PDB-2xok: Refined structure of yeast F1c10 ATPase complex to 3 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xok

タイトル

Refined structure of yeast F1c10 ATPase complex to 3 A resolution

要素

(ATP SYNTHASE SUBUNIT ...) x 4
ATP SYNTHASE
ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT

キーワード

HYDROLASE / ATP-BINDING / F(O) / F(1) / ATP SYNTHASE / MITOCHONDRIA / INNER MEMBRANE / TRANSMEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / Mitochondrial protein degradation / : / : / : / mitochondrial nucleoid / : / proton motive force-driven ATP synthesis ...
類似検索 - 分子機能

ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase ...ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Helix Hairpins / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Stock, D. / W Leslie, A.G. / Walker, J.E.

引用

ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Molecular architecture of the rotary motor in ATP synthase.
著者: Stock, D. / Leslie, A.G. / Walker, J.E.

履歴

登録	2010年8月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xok_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xok_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	2xok_validation.xml.gz	139.2 KB	表示
CIF形式データ	2xok_validation.cif.gz	189.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/2xok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/2xok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qo1C 2hldS 2wpd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fl7-d 3zry-d 2wpd-d 4270 20167 22319 5dn6-d 9333 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#72 - 2005年12月
ATP合成酵素 (ATP Synthase)
類似性 (36)
#219 - 2018年3月
液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase)
類似性 (35)
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インテイン (Inteins)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

B: ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

C: ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

D: ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

E: ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

F: ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

G: ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

H: ATP SYNTHASE

I: ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT

K: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

L: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

M: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

N: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

O: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

P: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

Q: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

R: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

S: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

T: ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

479 kDa, 19 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.352, 173.711, 137.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	K
2	1	L
3	1	M
4	1	N
5	1	O
6	1	P
7	1	Q
8	1	R
9	1	S
10	1	T
1	2	O
2	2	P
3	2	Q
4	2	R

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	2	K	J	3 - 38	3 - 38
2	1	1	SER	SER	2	L	K	3 - 38	3 - 38
3	1	1	SER	SER	2	M	L	3 - 38	3 - 38
4	1	1	SER	SER	2	N	M	3 - 38	3 - 38
5	1	1	SER	SER	2	O	N	3 - 38	3 - 38
6	1	1	SER	SER	2	P	O	3 - 38	3 - 38
7	1	1	SER	SER	2	Q	P	3 - 38	3 - 38
8	1	1	SER	SER	2	R	Q	3 - 38	3 - 38
9	1	1	SER	SER	2	S	R	3 - 38	3 - 38
10	1	1	SER	SER	2	T	S	3 - 38	3 - 38
1	2	1	LEU	LEU	2	K	J	53 - 72	53 - 72
2	2	1	LEU	LEU	2	L	K	53 - 72	53 - 72
3	2	1	LEU	LEU	2	M	L	53 - 72	53 - 72
4	2	1	LEU	LEU	2	N	M	53 - 72	53 - 72
5	2	1	LEU	LEU	2	O	N	53 - 72	53 - 72
6	2	1	LEU	LEU	2	P	O	53 - 72	53 - 72
7	2	1	LEU	LEU	2	Q	P	53 - 72	53 - 72
8	2	1	LEU	LEU	2	R	Q	53 - 72	53 - 72
9	2	1	LEU	LEU	2	S	R	53 - 72	53 - 72
10	2	1	LEU	LEU	2	T	S	53 - 72	53 - 72
1	1	2	SER	SER	6	O	N	3 - 38	3 - 38
2	1	2	SER	SER	6	P	O	3 - 38	3 - 38
3	1	2	SER	SER	6	Q	P	3 - 38	3 - 38
4	1	2	SER	SER	6	R	Q	3 - 38	3 - 38
1	2	2	LEU	LEU	6	O	N	53 - 72	53 - 72
2	2	2	LEU	LEU	6	P	O	53 - 72	53 - 72
3	2	2	LEU	LEU	6	Q	P	53 - 72	53 - 72
4	2	2	LEU	LEU	6	R	Q	53 - 72	53 - 72

