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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xtw
タイトルStructure of QnrB1 (Full length), a plasmid-mediated fluoroquinolone resistance protein
要素QNRB1
キーワードCELL CYCLE / PENTAPEPTIDE REPEAT / PRP / ANTIBIOTIC RESISTANCE / RIGHT HANDED QUADRILATERAL BETA-HELIX
機能・相同性: / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeat region / Pentapeptide repeat / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / QnrB1
機能・相同性情報
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Park, C.H. / Jacoby, G.A. / Hooper, D.C. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of Qnrb1, a Plasmid-Mediated Fluoroquinolone Resistance Factor.
著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Wang, M. / Jacoby, G.A. / Hooper, D.C. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2010年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QNRB1
B: QNRB1
C: QNRB1
D: QNRB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5044
ポリマ－96,5044
非ポリマー00
水00
1
A: QNRB1
D: QNRB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2522
ポリマ－48,2522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-9.6 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
2
B: QNRB1
C: QNRB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2522
ポリマ－48,2522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-11.5 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.050, 119.532, 231.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
QNRB1


分子量: 24126.078 Da / 分子数: 4
断片: TOPISOMERASE POISON RESISTANCE FACTOR, RESIDUES 13-226
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2I1Y8
配列の詳細CLONED INTO A CLEAVABLE PET28 VECTOR WITH CLEAVABLE HIS6 TAG. PROTEIN IS CLEAVED LEAVING GSH ON N ...CLONED INTO A CLEAVABLE PET28 VECTOR WITH CLEAVABLE HIS6 TAG. PROTEIN IS CLEAVED LEAVING GSH ON N TERMINUS. PROTEIN WAS CLONED STARTING FROM 2ND MET OF THE GENBANK SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 4.5
詳細: 100 MM NA/K PHOSPHATE PH 4.5, 2 M NACL AT 4 DEGREES C

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 26120 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 39.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOSFLM位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.803→47.268 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 1301 5 %
Rwork0.2247 --
obs0.2286 26120 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.22 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9927 Å20 Å20 Å2
2--20.7148 Å20 Å2
3----21.7075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→47.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6610 0 0 0 6610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1899053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7282393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8031-2.91530.46551270.33912607X-RAY DIFFRACTION92
2.9153-3.04790.40821200.28822589X-RAY DIFFRACTION93
3.0479-3.20860.30941560.24822694X-RAY DIFFRACTION96
3.2086-3.40960.33921440.23622688X-RAY DIFFRACTION96
3.4096-3.67270.31481590.22822702X-RAY DIFFRACTION96
3.6727-4.04210.23411470.19292786X-RAY DIFFRACTION98
4.0421-4.62660.23721280.16382874X-RAY DIFFRACTION99
4.6266-5.82740.27091530.20422849X-RAY DIFFRACTION99
5.8274-47.27520.32351670.25733030X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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