PDB-2xoc: C-terminal cysteine-rich domain of human CHFR bound to mADPr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xoc

タイトル

C-terminal cysteine-rich domain of human CHFR bound to mADPr

要素

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

キーワード

LIGASE / ZINC-BINDING / POLY(ADP-RIBOSE) MITOSIS / ANTEPHASE CHECKPOINT / CELL CYCLE

機能・相同性

機能・相同性情報

meiotic spindle checkpoint signaling / mitotic G2/M transition checkpoint / positive regulation of protein ubiquitination / protein destabilization / PML body / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Oberoi, J. / Bayliss, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Poly(Adp-Ribose) Recognition by the Multizinc Binding Domain of Checkpoint with Forkhead-Associated and Ring Domains (Chfr).
著者: Oberoi, J. / Richards, M.W. / Crumpler, S. / Brown, N. / Blagg, J. / Bayliss, R.

履歴

登録	2010年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月9日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xoc.cif.gz	201.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xoc.ent.gz	160.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xoc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xoc_validation.pdf.gz	860.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xoc_full_validation.pdf.gz	863.1 KB	表示
XML形式データ	2xoc_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	2xoc_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/2xoc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/2xoc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xoyC 2xozC 2xp0C 1lgp 1lgq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xoz-1 2xoy-2 2xp0-1 2xoz-2 2xoy-1 2xp0-2 3a7u-d 7ll8-d 4az9-1 5f2u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	161.540, 51.700, 82.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR / CHECKPOINT WITH FORKHEAD AND RING FINGER DOMAINS PROTEIN / RING FINGER PROTEIN 196 / CHFR 分子量: 29268.252 Da / 分子数: 2 / 断片: CYSTEINE-RICH REGION, RESIDUES 407-663 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CODONPLUS RIL BL21(DE3) 参照: UniProt: Q96EP1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#1: タンパク質

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR / CHECKPOINT WITH FORKHEAD AND RING FINGER DOMAINS PROTEIN / RING FINGER PROTEIN 196 / CHFR

分子量: 29268.252 Da / 分子数: 2 / 断片: CYSTEINE-RICH REGION, RESIDUES 407-663 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CODONPLUS RIL BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96EP1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 5種, 724分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	N-TERMINAL 'GAM' SEQUENCE FROM VECTOR. SEQUENCE MATCHES UNIPROT ENTRY Q96EP1 WITH THE EXCEPTION OF ...N-TERMINAL 'GAM' SEQUENCE FROM VECTOR. SEQUENCE MATCHES UNIPROT ENTRY Q96EP1 WITH THE EXCEPTION OF THE VECTOR SEQUENCE RESIDUES AND A NATURALLY OCCURRING VARIANT AT .POSITION 497

