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万見
- PDB-2xsj: Structure of desulforubidin from Desulfomicrobium norvegicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xsj
タイトルStructure of desulforubidin from Desulfomicrobium norvegicum
要素
  • (SULFITE REDUCTASE ...) x 2
  • SULFUR RELAY PROTEIN, TUSE/DSRC/DSVC FAMILY
キーワードOXIDOREDUCTASE / DISSIMILATORY SULFITE REDUCTASE / SULFUR METABOLISM / DSRABC
機能・相同性
機能・相同性情報


dissimilatory sulfite reductase (NADH) activity / sulfite reductase activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfur carrier activity / sulfate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / heme binding ...dissimilatory sulfite reductase (NADH) activity / sulfite reductase activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfur carrier activity / sulfate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Helix Hairpins - #1420 ...DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Helix Hairpins - #1420 / Sulphite reductase, dissimilatory-type alpha subunit / Alpha-Beta Plaits - #3340 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Alpha-Beta Plaits - #20 / Helix Hairpins / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / SULFITE ION / SIROHEME / Sulfur relay protein, TusE/DsrC/DsvC family / Sulfite reductase beta subunit / Sulfite reductase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOMICROBIUM NORVEGICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Oliveira, T.F. / Khan, A.R. / Pereira, I.A.C. / Archer, M.
引用ジャーナル: Front.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Structural Insights Into Dissimilatory Sulfite Reductases: Structure of Desulforubidin from Desulfomicrobium Norvegicum
著者: Oliveira, T.F. / Franklin, E. / Afonso, J.P. / Khan, A.R. / Oldham, N.J. / Pereira, I.A.C. / Archer, M.
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月14日Group: Database references
改定 2.02023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SULFITE REDUCTASE ALPHA SUBUNIT
B: SULFITE REDUCTASE BETA SUBUNIT
C: SULFUR RELAY PROTEIN, TUSE/DSRC/DSVC FAMILY
D: SULFITE REDUCTASE ALPHA SUBUNIT
E: SULFITE REDUCTASE BETA SUBUNIT
F: SULFUR RELAY PROTEIN, TUSE/DSRC/DSVC FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,82720
ポリマ－209,1876
非ポリマー6,64014
水18,7541041
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55250 Å2
ΔGint-478.9 kcal/mol
Surface area57420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.340, 135.090, 178.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA2 - 4372 - 437
21ARGARGDD2 - 4372 - 437
12PHEPHEBB2 - 3862 - 386
22PHEPHEEE2 - 3862 - 386
13VALVALCC2 - 1052 - 105
23VALVALFF2 - 1052 - 105

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
SULFITE REDUCTASE ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 SULFITE REDUCTASE ALPHA SUBUNIT


分子量: 49398.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOMICROBIUM NORVEGICUM (バクテリア)
参照: UniProt: Q93UT1, EC: 1.8.99.3
#2: タンパク質 SULFITE REDUCTASE BETA SUBUNIT


分子量: 43335.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: COVALENT BOND BETWEEN THE SG OF CYS 104C/E AND THE 20- MESO CARBON OF THE CATALYTIC SIROHEME PORPHYRIN RING
由来: (天然) DESULFOMICROBIUM NORVEGICUM (バクテリア)
参照: UniProt: Q93UT0, EC: 1.8.99.3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 SULFUR RELAY PROTEIN, TUSE/DSRC/DSVC FAMILY


分子量: 11858.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOMICROBIUM NORVEGICUM (バクテリア)
参照: UniProt: C7LV29*PLUS, EC: 1.8.99.3

-
非ポリマー , 4種, 1055分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#6: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M BISTRIS PROPANE PH 7.5 AND 0.2 M K/NA TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→45.1 Å / Num. obs: 79925 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.53→2.67 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V4J

2v4j


解像度: 2.5→44.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.544 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20848 4114 5 %RANDOM
Rwork0.15622 ---
obs0.1588 78140 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---2.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14614 0 324 1041 15979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02215415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.97920940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4651844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45824.011708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.777152532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9421592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6171.59181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23214772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15336234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4534.56072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1744medium positional0.060.5
12D1744medium positional0.060.5
21B1536medium positional0.060.5
22E1536medium positional0.060.5
31C416medium positional0.10.5
32F416medium positional0.10.5
11A1712loose positional0.215
12D1712loose positional0.215
21B1486loose positional0.25
22E1486loose positional0.25
31C409loose positional0.465
32F409loose positional0.465
11A1744medium thermal0.652
12D1744medium thermal0.652
21B1536medium thermal0.712
22E1536medium thermal0.712
31C416medium thermal1.472
32F416medium thermal1.472
11A1712loose thermal1.0710
12D1712loose thermal1.0710
21B1486loose thermal1.0510
22E1486loose thermal1.0510
31C409loose thermal1.8210
32F409loose thermal1.8210
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 231 -
Rwork0.187 5005 -
obs--86.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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