PDB-2xnt: Acetylcholine binding protein (AChBP) as template for hierarchica...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xnt

タイトル

Acetylcholine binding protein (AChBP) as template for hierarchical in silico screening procedures to identify structurally novel ligands for the nicotinic receptors

要素

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

キーワード

RECEPTOR / CHOLINE-BINDING PROTEIN / IN-SILICO SCREENING / LIGAND-GATED ION CHANNELS / ELECTROPHYSIOLOGY / CYS-LOOP RECEPTORS

機能・相同性

機能・相同性情報

excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Rucktooa, P. / Akdemir, A. / deEsch, I. / Sixma, T.K.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Acetylcholine Binding Protein (Achbp) as Template for Hierarchical in Silico Screening Procedures to Identify Structurally Novel Ligands for the Nicotinic Receptors.
著者: Akdemir, A. / Rucktooa, P. / Jongejan, A. / Elk, R.V. / Bertrand, S. / Sixma, T.K. / Bertrand, D. / Smit, A.B. / Leurs, R. / De Graaf, C. / De Esch, I.J.

履歴

登録	2010年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月24日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xnt.cif.gz	822.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xnt.ent.gz	687.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xnt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xnt_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xnt_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	2xnt_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	2xnt_validation.cif.gz	87.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xnuC 2xnvC 2br7S 2br8 2byn 2byp 2byq 2byr 2bys 2c9t 2uz6 2w8f 2w8g 2wn9 2wnc 2wnj 2wnl 2wzy 2x00 2y7y S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xnv-1 2w8f-1 2xnv-2 2w8f-2 2xyt-1 2xyt-2 2xnu-d 2xz6-2 5lxb-1 2xz6-1 3sq9-1 2y7y-d 2yme-1 5oaj-2 5lxb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

270 kDa, 10 ポリマー
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1

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 5 ポリマー
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2

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	129.111, 144.867, 145.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR 分子量: 26645.967 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPOUND 6 FROM IN SILICO SCREEN 由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-VU2 / (2S)-2-[(4-CHLOROBENZYL)OXY]-2-PHENYLETHANAMINE 分子量: 261.747 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆ClNO
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.22 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.2M SODIUM BROMIDE, 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.21→48.37 Å / Num. obs: 43483 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 85.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 3.21→3.39 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR7

2br7

解像度: 3.21→45.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8771 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2318	2195	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2159	-	-	-
obs	0.2167	43238	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.479 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.8176 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.6614 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.707 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.21→45.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16360	0	190	0	16550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	16970	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.84	23150	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		7610	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		450	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2400	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		16780	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		4	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.18
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.95
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2240	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		17787	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.21→3.29 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	115	5.09 %
R_work	0.3174	2143	-
all	0.3192	2258	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5194	-0.6399	0.4066	2.0428	-0.1352	2.1063	-0.021	0.1783	0.102	-0.1599	-0.0458	0.0385	-0.2533	-0.0034	0.0668	-0.1318	0.0102	0.0209	-0.0441	-0.0046	-0.0991	59.578	90.3563	14.3045
2	1.5413	-0.0937	0.3959	2.8431	-0.2843	1.7458	0.0357	0.1589	-0.0876	-0.206	-0.0773	0.2051	0.2472	-0.0655	0.0416	-0.0421	0.0791	0.0317	-0.0296	-0.0242	-0.1699	57.3341	65.2518	5.2852
3	2.9644	0.5497	-0.1202	1.5819	-0.4424	2.1301	-0.0173	-0.083	-0.0007	-0.1034	-0.0138	0.0828	0.3179	-0.1455	0.0311	-0.0083	0.048	-0.0095	-0.097	-0.0355	-0.0894	58.6484	48.6186	26.5707
4	2.2469	-0.0108	-0.2263	1.6265	-0.2992	1.8628	0.0385	-0.2232	-0.0789	0.1489	-0.0872	0.0399	-0.0099	0.1066	0.0486	-0.1294	-0.0098	-0.0165	-0.0126	0.0105	-0.15	62.0058	63.1762	48.9876
5	1.7674	-0.0937	-0.5735	2.272	-0.5239	2.1944	0.0082	0.0311	0.0217	0.092	-0.0541	-0.023	-0.307	-0.01	0.0459	-0.0794	-0.0775	-0.0275	-0.066	-0.0744	-0.1345	62.0738	89.1037	41.166
6	3.15	0.4845	-0.0094	2.0247	-0.204	1.8077	0.0032	-0.0247	-0.0752	-0.0709	-0.0661	0.0696	0.2165	-0.0969	0.0629	-0.0656	-0.0244	0.0204	-0.1171	-0.0335	-0.1037	124.276	34.2405	27.5167
7	1.8593	0.2663	0.1165	1.6806	-0.1726	2.1067	0.0167	-0.2513	-0.0174	0.2967	-0.0473	0.0361	0.0782	-0.0029	0.0306	-0.1182	-0.0448	0.0084	-0.0746	0.002	-0.1487	126.755	50.3622	48.927
8	1.9122	-0.3755	-0.3867	1.6667	-0.0093	2.1348	0.009	0.0889	0.0729	0.0797	-0.0999	-0.0538	-0.2922	-0.0441	0.0909	-0.0882	-0.0654	-0.0095	-0.061	-0.0431	-0.1044	125.498	75.6924	39.7986
9	1.8783	0.1328	0.3465	2.9852	0.1446	2.0547	0.0176	0.16	-0.0351	-0.2614	-0.0676	0.201	0.1068	-0.0779	0.05	0.0111	0.0315	0.0226	-0.0236	-0.0095	-0.18	121.736	49.6646	5.4503
10	1.8646	-0.0951	0.2942	1.8173	0.2357	2.2753	-0.0159	0.1654	0.1997	-0.12	-0.0879	-0.0224	-0.2155	-0.1274	0.1038	-0.0242	0.0105	0.0448	-0.0634	0.0323	-0.1098	122.682	75.3867	12.9062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(A1 - A205, A301 - A301)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(B1 - B205, B301 - B301)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(C1 - C205, C301 - C301)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(D1 - D205, D301 - D301)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(E1 - E205, E301 - E301)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(F1 - F205, F301 - F301)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(G1 - G205, G301 - G301)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(H1 - H205, H301 - H301)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(I1 - I205, I301 - I301)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(J1 - J205, J301 - J301)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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