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.05 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 12% PEG 20000, 0.1M MES PH 6.5 0.1M KCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→49.22 Å / Num. obs: 52431 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.89→32.513 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 17.9 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MADPR LIGAND (ID CODE APR) WAS MODELLED AS ADE AND ADP.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	4322	8.5 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.1702	50629	96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.629 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4562 Å²	0 Å²	0.6611 Å²
2-	-	3.3716 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9154 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→32.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3391	0	67	710	4168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.845	4875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.73	1316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.9115	0.2617	113	0.2336	1422	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9115-1.934	0.2834	142	0.2379	1437	X-RAY DIFFRACTION	91
1.934-1.9576	0.2748	127	0.2247	1480	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9576-1.9823	0.228	135	0.2027	1472	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9823-2.0084	0.2366	127	0.1962	1468	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0084-2.0359	0.2278	137	0.1917	1464	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0359-2.065	0.2218	138	0.1935	1503	X-RAY DIFFRACTION	93
2.065-2.0958	0.1973	124	0.1806	1459	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0958-2.1286	0.2098	131	0.1761	1558	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1286-2.1635	0.2255	138	0.1724	1565	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1635-2.2008	0.225	120	0.1623	1507	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2008-2.2408	0.1825	156	0.1638	1558	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2408-2.2839	0.1876	150	0.1589	1534	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2839-2.3305	0.1752	155	0.1643	1519	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3305-2.3811	0.1843	144	0.1691	1573	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3811-2.4365	0.189	148	0.1678	1560	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4365-2.4974	0.1979	174	0.1738	1564	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4974-2.5649	0.1785	145	0.1621	1558	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5649-2.6403	0.2353	149	0.169	1549	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6403-2.7255	0.2071	151	0.1659	1603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7255-2.8229	0.2109	151	0.1752	1603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8229-2.9358	0.2017	150	0.1729	1575	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9358-3.0694	0.2086	151	0.1714	1561	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0694-3.231	0.2213	156	0.1664	1620	X-RAY DIFFRACTION	99
3.231-3.4333	0.183	150	0.1596	1571	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4333-3.698	0.1777	152	0.1402	1591	X-RAY DIFFRACTION	98
3.698-4.0695	0.1525	151	0.1397	1592	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0695-4.6569	0.1658	148	0.1348	1571	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6569-5.8616	0.1401	154	0.1477	1593	X-RAY DIFFRACTION	97
5.8616-32.5179	0.1566	155	0.1686	1677	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3675	0.2102	0.0374	0.5162	-0.0658	0.5424	0.288	-0.0689	0.1153	-0.1199	-0.0874	-0.0059	0.1693	-0.1593	-0.027	0.2519	0.0487	0.0885	0.2618	0.013	0.2424	27.3315	24.0486	52.0346
2	0.1916	-0.0446	-0.0874	0.2229	0.1105	0.0774	0.0664	0.2314	-0.0406	0.0624	-0.0752	0.4237	-0.0519	-0.2019	-0.0085	0.1215	0.07	0.0303	0.1673	0.0527	0.2005	33.945	27.4717	38.8058
3	0.1569	0.0967	-0.0655	0.109	0.0844	0.1917	-0.0137	-0.0198	0.0203	0.0142	0.0519	0.0316	-0.0336	0.0519	-0.0258	0.0839	0.038	-0.0005	0.1228	0.0295	0.0868	45.3309	25.3354	36.9558
4	0.372	-0.1048	-0.0735	0.2322	-0.1688	0.2155	-0.0156	-0.1285	-0.0497	0.1023	0.0334	-0.001	0.0421	0.0171	-0.0138	0.0847	-0.0049	-0.014	0.0928	0.0047	0.0624	64.5177	9.8199	28.6262
5	0.884	-0.1308	-0.1118	0.7107	0.2005	0.4374	-0.1171	-0.0208	0.3565	-0.2153	0.2468	-0.1878	-0.09	0.0522	-0.1074	0.1696	-0.032	-0.0081	0.088	-0.0195	0.1456	62.6706	25.3608	23.7317
6	0.198	-0.019	-0.1464	0.0196	0.1018	0.2865	0.0292	0.0602	0.0115	-0.0048	0.0306	0.0007	-0.0871	-0.0514	-0.0234	0.1003	0.0058	-0.0117	0.0861	0.0197	0.0824	53.772	20.9482	24.3189
7	0.1856	0.233	0.0375	0.1544	0.2374	0.2643	0.0457	0.0829	-0.0711	0.0642	0.0777	-0.0426	0.0278	0.0667	-0.0726	0.0666	-0.0114	-0.0326	0.0524	-0.0158	0.0878	64.418	3.7992	16.3787
8	0.1833	-0.0946	-0.0747	0.3146	0.3709	0.4636	0.1819	0.3846	0.0901	0.0347	-0.181	-0.2087	-0.022	-0.025	-0.0052	0.1254	-0.0398	-0.0405	0.1527	0.0104	0.0327	58.6692	8.0401	3.5444
9	0.6001	-0.1022	0.4773	0.2784	0.0881	0.8103	-0.1333	-0.0368	0.1	0.1193	-0.0336	-0.1313	0.2023	-0.3252	0.163	0.1159	-0.0727	0.0204	0.1982	-0.075	0.1005	6.9336	-11.4127	32.2124
10	0.2849	0.1982	-0.121	0.3928	0.0866	0.1917	-0.0661	0.1921	-0.059	-0.0556	0.0085	0.0257	0.1011	-0.1179	0.0479	0.1021	-0.0335	0.0118	0.2506	-0.0291	0.1086	12.0337	-13.5708	17.5198
11	0.1543	-0.0832	-0.1362	0.1082	0.0715	0.2233	0.0043	-0.0877	0.042	0.0357	-0.0245	-0.0179	0.0186	-0.0543	0.0126	0.0428	-0.0209	0.0074	0.0569	-0.0112	0.0385	31.3786	-9.9076	15.846
12	0.3157	-0.0252	0.0746	0.1036	-0.0011	0.1607	-0.0308	0.0217	0.0224	-0.0295	0.027	-0.0212	-0.0493	-0.0082	-0.0017	0.0465	-0.0173	0.0128	0.0195	0.0043	0.029	40.6222	-7.6884	4.3177
13	0.0689	-0.0488	-0.0064	0.1015	0.0468	0.0523	0.1106	0.024	-0.1555	0.0052	0.0093	-0.3249	0.0022	0.0542	-0.0926	0.1452	-0.0061	-0.0193	0.0449	-0.0095	0.1922	56.9665	-19.3012	7.6153
14	0.1035	-0.0482	-0.0176	0.0619	0.0163	0.0021	0.1084	0.0003	-0.2533	-0.0935	-0.0014	-0.185	0.2005	0.1713	-0.1071	0.1558	0.0205	-0.0319	0.0636	-0.0512	0.1666	53.6482	-24.1407	0.278

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 425:477)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 478:500)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 501:543)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 544:571)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 572:588)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 589:617)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 618:657)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 658:663)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 425:476)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 477:507)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 508:557)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 558:630)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 631:655)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 656:663)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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