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