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万見
- PDB-2xkm: Consensus structure of Pf1 filamentous bacteriophage from X-ray f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xkm
タイトルConsensus structure of Pf1 filamentous bacteriophage from X-ray fibre diffraction and solid-state NMR
要素CAPSID PROTEIN G8P
キーワードVIRAL PROTEIN / CAPSID PROTEIN / TRANSMEMBRANE / VIRION / VIRUS COAT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Inovirus Coat protein B / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PF1 (ウイルス)
手法繊維回折 / 個体NMR / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Straus, S.K. / P Scott, W.R. / Schwieters, C.D. / Marvin, D.A.
引用
ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2011
タイトル: Consensus Structure of Pf1 Filamentous Bacteriophage from X-Ray Fibre Diffraction and Solid-State NMR.
著者: Straus, S.K. / Scott, W.R. / Schwieters, C.D. / Marvin, D.A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of the Temperature Transition of Pf1 Bacteriophage.
著者: Thiriot, D.S. / Nevzorov, A.A. / Opella, S.J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Pf1 Filamentous Bacteriophage: Refinement of a Molecular Model by Simulated Annealing Using 3.3 A Resolution X-Ray Fibre Diffraction Data.
著者: Gonzalez, A. / Nave, C. / Marvin, D.A.
#3: ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2008
タイトル: The Hand of the Filamentous Bacteriophage Helix.
著者: Straus, S.K. / Scott, W.R.P. / Marvin, D.A.
#4: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1989
タイトル: Dynamics of Telescoping Inovirus: A Mechanism for Assembly at Membrane Adhesions.
著者: Marvin, D.A.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.percent_possible_obs
改定 1.32021年4月28日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns
Item: _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_redundancy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPSID PROTEIN G8P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6121
ポリマ－4,6121
非ポリマー00
水00
1
A: CAPSID PROTEIN G8P
x 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,43435
ポリマ－161,43435
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation34
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 35 / Rise per n subunits: 3.05 Å / Rotation per n subunits: 65.915 °)
詳細THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS REGULAR HELICAL SYMMETRY WITH THE FOLLOWING PARAMETERS: ROTATION PER SUBUNIT (TWIST) = 65.915 DEGREES RISE PER SUBUNIT (HEIGHT) = 3.05 ANGSTROMS COORDINATES ARE GIVEN FOR A SINGLE ASYMMETRIC UNIT OF THE COAT PROTEIN ASSEMBLY. THE COMPLETE PROTEIN ASSEMBLY CONTAINS SEVERAL THOUSAND ASYMMETRIC UNITS; THE EXACT NUMBER DEPENDS ON THE LENGTH OF THE DNA. THE PROTEIN ASSEMBLY FORMS A CYLINDRICAL SHELL SURROUNDING A DNA CORE.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CAPSID PROTEIN G8P / MAJOR COAT PROTEIN / GENE 8 PROTEIN / G8P / COAT PROTEIN B / PF1 PHAGE COAT PROTEIN GENE 8


分子量: 4612.393 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 37-82 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOMONAS PHAGE PF1 (ウイルス) / 参照: UniProt: P03621

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実験情報

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実験

実験
手法
繊維回折
個体NMR

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試料調製

結晶解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→12 Å / Num. obs: 3548 / Observed criterion σ(I): 0.8

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解析

ソフトウェア名称: XPLOR-NIH / 分類: 位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IFM

4ifm


最高解像度: 3.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数322 0 0 0 322
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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