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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xsb | |||||||||
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タイトル | OgOGA PUGNAc complex | |||||||||
![]() | HYALURONOGLUCOSAMINIDASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / O-GLCNACYLATION / O-GLCNACASE / GLYCOSYL HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schuttelkopf, A.W. / van Aalten, D.M.F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human Oga Binds Substrates in a Conserved Peptide Recognition Groove. 著者: Schimpl, M. / Schuttelkopf, A.W. / Borodkin, V.S. / Van Aalten, D.M.F. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50098.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HTCC2516 / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-GDL / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 18% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 100-250 MM MGCL2, 100 MM TRIS/HCL, PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 26338 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XSA 解像度: 2.11→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 7.184 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.875 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→19.99 Å
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拘束条件 |
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