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
ATP SYNTHASE SUBUNIT ... , 4種, 17分子 ABCDEFGKLMNOPQRST

#1: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL 分子量: 58677.777 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRION / 参照: UniProt: P07251
#2: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL 分子量: 54854.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRION / 参照: UniProt: P00830, EC: 3.6.1.34
#3: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL / F-ATPASE GAMMA SUBUNIT 分子量: 34396.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRION / 参照: UniProt: P38077
#6: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL / LIPID-BINDING PROTEIN / OLIGOMYCIN RESISTANCE PROTEIN 1 分子量: 7762.375 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRION / 参照: UniProt: P61829

-
タンパク質 , 2種, 2分子 HI

#4: タンパク質	ATP SYNTHASE 分子量: 17037.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MITOCHONDRION / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12165
#5: タンパク質	ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT 分子量: 6642.381 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-62 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRION / 参照: UniProt: Q2XN67, UniProt: E9P9X4*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 10分子

#7: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.75 % / 解説: NONE
結晶化	手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS/CL PH8.0, 12% PEG 6000, 150 MM NACL, 1 MM AMP-PNP, 40 MICROM ADP, 1 MM DTT, 0.02% NAN3. MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION UNDER PARAFFIN OIL IN MICROBATCH PLATE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.01→20 Å / Num. obs: 93955 / % possible obs: 74.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 80.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 1.3 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 41.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HLD

2hld

解像度: 3.01→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 44.376 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25335	2352	2.5 %	RANDOM
R_work	0.20954	-	-	-
obs	0.21066	91603	74.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 116.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.54 Å²	0 Å²	6.94 Å²
2-	-	-6.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29953	0	160	0	30113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	30557
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.991	41439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.01	5	3986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.576	24.368	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.207	15	5190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.071	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	22461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	15595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	21201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.197	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.197	3	20196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.265	5	31745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.642	7	11270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.072	10	9694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	K	224	tight positional	0.05	0.1
1	2	L	224	tight positional	0.05	0.1
1	3	M	224	tight positional	0.05	0.1
1	4	N	224	tight positional	0.05	0.1
1	5	O	224	tight positional	0.04	0.1
1	6	P	224	tight positional	0.04	0.1
1	7	Q	224	tight positional	0.04	0.1
1	8	R	224	tight positional	0.03	0.1
1	9	S	224	tight positional	0.05	0.1
1	10	T	224	tight positional	0.04	0.1
1	1	K	163	medium positional	0.21	0.3
1	2	L	163	medium positional	0.19	0.3
1	3	M	163	medium positional	0.21	0.3
1	4	N	163	medium positional	0.22	0.3
1	5	O	163	medium positional	0.12	0.3
1	6	P	163	medium positional	0.12	0.3
1	7	Q	163	medium positional	0.11	0.3
1	8	R	163	medium positional	0.12	0.3
1	9	S	163	medium positional	0.19	0.3
1	10	T	163	medium positional	0.19	0.3
2	1	O	387	loose positional	0.04	0.1
2	2	P	387	loose positional	0.04	0.1
2	3	Q	387	loose positional	0.04	0.1
2	4	R	387	loose positional	0.04	0.1
1	1	K	224	tight thermal	4.78	20
1	2	L	224	tight thermal	5.47	20
1	3	M	224	tight thermal	3.82	20
1	4	N	224	tight thermal	2.57	20
1	5	O	224	tight thermal	4.07	20
1	6	P	224	tight thermal	5.09	20
1	7	Q	224	tight thermal	6.2	20
1	8	R	224	tight thermal	3.59	20
1	9	S	224	tight thermal	3.27	20
1	10	T	224	tight thermal	3.31	20
1	1	K	163	medium thermal	4.14	20
1	2	L	163	medium thermal	5.44	20
1	3	M	163	medium thermal	3.73	20
1	4	N	163	medium thermal	3.58	20
1	5	O	163	medium thermal	3.6	20
1	6	P	163	medium thermal	4.53	20
1	7	Q	163	medium thermal	5.16	20
1	8	R	163	medium thermal	3.3	20
1	9	S	163	medium thermal	3.29	20
1	10	T	163	medium thermal	3.37	20
2	1	O	387	loose thermal	2.11	10
2	2	P	387	loose thermal	1.72	10
2	3	Q	387	loose thermal	2.19	10
2	4	R	387	loose thermal	2.08	10

