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- PDB-2xqq: Human dynein light chain (DYNLL2) in complex with an in vitro evo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xqq
タイトルHuman dynein light chain (DYNLL2) in complex with an in vitro evolved peptide (Ac-SRGTQTE).
要素
  • DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
  • SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
キーワードPROTEIN TRANSPORT / DIMER INTERFACE
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin V complex / Activation of BMF and translocation to mitochondria / 9+0 non-motile cilium / ciliary tip / Intraflagellar transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoplasmic dynein complex / Macroautophagy / dynein intermediate chain binding / microtubule-based process ...myosin V complex / Activation of BMF and translocation to mitochondria / 9+0 non-motile cilium / ciliary tip / Intraflagellar transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoplasmic dynein complex / Macroautophagy / dynein intermediate chain binding / microtubule-based process / COPI-mediated anterograde transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / Separation of Sister Chromatids / HCMV Early Events / scaffold protein binding / microtubule / cytoskeleton / postsynapse / postsynaptic density / cilium / centrosome / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Dynein light chain 2, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Rapali, P. / Radnai, L. / Suveges, D. / Hetenyi, C. / Harmat, V. / Tolgyesi, F. / Wahlgren, W.Y. / Katona, G. / Nyitray, L. / Pal, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Directed Evolution Reveals the Binding Motif Preference of the Lc8/Dynll Hub Protein and Predicts Large Numbers of Novel Binders in the Human Proteome
著者: Rapali, P. / Radnai, L. / Suveges, D. / Harmat, V. / Tolgyesi, F. / Wahlgren, W.Y. / Katona, G. / Nyitray, L. / Pal, G.
履歴
登録2010年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Derived calculations / Refinement description
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
B: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
C: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
D: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
E: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
F: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
G: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
H: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8029
ポリマ－44,7438
非ポリマー591
水6,503361
1
A: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
C: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
E: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
G: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3714
ポリマ－22,3714
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-8.4 kcal/mol
Surface area8280 Å2
手法PISA
2
B: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
F: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
ヘテロ分子

D: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
H: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4305
ポリマ－22,3714
非ポリマー591
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
3
D: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
H: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU

B: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
F: SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4305
ポリマ－22,3714
非ポリマー591
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.600, 64.000, 151.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.717, 0.3174, -0.6207), (-0.3216, -0.9405, -0.1096), (-0.6185, 0.121, 0.7764)48.24, 53.32, 28.93
2given(0.9454, -0.3202, 0.06079), (-0.32, -0.9473, -0.01308), (0.06178, -0.007088, -0.9981)12.75, 87.97, 53.75
3given(-0.6269, -0.6106, 0.4839), (0.5456, -0.7874, -0.2869), (0.5562, 0.08418, 0.8268)73.72, 37.13, 14.9

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要素

#1: タンパク質
DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC / DYNEIN LIGHT CHAIN LC8-TYPE 2 / 8 KDA DYNEIN LIGHT CHAIN B


分子量: 10364.847 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96FJ2
#2: タンパク質・ペプチド
SAC-ARG-GLY-THR-GLN-THR-GLU


分子量: 820.825 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.2 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 293K WITH A RESERVOIR SOLUTION 31% PEG 4000, 0.4 M NH4AC, 0.1 M NAAC PH 4.6, 2UL RESERVOIR SOLUTION AND 2UL PROTEIN SOLUTION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→151.84 Å / Num. obs: 81872 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.66
反射 シェル解像度: 1.31→1.34 Å / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / % possible all: 67.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CMI

1cmi


解像度: 1.31→151.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.17 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15636 4096 5 %RANDOM
Rwork0.12276 ---
obs0.12447 77776 95.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→151.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 4 361 3405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0223332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.9444519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06535652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3685432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.09524.756164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93615639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4271513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4051.51987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9551.5799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4923224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.09231345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4644.51265
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.38215633
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.306→1.34 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 215 -
Rwork0.185 3930 -
obs--66.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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