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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xnk | ||||||
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タイトル | Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 | ||||||
![]() | DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1 | ||||||
![]() | ISOMERASE / PHOSPHORYLATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / DNA REPAIR | ||||||
機能・相同性 | ![]() broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling / DNA metabolic process ...broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling / DNA metabolic process / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / response to ionizing radiation / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / condensed nuclear chromosome / DNA replication initiation / chromosome organization / male germ cell nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / G2/M DNA damage checkpoint / double-strand break repair via homologous recombination / PML body / spindle pole / chromosome / actin cytoskeleton / Processing of DNA double-strand break ends / site of double-strand break / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / DNA repair / centrosome / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Function of the Rad9-Binding Region of the DNA-Damage Checkpoint Adaptor Topbp1. 著者: Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 486.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 406.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34313.457 Da / 分子数: 4 / 断片: BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→55.91 Å / Num. obs: 40485 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.63 % / Biso Wilson estimate: 45.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.96 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XNH 解像度: 2.6→51.347 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: DURING REFINEMENT UNMERGED REFLECTIONS (APPROXIMATELY DOUBLE THE NUMBER OF THE MERGED REFLECTIONS) IN ORDE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF THE SEMET AT THE WAVELENGTH AT ...詳細: DURING REFINEMENT UNMERGED REFLECTIONS (APPROXIMATELY DOUBLE THE NUMBER OF THE MERGED REFLECTIONS) IN ORDE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF THE SEMET AT THE WAVELENGTH AT WHICH THE DATA SET WAS COLLECTED (WHICH HAPPENS TO BE THE INFLECTION POINT OF THE SE ANOMALOUS PEAK)
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.145 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→51.347 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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