PDB-2xq3: Pentameric ligand gated ion channel GLIC in complex with Br-lidocaine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xq3

タイトル

Pentameric ligand gated ion channel GLIC in complex with Br-lidocaine

要素

GLR4197 PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OPEN CHANNEL BLOCK

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Open Channel Block in a Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel
著者: Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.

履歴

登録	2010年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月19日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xq3.cif.gz	635.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xq3.ent.gz	534.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xq3_validation.pdf.gz	477.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xq3_full_validation.pdf.gz	586.4 KB	表示
XML形式データ	2xq3_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	2xq3_validation.cif.gz	89.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xq4C 2xq5C 2xq6C 2xq7C 2xq8C 2xq9C 2xqaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xq9-d 2xq7-d 2xq6-d 2xq8-d 2xq5-d 5v6n-d 6hz3-d 6hjb-d 6f0v-d 4il4-d 3tlw-d 4hfh-d 6f10-d 5l4e-d 3lsv-d 5iux-d 4hfc-d 6hyx-d 3uu6-d 5hcj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLR4197 PROTEIN

B: GLR4197 PROTEIN

C: GLR4197 PROTEIN

D: GLR4197 PROTEIN

E: GLR4197 PROTEIN

ヘテロ分子

181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.314, 128.310, 164.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:316 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 7:316 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 7:316 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 7:316 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 7:316 )

#1: タンパク質	GLR4197 PROTEIN / PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 43-359 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア) プラスミド: PET26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.67 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 9% PEG 4000, 50 MM CH3COONA, 200 MM (NH4)2SO4, PH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9191
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 45222 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.5→40.2 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	2234	5 %
R_work	0.2477	-	-
obs	0.2482	44442	95.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.195 Å² / k_sol: 0.257 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.7708 Å²	0 Å²	-54.9218 Å²
2-	-	-15.5308 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.2401 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→40.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12605	0	1	0	12606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	12945
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.401	17685
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.546	4625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	2060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2215

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	3	C	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	5	E	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5761	0.3771	71	0.3563	1564	X-RAY DIFFRACTION	57
3.5761-3.6592	0.367	116	0.3394	2441	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6592-3.7507	0.3616	161	0.322	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7507-3.852	0.327	147	0.3089	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
3.852-3.9652	0.3418	133	0.2919	2702	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9652-4.0931	0.3274	147	0.2539	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0931-4.2392	0.2283	149	0.2391	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2392-4.4088	0.2708	137	0.2411	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4088-4.6092	0.2511	146	0.2119	2693	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6092-4.8518	0.2132	143	0.1899	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8518-5.1552	0.206	142	0.1892	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1552-5.5523	0.2484	167	0.2127	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5523-6.1093	0.3234	154	0.2543	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1093-6.9893	0.2751	77	0.2454	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9893-8.7906	0.2914	157	0.2222	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
8.7906-40.2023	0.1687	187	0.2614	2743	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.9034 Å / Origin y: 3.0861 Å / Origin z: 52.6074 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1831 Å²	-0.0919 Å²	0.0894 Å²	-	0.2651 Å²	0.0408 Å²	-	-	0.2468 Å²
L	0.5673 °²	0.043 °²	0.4459 °²	-	0.7197 °²	0.191 °²	-	-	1.1405 °²
S	-0.0088 Å °	0.0284 Å °	0.0356 Å °	0.1199 Å °	-0.0842 Å °	-0.0389 Å °	-0.0634 Å °	-0.0236 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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