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- PDB-2xnv: Acetylcholine binding protein (AChBP) as template for hierarchica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xnv
タイトルAcetylcholine binding protein (AChBP) as template for hierarchical in silico screening procedures to identify structurally novel ligands for the nicotinic receptors
要素SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / CHOLINE-BINDING PROTEIN / IN-SILICO SCREENING / LIGAND-GATED ION CHANNELS / ELECTROPHYSIOLOGY / CYS-LOOP RECEPTORS
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-(4-PHENYLPIPERIDIN-1-YL)ETHYL)-1H-INDOLE / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Rucktooa, P. / Akdemir, A. / deEsch, I. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Acetylcholine Binding Protein (Achbp) as Template for Hierarchical in Silico Screening Procedures to Identify Structurally Novel Ligands for the Nicotinic Receptors.
著者: Akdemir, A. / Rucktooa, P. / Jongejan, A. / Elk, R.V. / Bertrand, S. / Sixma, T.K. / Bertrand, D. / Smit, A.B. / Leurs, R. / De Graaf, C. / De Esch, I.J.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,50420
ポリマ－266,46010
非ポリマー3,04410
水11,692649
1
F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,75210
ポリマ－133,2305
非ポリマー1,5225
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-69.5 kcal/mol
Surface area42180 Å2
手法PISA
2
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,75210
ポリマ－133,2305
非ポリマー1,5225
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area42320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.140, 145.140, 269.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-2005-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量: 26645.967 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPOUND 6 FROM IN SILICO SCREEN
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物
ChemComp-VU3 / 2-(2-(4-PHENYLPIPERIDIN-1-YL)ETHYL)-1H-INDOLE


分子量: 304.429 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.09 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 2M SODIUM FORMATE, pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2833
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2833 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→46.77 Å / Num. obs: 107280 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 58.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR7

2br7


解像度: 2.44→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2122 5025 5 %RANDOM
Rwork0.1789 ---
obs0.1806 100595 --
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6832 Å20 Å20 Å2
2--0.6832 Å20 Å2
3----1.3664 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.308 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16360 0 230 649 17239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0117049HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.123273HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7618SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes450HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2403HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16789HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2251SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19635SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.5 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3262 312 4.67 %
Rwork0.2635 6374 -
all0.2664 6686 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00740.0815-0.47821.2295-0.06180.7067-0.0247-0.0659-0.271-0.0124-0.027-0.00120.18830.14060.0517-0.0810.01970.0399-0.13530.0055-0.107-13.843439.1292173.583
21.8329-0.5039-0.01542.0119-0.20440.7816-0.0364-0.11640.27660.1357-0.0136-0.2503-0.0660.08260.05-0.1522-0.01850.0239-0.17670.0081-0.0507-5.141764.4118175.183
32.3935-0.44470.07751.7424-0.25391.25570.0383-0.14210.50290.1321-0.033-0.1743-0.1351-0.0525-0.0053-0.1546-0.00670.012-0.2530.0001-0.0091-26.199680.9339174.307
41.68880.14080.06511.8974-0.12471.33650.0272-0.05110.19740.12060.00890.1625-0.0765-0.3152-0.0361-0.15470.0218-0.0259-0.10080.0029-0.1233-48.343565.8829172.347
52.0378-0.66330.23771.7698-0.34421.5283-0.0147-0.0598-0.3679-0.00820.03680.2630.0474-0.141-0.0221-0.1518-0.0448-0.0258-0.1538-0.0017-0.0881-40.699339.9772171.769
61.2139-0.1074-0.16750.81110.08931.3715-0.01050.0739-0.1064-0.01140.01480.01350.12750.0307-0.0043-0.0226-0.0264-0.0138-0.1175-0.0519-0.118827.435192.1798173.751
71.0356-0.0113-0.12771.3146-0.22611.7859-0.02830.02920.0191-0.07270.0165-0.1599-0.00340.23050.0118-0.1115-0.01960.0279-0.0667-0.0313-0.136348.4383108.704171.461
81.1265-0.21790.27661.2868-0.13071.21160.02620.08130.0711-0.0670.0239-0.062-0.10290.0454-0.0501-0.0547-0.04690.0363-0.08440.0269-0.134139.0442133.909170.634
91.1310.15510.27470.78710.36251.8657-0.03650.05440.0694-0.0983-0.01580.1571-0.1926-0.1930.0523-0.06340.0289-0.0388-0.08210.036-0.11212.3658132.855172.307
101.1025-0.146-0.09431.29380.30471.23080.02020.0187-0.1131-0.0359-0.01140.15810.1175-0.0908-0.0089-0.1005-0.0463-0.0504-0.0814-0.0017-0.0965.1919107.202174.169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A1 - A205)
2X-RAY DIFFRACTION2(B1 - B205)
3X-RAY DIFFRACTION3(C1 - C205)
4X-RAY DIFFRACTION4(D1 - D205)
5X-RAY DIFFRACTION5(E1 - E205)
6X-RAY DIFFRACTION6(F1 - F205)
7X-RAY DIFFRACTION7(G1 - G205)
8X-RAY DIFFRACTION8(H1 - H205)
9X-RAY DIFFRACTION9(I1 - I205)
10X-RAY DIFFRACTION10(J1 - J205)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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