PDB-2xnk: Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA dama...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xnk

タイトル

Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1

要素

DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

キーワード

ISOMERASE / PHOSPHORYLATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / DNA REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling / DNA metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structure and Function of the Rad9-Binding Region of the DNA-Damage Checkpoint Adaptor Topbp1.
著者: Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.

履歴

登録	2010年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xnk.cif.gz	486.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xnk.ent.gz	406.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xnhSC 1wf6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3olc-d 2xnh-d 4n40-d 2c4b-d 1zes-d 3hda-d 4xbi-2 3i0n-2 1zxq-d 6dhw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (5) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (7) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

B: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

C: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

D: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.490, 290.280, 60.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1 / DNA TOPOISOMERASE II-BINDING PROTEIN 1 / DNA TOPOISOMERASE II-BETA-BINDING PROTEIN 1 / TOPBP1 分子量: 34313.457 Da / 分子数: 4 / 断片: BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPINH8 AND PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q92547
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→55.91 Å / Num. obs: 40485 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.63 % / B_iso Wilson estimate: 45.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.96
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.57 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XNH

2xnh

解像度: 2.6→51.347 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DURING REFINEMENT UNMERGED REFLECTIONS (APPROXIMATELY DOUBLE THE NUMBER OF THE MERGED REFLECTIONS) IN ORDE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF THE SEMET AT THE WAVELENGTH AT ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	3850	5.1 %
R_work	0.2048	-	-
obs	0.2079	76051	91.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.145 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.329 Å²	-0 Å²	0.887 Å²
2-	-	-15.2878 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.9588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→51.347 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9418	0	66	340	9824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	13037
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.268	3687
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1646

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6317	0.3689	134	0.2992	2619	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6317-2.665	0.3468	111	0.2862	2576	X-RAY DIFFRACTION	92
2.665-2.7001	0.3622	131	0.2802	2504	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7001-2.7371	0.3506	169	0.2818	2537	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7371-2.7762	0.3168	131	0.2687	2735	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7762-2.8176	0.3168	123	0.2689	2567	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8176-2.8616	0.4002	165	0.2788	2502	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8616-2.9086	0.3664	154	0.278	2593	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9086-2.9587	0.3187	155	0.2638	2517	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9587-3.0125	0.3318	149	0.2574	2751	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0125-3.0704	0.2959	103	0.2281	2534	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0704-3.1331	0.2959	109	0.2299	2598	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1331-3.2012	0.2785	123	0.2212	2620	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2012-3.2757	0.2989	151	0.2118	2638	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2757-3.3576	0.2631	148	0.1964	2551	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3576-3.4483	0.2469	140	0.1831	2614	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4483-3.5498	0.2875	130	0.1758	2624	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5498-3.6643	0.2157	150	0.17	2527	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6643-3.7953	0.223	141	0.1547	2619	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7953-3.9472	0.2065	155	0.1564	2592	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9472-4.1267	0.1792	134	0.148	2513	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1267-4.3442	0.2342	127	0.1515	2625	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3442-4.6162	0.2109	133	0.1467	2528	X-RAY DIFFRACTION	92
4.6162-4.9724	0.1915	125	0.1493	2616	X-RAY DIFFRACTION	91
4.9724-5.4722	0.2755	157	0.1619	2522	X-RAY DIFFRACTION	91
5.4722-6.2629	0.2328	128	0.1871	2489	X-RAY DIFFRACTION	89
6.2629-7.886	0.2416	122	0.1821	2508	X-RAY DIFFRACTION	88
7.886-51.3567	0.2095	152	0.1758	2582	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3322	-0.5704	1.9878	2.4019	0.545	0.9719	-0.0607	0.0995	0.3312	-0.1346	-0.0356	-0.2989	0.0333	-0.0441	-0.0012	0.1228	0.0124	0.0221	0.2552	0.1246	0.6331	21.8709	-9.7049	2.0541
2	1.5104	-0.3814	-0.9012	2.1985	-1.1464	0.6075	0.0445	0.0144	0.043	0.1735	-0.2202	-0.4174	0.2957	-0.0623	0.0105	0.0818	-0.0123	-0.0192	0.2304	0.0785	0.3076	7.2311	-30.142	8.9676
3	0.379	0.0232	0.5904	2.2277	-0.6131	1.6238	-0.0827	0.0159	0.1534	0.0507	0.0008	0.1061	-0.0529	0.0521	-0.0001	0.176	-0.0406	0.0148	0.276	0.0029	0.121	-2.9752	-55.319	18.9263
4	-1.3117	-0.1621	0.5257	3.1143	0.2313	1.8849	-0.0486	-0.2752	0.2108	-0.2834	-0.0695	0.238	-0.1638	0.0572	-0.0067	0.215	-0.0017	0.0557	0.2582	-0.0346	0.2096	-23.9868	-63.8739	52.8279
5	1.7089	0.9678	1.2449	1.863	-0.8683	0.7604	0.2192	-0.1568	0.2613	0.5253	0.0654	0.0941	-0.3946	0.0164	0.0026	0.3579	0.0089	0.0842	0.2379	0.0074	0.1671	-16.2246	-41.7459	42.145
6	1.2464	0.362	-0.2738	1.581	-0.289	0.566	-0.0489	0.1956	0.202	0.7474	-0.1596	-0.0266	-0.2447	0.1388	0.0001	0.633	-0.0641	-0.0576	0.2344	0.0194	0.3961	-1.3134	-17.8548	35.4914
7	-0.0293	0.9642	-0.098	2.0292	-1.0186	2.5012	-0.021	0.0565	-0.3109	-0.1831	0.0459	-0.4947	0.1657	-0.0387	-0	0.2028	0.0147	-0.0663	0.2003	-0.0486	0.2084	4.7502	-80.2967	22.2142
8	1.0088	1.8165	-0.6755	1.559	1.5485	0.3645	0.2734	-0.1212	-0.2398	0.426	0.0634	-0.3273	0.3238	-0.1134	0	0.528	-0.0028	-0.048	0.2431	-0.0213	0.3028	-3.1595	-102.3374	11.5727
9	0.8547	0.0694	-0.6723	1.77	-0.4012	0.8899	0.0802	0.1682	-0.2066	1.0501	-0.2152	-0.0092	0.1983	-0.1851	0	0.7372	-0.1141	-0.0174	0.2355	-0.0261	0.3351	-18.2152	-126.15	5.0748
10	1.7337	0.6077	-1.4692	1.649	-0.8198	1.8806	-0.0062	0.0638	-0.1232	-0.0846	-0.0256	0.3082	0.3134	0.014	0	0.1327	-0.003	-0.0721	0.1679	-0.067	0.5666	-41.4983	-134.2416	-28.402
11	1.3454	-0.3756	1.5431	1.7078	-0.168	3.0886	0.1076	0.0786	-0.0795	0.1028	-0.1864	0.4788	-0.6079	-0.0479	0.2698	-0.0526	0.0005	-0.0073	0.1877	-0.1039	0.3092	-26.8338	-113.9304	-21.486
12	-0.158	-1.2391	-0.8358	1.4773	2.3659	0.2518	0.0287	0.0811	-0.1655	0.0785	-0.0726	-0.0902	-0.0765	0.0267	-0.0014	0.2636	-0.046	-0.0007	0.2728	0.0017	0.1334	-16.4566	-88.7771	-11.5689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID -1:103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 104:198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 199:288
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESID 0:103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESID 104:198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESID 199:287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND RESID 0:103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND RESID 104:198
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND RESID 199:287
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND RESID -1:103
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND RESID 104:198
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND RESID 199:288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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