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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xtu | ||||||
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タイトル | Structure of E.coli rhomboid protease GlpG active site mutant, S201T in trigonal crystal form | ||||||
要素 | RHOMBOID PROTEASE GLPG | ||||||
キーワード | HYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rhomboid protease / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Vinothkumar, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structure of Rhomboid Protease in a Lipid Environment 著者: Vinothkumar, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xtu.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xtu.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xtu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xtu_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xtu_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2xtu_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xtu_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20471.262 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE TM DOMAIN, RESIDUES 91-271 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P09391, rhomboid protease | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-BNG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.58 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.5M AMMONIUM CHLORIDE, 0.1M BIS-TRIS PH7.0, 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→42.53 Å / Num. obs: 25582 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 21.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3B45 解像度: 1.85→38.223 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.13 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.223 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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