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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xtw | ||||||
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タイトル | Structure of QnrB1 (Full length), a plasmid-mediated fluoroquinolone resistance protein | ||||||
要素 | QNRB1 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / PENTAPEPTIDE REPEAT / PRP / ANTIBIOTIC RESISTANCE / RIGHT HANDED QUADRILATERAL BETA-HELIX | ||||||
機能・相同性 | E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeats (9 copies) / Pentapeptide repeat / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / QnrB1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å | ||||||
データ登録者 | Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Park, C.H. / Jacoby, G.A. / Hooper, D.C. / Blanchard, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structure of Qnrb1, a Plasmid-Mediated Fluoroquinolone Resistance Factor. 著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Wang, M. / Jacoby, G.A. / Hooper, D.C. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xtw.cif.gz | 166.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xtw.ent.gz | 134.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xtw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xtw_validation.pdf.gz | 445.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xtw_full_validation.pdf.gz | 461.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xtw_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xtw_validation.cif.gz | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24126.078 Da / 分子数: 4 断片: TOPISOMERASE POISON RESISTANCE FACTOR, RESIDUES 13-226 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2I1Y8 配列の詳細 | CLONED INTO A CLEAVABLE PET28 VECTOR WITH CLEAVABLE HIS6 TAG. PROTEIN IS CLEAVED LEAVING GSH ON N ...CLONED INTO A CLEAVABLE PET28 VECTOR WITH CLEAVABLE HIS6 TAG. PROTEIN IS CLEAVED LEAVING GSH ON N TERMINUS. PROTEIN WAS CLONED STARTING FROM 2ND MET OF THE GENBANK SEQUENCE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4.5 詳細: 100 MM NA/K PHOSPHATE PH 4.5, 2 M NACL AT 4 DEGREES C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 26120 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 39.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.803→47.268 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.22 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.803→47.268 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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