PDB-2xkp: NtcA from Synechococcus elongatus: active and inactive

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xkp

タイトル

NtcA from Synechococcus elongatus: active and inactive

要素

GLOBAL NITROGEN REGULATOR

キーワード

TRANSCRIPTION / NITROGEN ASSIMILATION / CRP/FNR SUPERFAMILY / 2-OXOGLUTARATE / GLOBAL NITROGEN CONTROLLER

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Llacer, J.L. / Castells, M.A. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for the Regulation of Ntca-Dependent Transcription by Proteins Pipx and Pii.
著者: Llacer, J.L. / Espinosa, J. / Castells, M.A. / Contreras, A. / Forchhammer, K. / Rubio, V.

履歴

登録	2010年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xkp.cif.gz	245.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xkp.ent.gz	199.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xkp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xg8C 2xgxC 2xhkSC 2xkoC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xgx-d 1vjt-d 6anv-2 2xhk-d 5yez-1 7br4-d 5ydo-1 4rui-4 6kcx-d 1z3z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (11) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (11)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (5)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (5)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

B: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

C: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

D: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

E: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

F: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

ヘテロ分子

150 kDa, 6 ポリマー
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1

A: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

B: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
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2

D: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

E: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
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3

C: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

F: GLOBAL NITROGEN REGULATOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.391, 110.391, 219.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	D
4	1	E
1	2	C
2	2	F
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	E

NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9965, 0.084, -0.005), (-0.0356, -0.3671, 0.9295), (0.0762, 0.9264, 0.3688)	-56.833, -34.451, 24.7838
2	given	(-0.5004, 0.8658, 0.0005), (0.8658, 0.5004, -0.0002), (-0.0004, 0.0003, -1)	-0.0101, 0.0075, -58.1793
3	given	(-0.9965, -0.0839, -0.005), (0.0355, -0.367, -0.9295), (0.0762, -0.9264, 0.3687)	-163.6549, -50.6106, -30.0116
4	given	(-1, -0.0001), (-0.0001, 1), (-1)	-110.3885, -0.0048, -21.6276
5	given	(-0.37942, 0.25251, -0.8901), (-0.92509, -0.12012, 0.36026), (-0.01595, 0.96011, 0.27917)	-104.4732, -52.2381, 42.1877
6	given	(0.37952, -0.25251, 0.89006), (-0.92505, -0.12013, 0.36036), (0.01593, -0.96011, -0.27918)	-5.9089, -52.2277, -63.8192

#1: タンパク質	GLOBAL NITROGEN REGULATOR / NTCA 分子量: 24862.053 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 株: PCC 7942 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P29283
#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.3 詳細: NTCA PROTEIN WAS AT 4.7 MG/ML IN 50 MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 0.5 M NACL, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM NA L-GLUTAMATE, 10 MM 2-OXOGLUTARATE. CRYSTALLIZATION ...詳細: NTCA PROTEIN WAS AT 4.7 MG/ML IN 50 MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 0.5 M NACL, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM NA L-GLUTAMATE, 10 MM 2-OXOGLUTARATE. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 0.2 M POTASSIUM CITRATE PH 8.3, 20 % PEG-3350.

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 8.3
詳細: NTCA PROTEIN WAS AT 4.7 MG/ML IN 50 MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 0.5 M NACL, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM NA L-GLUTAMATE, 10 MM 2-OXOGLUTARATE. CRYSTALLIZATION ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.984
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→87.7 Å / Num. obs: 28882 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 69.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XHK

2xhk

解像度: 3.05→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 39.224 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2474	1461	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20621	-	-	-
obs	0.20828	27354	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.478 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9506	0	60	0	9566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	9710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.222	1.989	13120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.892	3	16184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.295	5	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.756	22.684	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.719	15	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.487	15	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	10532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.385	1.5	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.047	1.5	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.746	2	9862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.033	3	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.937	4.5	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1084	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	1084	tight positional	0.04	0.05
1	1	C	1084	tight positional	0.04	0.05
1	3	D	1084	tight positional	0.04	0.05
2	1	C	2565	tight positional	0.01	0.05
2	2	F	2565	tight positional	0.01	0.05
3	1	A	2741	tight positional	0	0.05
3	2	D	2741	tight positional	0	0.05
4	1	B	2762	tight positional	0.01	0.05
4	2	E	2762	tight positional	0.01	0.05
1	1	A	349	medium positional	0.03	0.5
1	2	B	349	medium positional	0.03	0.5
1	1	C	349	medium positional	0.03	0.5
1	3	D	349	medium positional	0.03	0.5
1	1	A	106	loose positional	0.02	5
1	2	B	106	loose positional	0.02	5
1	1	C	106	loose positional	0.02	5
1	3	D	106	loose positional	0.02	5
1	1	A	1084	tight thermal	0.04	0.5
1	2	B	1084	tight thermal	0.04	0.5
1	1	C	1084	tight thermal	0.04	0.5
1	3	D	1084	tight thermal	0.04	0.5
2	1	C	2565	tight thermal	0.02	0.5
2	2	F	2565	tight thermal	0.02	0.5
3	1	A	2741	tight thermal	0.01	0.5
3	2	D	2741	tight thermal	0.01	0.5
4	1	B	2762	tight thermal	0.01	0.5
4	2	E	2762	tight thermal	0.01	0.5
1	1	A	349	medium thermal	0.04	2
1	2	B	349	medium thermal	0.04	2
1	1	C	349	medium thermal	0.04	2
1	3	D	349	medium thermal	0.04	2
1	1	A	106	loose thermal	0.04	10
1	2	B	106	loose thermal	0.04	10
1	1	C	106	loose thermal	0.04	10
1	3	D	106	loose thermal	0.04	10