LS精密化シェル

解像度: 3.01→3.086 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	136	-
R_work	0.269	4867	-
obs	-	-	55.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7001	0.2209	-0.488	1.3628	0.0511	1.266	0.0223	-0.0091	-0.0899	-0.0273	-0.0159	0.2008	0.1298	-0.3157	-0.0063	-0.0984	0.0099	0.0858	-0.4168	-0.0579	-0.059	48.3033	-32.1375	-11.9225
2	1.7235	0.2106	-0.0366	3.0975	0.1088	0.8949	-0.0534	0.2752	0.2496	-0.126	-0.0654	0.8398	-0.1127	-0.5281	0.1188	0.0967	0.2868	-0.3029	0.2006	0.2257	-0.0338	27.5609	16.1027	-37.9438
3	1.3058	-0.0589	-0.2222	1.2868	0.3495	2.4953	0.0519	-0.0071	0.0406	0.1272	-0.0589	-0.0143	-0.1275	-0.1828	0.007	-0.1455	-0.0039	0.2353	-0.6196	0.0334	-0.1955	64.6476	19.0351	4.4256
4	1.6304	0.4789	-0.8031	1.3647	0.0463	1.7105	0.0015	-0.2207	-0.1738	0.3239	-0.0456	-0.1875	0.0674	0.0692	0.0441	-0.0906	0.074	0.0692	-0.5224	0.0691	-0.134	67.2176	-11.4858	5.6502
5	2.1587	0.6686	-0.0116	1.5501	-0.176	0.9882	-0.0478	0.4004	-0.2043	-0.3013	-0.0073	0.5569	0.112	-0.6126	0.0551	-0.0243	0.0301	-0.1782	0.146	-0.0457	-0.04	28.1511	-19.0131	-35.9305
6	1.2168	0.1782	-0.4617	2.0854	0.3185	1.7389	0.1226	0.1709	0.5466	-0.3478	0.0164	0.3617	-0.6494	-0.2322	-0.139	-0.0744	0.2539	-0.0377	-0.3272	0.1888	-0.1914	46.0638	31.0578	-20.0049
7	4.2143	-0.2761	-3.3314	0.3055	0.1912	3.5474	0.1446	-0.4947	0.2687	0.1642	0.0035	0.1913	-0.1959	0.0095	-0.148	0.0279	0.1009	0.2377	0.2948	-0.0743	0.1063	11.733	4.5285	16.5663
8	10.9397	0.4769	-3.9837	1.3496	-1.2003	6.3424	-0.7942	-0.2058	-1.0766	0.1175	-0.0187	0.0271	0.6031	-0.2116	0.8129	-0.0729	0.1986	0.3475	0.0124	-0.0552	-0.027	-5.6199	-9.1637	32.5235
9	4.6944	-0.2205	-2.5642	1.4811	0.1042	2.6369	0.0126	-0.7031	-0.0933	0.4164	-0.162	0.0367	-0.0696	0.7592	0.1494	-0.456	-0.1285	0.5196	-0.3145	-0.0555	-0.5651	-35.5244	-0.2727	67.358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 700
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	25 - 700
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	26 - 700
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 700
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	8 - 475
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 601
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	13 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	8	I	8 - 61
10	X-RAY DIFFRACTION	9	K	3 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	9	L	2 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	9	M	1 - 72
13	X-RAY DIFFRACTION	9	N	1 - 72
14	X-RAY DIFFRACTION	9	O	1 - 73
15	X-RAY DIFFRACTION	9	P	1 - 74
16	X-RAY DIFFRACTION	9	Q	1 - 74
17	X-RAY DIFFRACTION	9	R	1 - 73
18	X-RAY DIFFRACTION	9	S	1 - 73
19	X-RAY DIFFRACTION	9	T	2 - 73

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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