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万見
- PDB-2xty: Structure of QnrB1 (R167E-Trypsin Treated), a plasmid-mediated fl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xty
タイトルStructure of QnrB1 (R167E-Trypsin Treated), a plasmid-mediated fluoroquinolone resistance protein
要素QNRB1
キーワードCELL CYCLE / PENTAPEPTIDE REPEAT / PRP / ANTIBIOTIC RESISTANCE / RIGHT HANDED QUADRILATERAL BETA-HELIX
機能・相同性: / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeats (9 copies) / Pentapeptide repeat / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / Pentapeptide repeat protein
機能・相同性情報
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Park, C.H. / Jacoby, G.A. / Hooper, D.C. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of Qnrb1, a Plasmid-Mediated Fluoroquinolone Resistance Factor.
著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Wang, M. / Jacoby, G.A. / Hooper, D.C. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2010年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QNRB1
B: QNRB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1962
ポリマ－48,1962
非ポリマー00
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-12.4 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.330, 55.330, 282.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 QNRB1


分子量: 24097.998 Da / 分子数: 2
断片: TOPISOMERASE POISON RESISTANCE FACTOR, RESIDUES 13-226
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2I1Y8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 179 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 179 TO GLU
配列の詳細PROTEIN WAS CLONED FROM SECOND METHIONINE POSITION IN UNIPROT. THERE IS A MUTATION AT RESIDUE ...PROTEIN WAS CLONED FROM SECOND METHIONINE POSITION IN UNIPROT. THERE IS A MUTATION AT RESIDUE POSITION 167(UNIPROT 179), R167E. PROTEIN IS CLEAVED WITH TRYPSIN PRIOR TO CRYSTALLIZATION. CLEAVAGE OCCURS IN THE 102-113 LOOP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 100 MM BISTRISPROPANE/CITRATE PH 7.5, 15% PEG 3350 AT 20 DEGREES C

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9806
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 40346 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XTX

2xtx


解像度: 1.8→51.517 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 2003 5.1 %
Rwork0.1798 --
obs0.1819 39399 93.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.994 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4141 Å20 Å20 Å2
2---1.4141 Å20 Å2
3---2.8282 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→51.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3211 0 0 323 3534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.184401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6161160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.86440.29551420.23782492X-RAY DIFFRACTION64
1.8644-1.9390.24561800.20443107X-RAY DIFFRACTION80
1.939-2.02730.22811960.17163626X-RAY DIFFRACTION92
2.0273-2.13420.20732020.16513875X-RAY DIFFRACTION98
2.1342-2.26790.22132010.16683892X-RAY DIFFRACTION99
2.2679-2.4430.19712100.17843968X-RAY DIFFRACTION100
2.443-2.68880.25531960.19184011X-RAY DIFFRACTION100
2.6888-3.07780.2272210.1944015X-RAY DIFFRACTION100
3.0778-3.87760.21682340.17434056X-RAY DIFFRACTION100
3.8776-51.53860.2012210.17074354X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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