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	103	-
R_work	0.267	2027	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.476	1.5863	1.1637	4.1632	0.2781	3.3254	-0.0736	-0.0409	0.2816	0.193	0.0845	-0.0814	-0.6309	0.6571	-0.0109	0.3828	-0.1172	-0.0064	0.3617	-0.0611	0.3567	-24.433	-12.041	0.803
2	2.8436	-0.3623	2.1158	4.4047	-0.6553	4.0194	0.002	0.0893	0.1833	-0.1873	-0.0082	0.141	-0.2182	0.119	0.0063	0.1851	-0.0364	0.0007	0.1339	0.0337	0.1384	-38.514	-19.173	-18.264
3	2.8123	-0.0266	-0.7415	3.0922	-0.8773	3.2316	0.1619	-0.3046	0.2969	0.3745	-0.0264	0.1742	-0.4061	0.0632	-0.1354	0.1265	-0.0138	-0.0257	0.1207	-0.0171	0.1777	-33.891	-28.782	10.241
4	4.3092	-0.0276	3.7573	2.5519	0.531	5.934	0.2288	0.1617	-0.0576	-0.0091	-0.0785	-0.5174	0.678	0.5826	-0.1503	0.1455	0.1172	0.0125	0.1645	0	0.145	-22.31	-45.675	-0.429
5	5.2285	2.4121	1.1564	5.1672	0.8369	4.8455	0.2206	-0.5809	-0.7372	0.1142	-0.1901	0.0679	0.777	-0.5405	-0.0304	0.1544	-0.0327	-0.0222	0.2319	0.0542	0.1563	-41.584	-60.086	-16.878
6	3.5736	-2.0863	0.7942	2.7557	0.4509	2.2513	0.0107	0.0198	-0.1141	-0.0584	-0.1191	0.2674	0.1157	-0.2104	0.1084	0.05	0.0212	0.0004	0.1385	-0.0034	0.0368	-47.133	-43.167	-30.098
7	1.1258	-1.3942	0.9825	4.6585	-0.4118	3.2291	-0.0575	0.0291	0.2808	-0.2166	0.1014	0.0628	-0.6043	-0.6896	-0.044	0.36	0.1021	-0.0069	0.3717	0.0567	0.3667	-85.954	-12.044	-22.463
8	2.5239	0.2975	2.0952	4.5697	0.6902	3.1959	0.0296	-0.0497	0.1506	0.2151	0.0359	-0.1099	-0.2866	-0.1427	-0.0654	0.206	0.0161	0.0019	0.132	-0.0254	0.1354	-71.874	-19.178	-3.397
9	2.7148	0.069	-0.7687	3.151	0.8067	2.6744	0.1777	0.2959	0.3108	-0.3787	-0.0371	-0.1767	-0.3795	-0.0689	-0.1406	0.1327	0.0138	-0.0339	0.1356	0.0264	0.1842	-76.496	-28.792	-31.905
10	3.8578	0.4169	4.089	2.0107	-0.1168	5.4763	0.2726	-0.1761	-0.0215	0.0317	-0.1094	0.5473	0.7175	-0.5173	-0.1633	0.2122	-0.1427	0.0152	0.2066	-0.008	0.1616	-88.077	-45.683	-21.232
11	2.5779	0.1373	-2.8758	0.225	-0.1254	3.2255	-0.1053	0.6408	-0.0779	0.1528	0.0129	0.1508	0.1906	-0.6741	0.0924	0.3418	0.0812	-0.0024	0.3391	-0.0183	0.2407	-68.811	-60.088	-4.781
12	3.3458	-0.6264	-1.9179	0.4302	0.3104	1.3569	0.0495	-0.5052	0.3148	0.1694	0.145	0.1528	-0.0807	0.1063	-0.1945	0.2686	0.052	0.028	0.3161	0.0114	0.2499	-63.262	-43.168	8.437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	142 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	157 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	21 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	120 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	5 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	142 - 222
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	6 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	157 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	21 - 119
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	120 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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