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- PDB-2xr7: Crystal Structure of Nicotiana tabacum malonyltransferase (NtMat1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xr7
タイトルCrystal Structure of Nicotiana tabacum malonyltransferase (NtMat1) complexed with malonyl-coa
要素MALONYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / XENOBIOTICS / NAPHTHOLS
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonol-3-O-beta-glucoside O-malonyltransferase / malonyltransferase activity / flavonol-3-O-beta-glucoside O-malonyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / xenobiotic metabolic process / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
: / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONYL-COENZYME A / Phenolic glucoside malonyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種NICOTIANA TABACUM (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Manjasetty, B.A. / Yu, X.H. / Panjikar, S. / Taguchi, G. / Chance, M.R. / Liu, C.J.
引用ジャーナル: Planta / : 2012
タイトル: Structural Basis for Modification of Flavonol and Naphthol Glucoconjugates by Nicotiana Tabacum Malonyltransferase (Ntmat1).
著者: Manjasetty, B.A. / Yu, X.H. / Panjikar, S. / Taguchi, G. / Chance, M.R. / Li, C.J.
履歴
登録2010年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Data collection
改定 1.22012年2月29日Group: Other
改定 1.32012年8月22日Group: Database references / Refinement description
改定 1.42012年9月5日Group: Database references
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALONYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2852
ポリマ-51,4321
非ポリマー8541
00
1
A: MALONYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: MALONYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5714
ポリマ-102,8642
非ポリマー1,7072
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-17.5 kcal/mol
Surface area38110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.079, 98.079, 151.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 MALONYLTRANSFERASE


分子量: 51431.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NICOTIANA TABACUM (タバコ) / Cell: BY-2 / 参照: UniProt: Q589Y0
#2: 化合物 ChemComp-MLC / MALONYL-COENZYME A / マロニルCoA


分子量: 853.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C24H38N7O19P3S
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細MALONYL-COA (MLC): PART OF THE LIGAND IS DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.3M AMMONIUM ACETATE, 7% PEG 8K, 10% MPD, PH 5.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X29A10.9793
シンクロトロンNSLS X3A20.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD
SX-1652CCD2005年10月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1SI(111) MIRRORS
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 25628 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 45.734 / SU ML: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1001 7.2 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.23 12928 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3544 0 30 0 3574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9634990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7655451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57223.397156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.30515592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8521520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.371.52252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8152.53639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35851418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.991101351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 75 -
Rwork0.306 880 -
obs--96.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3542-2.6817-1.95373.03881.95731.3223-0.1991-0.3931-0.1010.5548-0.05350.53920.2548-0.11710.25260.53540.02320.09620.46420.14670.4107-15.97-22.58339.884
25.206-1.3056-2.02535.5362.62236.0031-0.1844-0.7377-0.56240.39060.539-0.08480.19250.6465-0.35460.20280.0054-0.04830.28540.16260.3799-4.105-31.48240.045
33.51951.76431.10395.8312-1.73361.6870.0224-0.2882-0.34010.09070.21850.41550.3676-0.3994-0.24090.5707-0.13390.14610.37770.10960.4544-17.314-29.2833.414
45.4107-0.5545-1.40384.00540.65453.84410.1979-0.37010.26930.38250.06070.08370.0193-0.0364-0.25860.212-0.0159-0.0360.36070.14250.1955-10.363-25.86736.8
50.892-0.3457-1.56491.04980.59984.19340.0657-0.0930.23640.42630.0180.254-0.0305-0.4177-0.08380.539-0.00860.01420.59080.06290.5752-18.224-15.11135.731
613.04547.2810.600911.8509-1.51449.9381-0.292-0.21060.5798-0.35370.50280.1921-0.87640.2293-0.21090.1943-0.1383-0.09470.34420.090.241-10.09-3.10710.791
72.9483-0.44811.53943.0327-2.06418.693-0.27430.11550.57330.15380.13840.6441-0.8019-0.60210.13590.31-0.10090.0270.40240.12090.6093-20.412-6.21720.036
80.62490.45220.9810.44421.619921.7546-0.086-0.2141.00680.028-0.08660.7194-2.8882-0.49930.17260.97220.14440.13760.5594-0.06151.8696-20.772.226.037
912.2176-6.99586.64497.7743-5.93685.0951-0.5095-0.51630.7290.12280.31990.0833-0.1556-0.51150.18970.4304-0.1090.01550.50020.01060.4549-13.305-17.84123.667
102.43261.6845-4.1443.39191.167614.4808-0.43570.2847-0.1218-0.37760.7691-0.26410.52010.6592-0.33350.3788-0.0119-0.05780.59790.11920.3948-9.932-17.7679.662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3A80 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4A135 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5A188 - 247
6X-RAY DIFFRACTION6A248 - 283
7X-RAY DIFFRACTION7A284 - 341
8X-RAY DIFFRACTION8A342 - 370
9X-RAY DIFFRACTION9A371 - 420
10X-RAY DIFFRACTION10A421 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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