PDB-2xmn: High resolution snapshots of defined TolC open states present an ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xmn

タイトル

High resolution snapshots of defined TolC open states present an iris- like movement of periplasmic entrance helices

要素

Outer membrane protein TolC

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / OUTER-MEMBRANE / DRUG-EFFLUX / TYPE-I SECRETION

機能・相同性

機能・相同性情報

MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / porin activity / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Pei, X.Y. / Koronakis, E. / Hughes, C. / Koronakis, V.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2011
タイトル: Structures of sequential open states in a symmetrical opening transition of the TolC exit duct.
著者: Pei, X.Y. / Hinchliffe, P. / Symmons, M.F. / Koronakis, E. / Benz, R. / Hughes, C. / Koronakis, V.

履歴

登録	2010年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xmn.cif.gz	510.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xmn.ent.gz	423.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xmn_validation.pdf.gz	710.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xmn_full_validation.pdf.gz	758.1 KB	表示
XML形式データ	2xmn_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	2xmn_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/2xmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/2xmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wmzC 1ek9S 1tqq 2vdd 2vde S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wmz-d 2vde-d 1tqq-d 5bun-d 1ek9-d 2vdd-d 3pik-1 4k7r-1 1wp1-1 5xeb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Outer membrane protein TolC

B: Outer membrane protein TolC

C: Outer membrane protein TolC

ヘテロ分子

141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.124, 135.524, 136.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:171 OR RESSEQ 173:378 OR RESSEQ 380:399 OR RESSEQ 401: 428 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:171 OR RESSEQ 173:378 OR RESSEQ 380:399 OR RESSEQ 401: 428 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:171 OR RESSEQ 173:378 OR RESSEQ 380:399 OR RESSEQ 401: 428 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.5069, 0.4783, 0.7172), (-0.4926, 0.522, -0.6963), (-0.7074, -0.7062, -0.02902)	-46.23, 64.45, 94.93
2	given	(-0.496, -0.4972, -0.7119), (0.4817, 0.5246, -0.702), (0.7225, -0.6911, -0.02067)	75.55, 55.12, 79.96

#1: タンパク質	Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump subunit TolC / Outer membrane factor TolC 分子量: 46917.723 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 23-450 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 遺伝子: tolC, colE1-i, mtcB, mukA, refI, toc, weeA, b3035, JW5503 Variant: C41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02930
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 389 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 389 TO SER
配列の詳細	V169L IS A KNOWN SEQUENCE (UNIPROT) DISCREPANCY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.06 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 / 詳細: PH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→48 Å / Num. obs: 56719 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 51.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EK9

1ek9

解像度: 2.85→16.941 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 39.33 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: STATISTICAL DATA IN TABLE HEADED FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (IN BINS), ARE PRESENTED FOR FULL ANOMALOUS DATA (BEFORE MERGING).

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3093	2630	5 %
R_work	0.2714	-	-
obs	0.2733	56719	93.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.429 Å² / k_sol: 0.28 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	61.9418 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-30.9723 Å²	0 Å²
3-	-	-	-30.9695 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→16.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9886	0	38	20	9944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	10045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.244	13648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.437	3691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1596
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1820

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3264	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3264	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
1	3	C	3273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.8822	0.478	173	0.4244	2910	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8822-2.916	0.4568	159	0.4177	3185	X-RAY DIFFRACTION	89
2.916-2.9514	0.4662	174	0.4237	3406	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9514-2.9885	0.4127	161	0.4141	3517	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9885-3.0276	0.4217	199	0.4006	3468	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0276-3.0689	0.4418	193	0.3771	3462	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0689-3.1124	0.4297	219	0.3804	3468	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1124-3.1586	0.4529	160	0.3552	3513	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1586-3.2076	0.3436	181	0.3573	3456	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2076-3.2599	0.4276	180	0.3523	3555	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2599-3.3157	0.4019	181	0.3411	3447	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3157-3.3755	0.4056	192	0.3263	3511	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3755-3.4399	0.3575	202	0.3104	3502	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4399-3.5095	0.3604	184	0.2879	3503	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5095-3.5851	0.3431	190	0.2953	3448	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5851-3.6677	0.3951	85	0.3331	1909	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7584-3.8589	0.2948	212	0.2603	3387	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8589-3.971	0.2952	182	0.2603	3539	X-RAY DIFFRACTION	99
3.971-4.0975	0.3204	196	0.2452	3496	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0975-4.2417	0.2565	170	0.2364	3532	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2417-4.4087	0.2382	202	0.218	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4087-4.6055	0.2218	163	0.2104	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6055-4.8429	0.2221	208	0.1981	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8429-5.1384	0.2374	213	0.1896	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1384-5.5223	0.248	198	0.2141	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5223-6.0549	0.291	177	0.2386	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0549-6.8791	0.2999	174	0.2426	3561	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8791-8.4819	0.2017	193	0.1989	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
8.4819-16.9408	0.2294	161	0.2102	3549	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3285	0.4638	-0.1609	0.7567	-0.6954	1.7506	0.0517	-0.0728	0.1224	0.2654	-0.1034	0.1638	-0.6082	0.2055	0.0474	0.8549	-0.1334	0.032	0.4923	0.0822	0.5277	18.1463	36.6365	73.4784
2	0.3385	0.0285	0.2389	1.6251	-1.5254	2.1211	0.0154	-0.0408	0.0268	0.1914	-0.0035	0.0868	-0.1367	-0.1413	-0.0274	0.7793	0.0355	0.1438	0.5508	-0.0165	0.5236	-3.8434	31.2807	66.3433
3	0.2782	0.2062	-0.1114	0.2676	-0.3555	1.2153	-0.018	0.1098	-0.0742	-0.4179	-0.1211	-0.0896	0.4545	0.0527	0.1561	0.6632	0.1169	0.1753	0.4971	0.0553	0.5238	14.9191	23.4028	53.9371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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